החל בשנת 1995 הוטלה על המדינה חובת תשלום ארנונה עבור נכסים המוחזקים על ידי מערכת הביטחון. מאז שנת 1997 נקבע שיעור תשלום הארנונה שנדרש משרד הביטחון לשלם עבור נכסים שבשימושו ל-30% משיעור המס המלא שנקבע בצווי הארנונה של הרשויות המקומיות.
משרד הביטחון משלם מסי ארנונה עבור כ-470 מחנות ומתקנים הנמצאים בתחומי השיפוט של 94 רשויות מקומיות ומשמשים בעיקר את צה"ל. כמו כן נדרש משרד הביטחון לשלם לרשויות המקומיות היטלים ואגרות חד-פעמיות עבור עבודות פיתוח, כגון: היטל ביוב, היטל סלילת כבישים ומדרכות ואגרת הנחת צינורות מים, וכן אגרות שירותים שוטפים הניתנים לו על ידי הרשויות המקומיות, כגון: אגרת מים ואגרת ביוב.
אגף מבצעים לוגיסטיים ונכסים במשרד הביטחון מרכז את טיפולו של המשרד בתשלומי מסי ארנונה, אגרות והיטלים. בשנים 2001-2004 העביר משרד הביטחון לרשויות המקומיות תשלומי ארנונה בסך כ-175 מיליוני ש"ח, כ-218 מיליוני ש"ח, כ-239 מיליוני ש"ח וכ-280 מיליוני ש"ח, כסדר השנים. למגמה זו, של העלייה העקבית בשיעור תשלומי הארנונה, ניתנים כמה הסברים: שינוי החקיקה בנושא הארנונה משנת 1995; המצוקה התקציבית של מרבית הרשויות המקומיות שאילצה אותן לחפש תחומי גבייה נוספים; התקשרות עם חברות מדידה ועם משרדי עורכי דין, כדי להרחיב ולהעמיק את הגבייה ממשרד הביטחון וכן פיחות שחל במעמדה של מערכת הביטחון בעיני המערכת האזרחית.
בתקופה שבין נובמבר 2004 ומרס 2005 בדק משרד מבקר המדינה את אופן הטיפול של הרשויות המקומיות ושל משרד הביטחון בנושא גביית המסים, האגרות וההיטלים עבור מחנות צה"ל. הבדיקה נערכה ב-20 רשויות מקומיות שבתחומן מצויים למעלה ממאה מחנות ומתקנים של צה"ל; במשרד הביטחון ובצה"ל. כמו כן נערכו בדיקות השלמה במשרד הפנים.
הבדיקה העלתה כי טיפולם של משרד הביטחון והרשויות המקומיות בנושא זה היה, מאז אמצע שנות התשעים, לקוי באופן יסודי. במכלול הממצאים המפורטים בדוח זה יש כדי ללמד על הצורך בהסדרה כוללת של הנושא, ולשם כך נדרשת מעורבותם של משרד הפנים, משרד האוצר ומשרד המשפטים; להלן הליקויים העיקריים שהועלו:
1. בפקודת מסי העירייה ומסי הממשלה (פיטורין), 1938 נקבע, לאחר תיקון שנעשה בה בשנת 1954, כי רשויות מקומיות ששר הפנים הכריז עליהן כעל יישובי עולים יגבו מסי ארנונה על נכסי מדינה, לרבות נכסי מערכת הביטחון, בשיעור של 100% ולא 30% כשאר הרשויות המקומיות. נמצא, כי חלק ניכר מהרשויות המקומיות שהוכרו, בעיקר בשנות החמישים, כיישובי עולים, הן רשויות שמצבם הכלכלי אינו קשה עוד, ובתחומן אין עולים רבים. מצד שני יש רשויות מקומיות שלא הוכרו כיישובי עולים, חרף העובדה שמצבן הכלכלי דחוק ובתחומן מתגוררים עולים רבים. משרד הפנים לא בחן את השינויים הדמוגרפיים והכלכליים שחלו באוכלוסיית הרשויות המקומיות במרוצת השנים כדי לשנות ולעדכן החלטות קודמות בעניין. כמו כן לא קבעו משרד הפנים ומשרד האוצר מדדים כמותיים או אחרים כדי לקבל החלטות בדבר הכרזה על רשויות מקומיות כיישובי עולים.
2. האופן שבו סיווגו רשויות מקומיות מבנים ומתקנים במחנות צה"ל שבתחומם לא עלה תמיד בקנה אחד עם הוראות הדין. רשויות מקומיות נהגו לגבות ארנונה על פי סוגים מיוחדים, שקבעו בצווי הארנונה שלהם לנכסים של משרד הביטחון, בניגוד לחוק; רשויות מקומיות אחרות לא סיווגו מבנים במחנות צבא לפי השימוש המתאים ביותר הקיים בצו הארנונה שלהם.
3. חלק מהמבנים והמתקנים משמשים את צה"ל לצרכים מבצעיים מובהקים. המדובר, בין היתר, במוצבים, מחסני תחמושת ומתקנים המשמשים לאחסון כלי טייס. משרד ראש הממשלה לא השלים את פעולתו להסדרת נושא תשלום הארנונה עבור מתקנים אלו.
