רוב המסים הישירים בשנת 2006 - כ-61.5 מיליארד ש"ח, המהווים כ-64% מסך כל המסים שנגבו בשנה זו - מקורם בניכוי מס במקור בידי כ-245,000 מנכים. גביית מס הכנסה בדרך של ניכוי במקור מבוססת על תשלום המס במישרין על ידי המשלם סמוך למועד שבו משולמת ההכנסה לנישום. כל מי שמשלם תשלומים שלגביהם נקבעה חובת ניכוי מס במקור, חייב לחשב אחת לחודש את סכומי הניכויים במקור שניכה (להלן - הניכויים), לדווח עליהם ולשלם אותם לפקיד השומה, וכן להגיש דוחות שנתיים מפורטים על התשלומים ועל הניכויים.
פעולות הביקורת
בתקופה יוני-ספטמבר 2007 בדק משרד מבקר המדינה את פעולות רשות המסים בישראל (להלן - הרשות) בתחום הניכויים. הביקורת נעשתה בהנהלת הרשות ובמשרדי השומה ירושלים 1 ו-3 ותל-אביב 5. בירורי השלמה נעשו במחלקה הכלכלית ובמוקד הניכויים של הרשות.
עיקרי הממצאים
בביקורת שעשה משרד מבקר המדינה ברשות המסים בישראל בתחום זה עלו הממצאים האלה:
1. הרשות אינה עושה בקרה שוטפת כדי לבחון את יישום הנחיותיה לעניין ביקורת תיקי ניכויים.
2. אין קשר שוטף בין חוליות השומה לחוליות ביקורת ניכויים לשם תיאום תכנית הביקורת אצל הנישום כך שביקורת הניכויים תיעשה קודם לקביעת השומה במס הכנסה.
3. הדרישות לתפוקה בתכנית העבודה להכנת שומת ניכויים, גבוהות מדרישות התפוקה לשם זכאות לקבלת פרמיה. מצב זה פוגע במוטיבציה של המפקחים לעמוד בדרישות תכנית העבודה.
4. ב-2004 אימצה הרשות את המלצותיה של ועדה שמינתה כדי לבדוק אילו שינויים נדרשים לייעול העבודה של מערך הניכויים; רוב המלצות הוועדה לא יושמו.
5. משרדי השומה אינם מקפידים ליישם את סעיף 32 א לפקודת מס הכנסה [נוסח חדש], שעניינו אי-התרת הוצאות למי שלא דיווח לפקיד השומה כנדרש על התשלומים ששילם ועל הניכויים במקור שניכה מהם.
6. הרשות לא ריכזה את הנחיותיה בנושא הניכויים, אף שפעולה זו הייתה מסייעת למפקחים ללמוד את התחום. הרשות גם לא כללה בתכנית הלימודים למפקחי מס את תחום הניכויים.
7. בניגוד לתפקיד המוטל על מוקד הניכויים של הרשות שבו מתקבלים הדוחות על הניכויים, לא נעשתה שם בקרה מספקת של שלמות הדוחות השנתיים על ניכויים במקור ושל סבירות תוכנם.
8. דוחות שנתיים ידניים שהוגשו למוקד הניכויים לא הוזנו למערכת הממוחשבת. בהיעדר דיווח אי-אפשר להשוותם לדוחות החודשיים ונפגעת הבקרה לצורכי קביעת השומה במס הכנסה.
9. במקרים רבים הסכומים שדווחו בדוחות הניכויים השנתיים אינם תואמים לסכומים שדווחו בדוחות הניכויים החודשיים שהוגשו לאותה השנה. הרשות לא ביקשה מהמנכים הסברים לכך.
לדעת משרד מבקר המדינה, על הרשות לבחון ולהעריך את התחום של ניכוי המס במקור, במגמה לייעל את שיטות העבודה הנהוגות ולהגביר את הבקרה בתחום זה, בשל חלקו הגדול בסך תקבולי המסים הישירים.