חלק מפעילותן של רשויות מקומיות נעשה באמצעות תאגידים עירוניים, שהם ישויות משפטיות עצמאיות, ואולם השליטה על הפעילות נשארת בידיה של הרשות המקומית; היא רשאית להמשיך לעסוק בפעילות זו, והיא שולטת בפועל בתאגידים העירוניים.
התאגידים העירוניים הוקמו כדי להקל על עיריית חיפה (להלן - העירייה) לתת שירותים לתושבי העיר ולקדם מטרות שהן בגדר סמכויותיה ובתפקידיה בתחומי התרבות, הפנאי והחברה ובתחומי הפיתוח העסקי והיזמות (בנייה, תשתיות, תשתיות תחבורה ובנקאות).
למשרד הפנים הסמכות לפקח על העיריות ועל תאגידיהן העירוניים. עצם הקמתו של תאגיד עירוני טעונה אישור ממשרד הפנים וכפופה לתנאים שיקבע . נוסף על כך, למשרד הפנים יש סמכות להנהיג פיקוח שוטף על התאגידים העירוניים.
הוראות החוק וחוזרים אחדים שהוציא מנכ"ל משרד הפנים עוסקים, בין היתר, בהגשת דוחות על מצב התאגידים העירוניים, בדיווחים כספיים, בחובת פרסום מכרז על-פי אמות המידה של גוף ציבורי ובהרכב הדירקטוריון בתאגיד עירוני. בעניין זה נקבע, בין היתר, כי נציגי העירייה בתאגיד העירוני שהם חברי המועצה ייבחרו כך שיישמרו, ככל האפשר יחסי הכוחות של הסיעות במועצה, וכי חובת האמון שחבים נציגי העירייה לעירייה לעולם תהיה עדיפה על חובתם כלפי התאגיד העירוני.
משרד הפנים לא הנהיג פיקוח שוטף על פעילותם של התאגידים העירוניים.
העירייה לא פעלה בהתאם לקובץ הנהלים שאישרה בעניין יחסי הגומלין בינה ובין תאגידיה, ולא גיבשה נוהלי עבודה בעניין קשריה עם מרבית תאגידיה העירוניים.
המהלכים שהעירייה נקטה לקביעת הרכבי הדירקטוריונים בתאגידיה העירוניים לא עלו בקנה אחד עם הוראות החוק ולא עם הנחיות משרד הפנים, והיו בניגוד לקובץ הנהלים שהיא עצמה קבעה.
בשנים 2002-2003, לא הגיש ראש העירייה למועצת העירייה דוחות מפורטים על מצב התאגידים העירוניים, בצירוף הסברים של הנהלותיהם, כמתחייב.
בתיקון לחוק חובת המכרזים (תיקון מס' 14), התשס"ג-2002, שהתקבל בכנסת בנובמבר 2002, החיל המחוקק חובת פרסום מכרז גם על תאגידים שבשליטת הרשויות המקומיות כאמור בסעיף 2(א) לחוק חובת המכרזים. בסעיף 4 לחוק זה נקבע, כי תקנות ראשונות לפי סעיפים 3 ו-4 לחוק חובת המכרזים התשנ"ב-1992 (להלן - חוק חובת המכרזים), יותקנו בתוך 90 ימים מיום פרסום התיקון לחוק חובת המכרזים. עד מועד סיום הביקורת (מאי 2005) לא התקין שר הפנים תקנות.
החברה הכלכלית של חיפה מנהלת כמה מיזמים לפיתוח העיר ומבצעת בדיקות היתכנות במיזמים אחרים, הכול לפי בקשת העירייה, בלי שנחתמו הסכמים להסדרת תנאי ההתקשרות ביניהן. עוד העלתה הבדיקה, כי בכמה מיזמים נחתמו הסכמים בין העירייה ובין החברה הכלכלית שנים אחדות לאחר תחילת הפעילות בהם.
העירייה נתנה לחברה הכלכלית התחייבויות כספיות לשם ביצוע מיזמים בהיקפים כספיים גדולים, בלי חתימת גזבר העירייה בניגוד לפקודת העיריות וכללי מינהל תקין.
העירייה והחברה הכלכלית מכרו את השליטה בחברה - בת (להלן - מת"ם) לחברה עסקית. העירייה והחברה הכלכלית לא פעלו אצל חברת מת"ם והחברה העסקית לגייס הון בדרך של הנפקת ניירות ערך, וזאת בניגוד להסכם שנחתם בספטמבר 1998, בין החברה הכלכלית, חברת מת"ם והחברה העסקית. בכך נפגעה יכולת המימון של מיזמים עליהם הוסכם בהסכם האמור.
