לפי פקודת המשטרה [נוסח חדש], התשל"א-1971 (להלן - פקודת המשטרה), תפקידי המשטרה הם לעסוק במניעת עבירות וגילוין, בתפיסת עבריינים ובהעמדתם לדין, בשמירתם הבטוחה של אסירים ובקיום הסדר הציבורי וביטחון הנפש והרכוש. כדי שהמשטרה תוכל למלא את תפקידיה הוקנו לשוטרים סמכויות שיש בהן כדי לפגוע בזכויות אדם, והשימוש בהן מוצדק רק אם הוא נעשה כדין ובמידה שאינה עולה על הנדרש. מילוי תפקידי המשטרה אגב שימוש בסמכויות המסורות לה לשם כך, כרוך במגע תכוף עם הציבור, ולא פעם מתקבלות מהציבור תלונות נגד שוטרים על התנהגותם.
עד תחילת שנות התשעים הייתה המשטרה מופקדת על חקירת כלל התלונות על שוטרים. בשנת 1992 הוקמה במשרד המשפטים מחלקה לחקירת שוטרים (להלן - מח"ש), והוטל עליה לחקור שוטרים החשודים בביצוע עבירות פליליות. הקמת מח"ש נועדה, בין היתר, לתת מענה לביקורת הציבורית, ולפיה המשטרה חוקרת את עצמה ולכן חקירות רבות אינן מגיעות לידי מיצוי. חקירת תלונות במישור המשמעתי על התנהגות לא נאותה של שוטרים ועל ביצוע לקוי של תפקידם נותרה בידי המשטרה, למעט עבירות משמעת שעניינן שימוש בכוח שלא כדין, שגם חקירתן נמסרה למח"ש.
ועדות ציבוריות שעסקו בתופעת השימוש בכוח שלא כדין וההתנהגות הלא נאותה בקרב אנשי משטרה עמדו על ההבדל בין ההיבטים הפליליים או המשמעתיים של תלונות נגד שוטרים על שימוש בכוח שלא כדין והתנהגות לא נאותה, לבין ההיבטים התפקודיים או המערכתיים העולים מכל אחת מהתלונות ומהתלונות כמכלול. הוועדות עמדו על כך שהפן של הפקת הלקחים וההתייחסות לתלונות הטעונות טיפול פיקודי לוקים בחסר או שאינם קיימים כלל. לפיכך המליצו הוועדות להגביר את מעורבות פיקוד המשטרה בטיפול בתופעת אלימות שוטרים. למרות שהמלצות הוועדות אומצו בידי פיקוד המשטרה ובידי השרים הנוגעים בדבר, לא נעשה ליישומן.
בשל מגבלות חקירה ונוכח רמת ההוכחה הגבוהה הנדרשת בהליכים הפליליים והמשמעתיים, חלק ניכר מהתלונות על שימוש בכוח המגיעות למח"ש אינן נחקרות. ואולם, מח"ש לא התריעה לפני המשטרה על השיעור הגבוה של התלונות שאינן מטופלות בידיה, ולא הפנתה אותן למשטרה לבירור ולטיפול במישור הפיקודי-מינהלי. הדבר עלול להביא לחוסר מודעות במישור המערכתי להיקף התופעה ולמאפייניה ולהתפרש בקרב השוטרים כמסר כפול וכמתן הכשר להתנהגות פסולה, ובקרב הציבור כהקלת ראש בחומרתן של תלונות על שימוש בכוח שלא כדין, כפי שהצביעו גם הוועדות הציבוריות בעניין זה.
רוב תיקי החקירה שנחקרו במח"ש בשנים 2002-2003 נסגרו מחוסר ראיות מספיקות ורק מיעוטם הגיעו לכדי העמדת השוטר לדין פלילי או משמעתי. אף שלא בכל התיקים שנסגרו נשלל החשש שמדובר בשימוש בכוח שלא כדין, המשטרה אינה בודקת אם יש מקום לנקוט באותם מקרים אמצעים פיקודיים או מנהליים כלשהם. יש בכך כדי לפגוע ביכולת המשטרה לגבש כלים להתמודדות מערכתית עם התופעה של אלימות שוטרים, ולהעביר מסר של סלחנות כלפי תופעת אלימות שוטרים.
מתוצאות מדגם של תיקי תלונות שבדק משרד מבקר המדינה על שימוש בכוח שלא כדין שהוגשו למח"ש בשנת 2002 עולה, כי בקרוב למחצית מהתיקים על שימוש בכוח שלא כדין שנחקרו וזהות השוטרים החשודים הייתה ידועה, לא דיווחה מח"ש למשטרה על פתיחת החקירה, כנדרש בפקודות המטה הארצי של המשטרה. כתוצאה מכך קודמו בדרגה במהלך תקופת החקירה שוטרים שמח"ש חקרה תלונות נגדם, בניגוד לפקודות המשטרה.
רוב התלונות על התנהגות לא נאותה של שוטר או על ביצוע לקוי של התפקיד, שהיו אמורות להתברר במשטרה במסגרת תיק בירור ("תיק ירוק"), בוררו במסלול בירור אחר, (שנהוג לכנותו במשטרה "תיק חום"), שאינו מעוגן בנוהל. הבירור במסלול זה אינו מצוין בתיקו האישי של השוטר הנילון, ובכך הוא מקל לעומת הבירור הנדרש בנוהל, ויש בו למעשה משום עקיפה של הנוהל. לא נמצא הבדל באופי התלונות וחומרתן בשני סוגי התיקים.
הטיפול בתלונות שהמשטרה הוסמכה לטפל בהן אינו נעשה באופן שיטתי בהתאם לנוהל: אין הקפדה על גביית הודעה מהמתלונן, על גביית עדויות מעדים, על הכנת סיכומי בירור ועל אישור הממצאים והצעדים הנדרשים בעניין התלונה בידי הדרג המוסמך.