4. חיוב משרד הביטחון בתשלומי ארנונה עבור שטחי קרקע במחנות צה"ל נעשה, במקרים רבים, שלא על בסיס הוראות החוק בעניין זה. משרד הביטחון לא שילם תשלומי ארנונה עבור חלק ניכר משטחי הקרקע במחנות המצויים בתחומן של כל הרשויות המקומיות שנבדקו בביקורת זו. בפועל היו שטחי הקרקע שחויבו בתשלום ארנונה קטנים במידה ניכרת מהשטחים שהיו אמורים להיות מחויבים אילו היה נעשה החיוב עפ"י אמות המידה שנקבעו בדין ובפסיקה. משרד הביטחון לא העביר לחלק מהרשויות המקומיות מידע על התפלגות שטחי הקרקע בבסיסים המצויים בתחום שיפוטן ועל השימוש שנעשה בהם. הסכמתן של רשויות מקומיות לחייב באופן חלקי את משרד הביטחון עבור שטחי הקרקע שבמחנות לא הושתתו בדרך כלל על אמות מידה ברורות, אלא היו תוצאה מאולצת שנקבעה בסיום הליכי משא ומתן שניהלו עם משרד הביטחון.
5. משרד הביטחון לא שילם ארנונה בגין למעלה ממאתיים מתקנים ומחנות שבתחומי עשרות רשויות מקומיות.
6. משרד הביטחון העביר לרשויות מקומיות תשלומי ארנונה בפיגור ניכר. הרשויות המקומיות לא גבו תשלומי ריבית והצמדה כנדרש בחוק.
7. בשנים 1998-2004 התגלעו מחלוקות בין מרבית הרשויות המקומיות שבתחומן מצויים מחנות של צה"ל ובין משרד הביטחון בנוגע לגביית תשלומי ארנונה. 7 מתוך 20 הרשויות המקומיות שנבדקו הגישו תביעות לבתי משפט נגד משרד הביטחון. בביקורת שנערכה ברשויות המקומיות שנבדקו נמצא, כי בחלק מהמקרים לא הופעל הליך הבירור המוקדם שנקבע בהנחיית היועץ המשפטי לממשלה ובחוזר מנכ"ל משרד הפנים (להלן - ההנחיות), לפני שהגישו תביעות לבתי משפט. במקרים אחרים שנבדקו שבהם הופעל הליך הבירור המוקדם, הוא נמצא בלתי מתאים ובלתי יעיל ולא הביא ליישוב המחלוקות.
8. חרף העובדה שלגבי נושא הארנונה נקבעו בדין נורמות חוקיות מפורטות, מושתת למעשה חלק ניכר מתשלומי הארנונה שמשלם משרד הביטחון לרשויות המקומיות על הסדרים שנקבעו בין הצדדים לאחר משא ומתן, התמקחות ומאבקי כוח ולא על בסיס של עקרונות וקווים מנחים. כתוצאה מכך קיימים הבדלים ניכרים בין ההסדרים השונים שסוכמו בין משרד הביטחון ובין רשויות מקומיות שונות.
9. המחלוקות שהתעוררו אילצו את הרשויות המקומיות לשכור, לצורך ניהול המאבק במשרד הביטחון, שירותים מקצועיים, שעלותם הסתכמה לעתים במיליוני ש"ח. מדובר בעיקר בשכירת שירותים משפטיים ממשרדי עורכי דין פרטיים, ושכירת שירותים מחברות העוסקות במדידות הנדסיות. הועלו ליקויים בהתקשרויות של רשויות מקומיות לצורך שכירת השירותים.
10. משרד הביטחון אינו מתיר לרשויות מקומיות לבצע במחנות צה"ל את המדידות בעצמם. כתוצאה מהמצב האמור נגבו תשלומי ארנונה על בסיס נתונים חסרים ולא מעודכנים. רק בתחילת שנת 2004 החל צה"ל למדוד מחנות באופן שיטתי, אולם פעולה זו לא נעשתה במחנות חיל האוויר.
11. רוב תשלומי הארנונה שהעביר משרד הביטחון לרשויות המקומיות שנבדקו לא שולמו עפ"י הודעות חיוב. הודעת החיוב מאפשרת לקיים מעקב ובקרה על ביצוע התשלומים ועל התאמה בין הנתונים העדכניים של שטחי הנכסים והחיוב בפועל.
12. רשויות מקומיות העניקו במקרים רבים הנחות בשיעורים שחרגו באופן ניכר מהשיעורים המותרים על פי תקנות ההסדרים במשק המדינה (ארנונה כללית ברשויות מקומיות), שהותקנו החל בשנת הכספים 1993.
13. משרד הביטחון לא שילם לרשויות המקומיות תשלומי אגרות והיטלים שהיה עליו לשלם על פי חוק. הסך המצטבר של דרישות הרשויות המקומיות לתשלום אגרות והיטלים אלו הסתכם בפברואר 2005 בלמעלה מ-550 מיליוני שקלים.