העירייה נהגה לעכב בחשבונות הבנק שלה, במשך חודשים ארוכים עשרות מליוני שקלים, שהעביר אליה משרד התחבורה למימון מיזמים תחבורתיים שביצע התאגיד העירוני יפה נוף. כך זכתה העירייה לרווחי מימון של מיליוני שקלים בכל שנה על חשבון יפה נוף, עיכבה מיזמים תחבורתיים בעיר והקשתה על תפקוד התאגיד. פעולות העירייה בעניין העברות הכספים ממשרד התחבורה ליפה נוף נוגדות את ההסכם בין העירייה ליפה נוף ממרס 2001.
העירייה לא הקפידה לרשום בספריה את העברות הכספים ליפה נוף במועד ביצוען; אלו נרשמו לעתים בתאריך מוקדם מתאריך ההמחאה. כך הציגה העירייה בספריה יתרת חוב מופחתת שלה ליפה נוף. הדבר גרר, בין היתר, אי-התאמות בין רישומי העירייה ובין הרישומים של יפה נוף. ההפרשים בין היתרות נעו בין 86 לכ-123 מיליון ש"ח.
משרד מבקר המדינה רואה בחומרה את העיכוב השיטתי שנקטה העירייה, ואת השינוי המגמתי החוזר ונשנה של מועדי התשלום ברישומים בספריה. כך נוצר מצג שיש פער ניכר בינו לבין המציאות.
אף שהעירייה קיבלה בשנים 1994 עד 2004 ממשרד התחבורה כ-84 מיליון ש"ח (בערכים נומינליים) בגין מלוות שהיא לקחה עבור התאגיד העירוני חברת הכרמלית לשיפוץ מנהרת הכרמלית, היא לא נתנה את דעתה לעובדה שחברת הכרמלית לא הקטינה בספריה את חובה לעירייה בגין אותן מלוות שהלך ותפח, עד שבדצמבר 2003 הגיע לכ-191.2 מיליון ש"ח; במשך שנים לא נקטה העירייה כלל צעדים כדי שחברת הכרמלית תפרע את חובה לעירייה, או לפחות חלק ממנו; הדבר עשוי להיחשב למחילת חוב מן העירייה לחברת הכרמלית, שהיא גוף נשלט; למצב העניינים הזה עשויות להיות השלכות על חיוב חברת הכרמלית במיסים, ובייחוד במע"מ.
חברת חֶסֶך, שהיא תאגיד עירוני בעל רישיון לפעול בתור מוסד כספי לפי חוק הבנקאות, העמידה לעירייה הלוואות לתקופת פירעון של שלוש שנים. הבדיקה העלתה, כי העירייה לא פרעה את ההלוואות לחסך, למעט סכומים קטנים וחלקיים. עקב כך גדלו התחייבויות העירייה לחברה מדי שנה בשנה, וב-31.12.04 הסתכמו בכ-236 מיליון ש"ח. בעקבות זאת הפרה חסך את הוראות הפיקוח על הבנקים שבבנק ישראל הנוגעות לשמירה על רמת הנזילות הנדרשת ממנה בתור מוסד כספי, והיקף הכספים הנזילים שלה קטן. הפיקוח על הבנקים לא פעל בצורה נחרצת לבלימת הגידול בגירעונות.
גם בחינת מערכת היחסים בין העירייה לתאגידים עירוניים שהם לתועלת הציבור העלתה ליקויים, כמפורט להלן:
1. העירייה החליטה להקים תזמורת עירונית חדשה בלי לדון במועצת העירייה בהוצאות הכספיות הכרוכות בכך ובלי לאשרן. מנכ"ל העירייה נתן לחברה לאמנות, תרבות וספורט חיפה בע"מ התחייבות, שהעירייה תשפה אותה על כל סכום שהיא תידרש לשלם לצד שלישי בשל תביעות שיופנו אליה בגין חובות או התחייבויות של התזמורת הסימפונית חיפה במתכונתה הקודמת. ההתחייבות ניתנה בלא אישור העירייה ובלא חתימת גזבר העירייה, כמתחייב.
2. העירייה העמידה לרשות חברת מוזיאון חיפה אתרים ונכסים בעלי ערך כספי והיסטורי רב, אף שלא נחתם חוזה בין הצדדים.
3. על אף שהעירייה מחזיקה בפחות מ-50% מהון המניות של התאטרון העירוני; היא העבירה לו מדי שנה כספים מתקציבה השנתי שלא לפי נוהל תמיכות, כמתחייב, ואף נתנה ערבות להלוואה שהוא לקח בשנת 2004.
4. התאטרון העירוני פעל מאפריל 2002 ועד מועד סיום הביקורת (מאי 2005) בלא אישור עסק בר-תוקף של רשות הכבאות ובלא רישיון עסק מטעם העירייה.