חשבוניות מס שהוצאו שלא כדין מכונות "חשבוניות פיקטיביות". היקף השימוש בחשבוניות אלה מוערך בלמעלה מחמישה מיליארד ש"ח לשנה.
כדי להיאבק בתופעה קיים באגף מע"מ מאגר נתונים ייעודי שבאמצעותו ניתן לאתר חשבוניות פיקטיביות. אלא שהמאגר כולל נתונים על פחות מ-10% מהפעילות במשק. במאגר הוכללו מעט מאוד נתונים של חשבוניות פיקטיביות שאותרו. לכן שיטת איתור זו אינה אפקטיבית.
בשנת 2000 הקים אגף מע"מ ועדה להקמת מערכת למיצוי מידע המצוי אצלו, לסיוע בקבלת החלטות, בין השאר על עוסקים מורשים שנרשמו במשרדי אגף מע"מ (להלן עוסק או עוסקים), החשודים שיש להם נגיעה לחשבוניות פיקטיביות. נכון לחודש אוגוסט 2006 טרם הושלם היישום של המלצות הוועדה.
הטיפול בידיעות מודיעיניות בנושאים הקשורים לחשבוניות פיקטיביות, שהועברו ממטה אגף המכס ומע"מ (להלן - אגף מע"מ) שברשות המסים בישראל (להלן - הרשות או רשות המסים), לשלושה משרדי מע"מ שנבדקו, היה דל. יחידת המטה לא ערכה בדיקות מעקב אחר הטיפול במידע שנשלח על ידה למשרדים.
רוב רובם של חיובי כפל המס המוטלים על המשתמשים בחשבוניות פיקטיביות אינם נגבים.
הליכי פתיחת תיק במס הכנסה ורישום במע"מ של עוסק אינם מתואמים. עוסק עלול לנצל לרעה מצב זה כדי לקבל החזרי מע"מ, ובאותה עת להימנע מלשלם מקדמות מס הכנסה או להימנע מניכוי מס במקור מתשלומים שהוא משלם.
חסר תיאום בין רשות המסים, המוסד לביטוח לאומי ורשם החברות בכל הנוגע במאבק בתופעת החשבוניות הפיקטיביות.
בעשור האחרון פעלו באגף מע"מ שתי ועדות שדנו בפתרונות אפשריים לצמצום תופעת החשבוניות הפיקטיביות. הנהלת הרשות לא פעלה ליישום המלצות הוועדות.
אחת מהוועדות הציעה לבחון הנהגת חשבוניות מס מקודדות. הנהלת רשות המסים לא דנה דיון מפורט בנושא, ולא ערכה תחשיבים המורים על חוסר כדאיות ההשקעה במונחים של "עלות - תועלת".