מקרקעי נמל יפו (להלן - הנמל), רובם ככולם, בבעלות המדינה, ולפיכך הם נמנים עם המקרקעין שעל פי חוק נתונים לניהולו של מינהל מקרקעי ישראל (להלן - המינהל). ב-1965 חדל הנמל לפעול בתור נמל מסחרי. מאז הוא משמש, בחלקו, נמל דיג ונופש, ושטחו העורפי משמש למחסנים ולמסעדות. לנמל זה, כמו לנמלים עתיקים אחרים בארץ, ערך היסטורי לאומי בצד פוטנציאל תיירותי-כלכלי ניכר. עד אוקטובר 1998 הוא נוהל בפועל בידי משרד התחבורה, ומאז הועברו ניהולו ותפעולו לידי המינהל.
ב-1982 החלו רשויות התכנון לדון בתכנית מפורטת חדשה שיזם המינהל לנמל, ובה אזור הנמל ההיסטורי מיועד לשימור, ויתר שטחו מיועד לשימושי מסחר, מלונאות ומגורים. אולם עד סוף 2005 טרם קיבלה התכנית תוקף. עוד ב-1993 החליטה הממשלה להפריט את מקרקעי הנמל על ידי החכרתם במכרז ליזמים פרטיים. החלטות נוספות בעניין ההפרטה התקבלו ב-1995 וב-1997. החלטות אלה (להלן - החלטות הממשלה בדבר ההפרטה) לא בוצעו.
ב-2003 החלה להתגבש עסקה ביוזמת מר רון חולדאי, ראש עיריית תל אביב-יפו, ועל דעת מר אהוד אולמרט, שר התעשייה המסחר והתעסוקה (להלן - שר התמ"ת) דאז, שעניינה העברת כמה משטחי הנמל הסחירים (מתחמים מסחריים הניתנים לשיווק) לבעלות העירייה. העסקה באה לידי ביטוי בחוזה לחילופי קרקעות, שנחתם בידי מנהל המינהל ומנכ"ל העירייה במאי 2004 (להלן - החוזה ממאי 2004, או - החוזה), אולם עד סוף 2005 לא הועברו החזקה והבעלות בהן לצדדים.
משרד מבקר המדינה בדק את תהליכי גיבוש העסקה וחתימת החוזה ואת המהלכים שנעשו כדי להביא לביצועה. הביקורת שמה דגש על התהליכים לשמירת זכויות המדינה אגב גיבוש העסקה והעלתה את הממצאים העיקריים האלה:
1. המגמה לפעול לשימור ערכו ההיסטורי והלאומי של הנמל נכונה וראויה. עם זאת, התהליך של העברת נכסים סחירים בנמל לידי העירייה ולבעלותה אינו עולה בקנה אחד עם החלטות הממשלה בדבר ההפרטה, ואף לא עם הסכם עקרונות מ-2001 שחתמו עליו העירייה, המינהל ונציג משרד האוצר. לפי ההחלטות ואותו הסכם היה על המינהל לשווק נכסים כאלה במכרז.
לפי טענת העירייה, שהמינהל תמך בה, החלטות הממשלה בדבר ההפרטה מנעו את קידום אישורה של תכנית הנמל החדשה - המייעדת בו, לצד שטחים ציבוריים פתוחים ואתרים לשימור, גם שטחים למגורים, למלונאות ולמסחר - נוכח התנגדות ציבורית עזה להעברת חלקים בנמל לידיים פרטיות ודרישה לשמר בו את הבעלות הציבורית ואת הפיקוח הציבורי עליו, בשל ערכו ההיסטורי והתיירותי.
משרד מבקר המדינה מעיר על כך כי הוא ער לערכים ההיסטוריים, הלאומיים והתיירותיים הקשורים בנמל, אולם יחד עם זאת, אם העירייה או המינהל היו סבורים שהשארת החלטות הממשלה בעינן פגמה באפשרות להביא לאישורה של תכנית הנמל החדשה, או לשמר את האתרים ההיסטוריים שבנמל ולפתחם, מן הראוי היה שיעלו נושא זה בפני הממשלה, כדי שתדון בהן ותחליט אם יש צורך לבטלן או לתקנן.
2. אשר לתהליכים לשמירת זכויות המדינה:
(א) לפי נוהלי המינהל, על חוזה לחילופי קרקעות לכלול, בין היתר, תיאור מדויק של הנכסים הנוגעים לעסקה, ובכלל זה מיקומם וגודלם, ויש לפרט בו את התמורה הכספית (אף שהיא משולמת בקרקע, דהיינו בשווה כסף).
הועלה כי בחוזה ממאי 2004 לא צוין שווי הממכר מצד המינהל, נשוא החליפין, על אף שהייתה למינהל שומה מוסמכת שלו. בחוזה גם אין תיאור מספק ומוגמר של הקרקעות שעל העירייה להעביר לבעלות המדינה בתמורה (מקרקעי התמורה). היעדרם של נתונים אלה הוא פגם בחוזה, והוא אינו מתיישב עם סדרי מינהל תקינים.
(ב) לפי נוהלי המינהל, ובהם נוהלי הקצאת מקרקעין שבניהולו, הן במכרז והן בלא מכרז, על מקבל ההקצאה (היינו רוכש הזכויות בעסקת המקרקעין) לשלם את התמורה המגיעה ממנו למינהל קודם לקבלת הנכס נשוא ההקצאה.
הועלה כי מנגנון חילופי הקרקעות כפי שנקבע בחוזה אפשר את העברת החזקה והבעלות בנכסי הנמל הנמכרים לעירייה לפני שזו שילמה למינהל תמורה כלשהי בעבורם. הוראת החוזה בעניין זה הייתה מנוגדת לנוהלי המינהל ואין זה ברור כלל מה היה הגיונה העסקי. במהלך אישורו של החוזה אמנם קבעו מוסדות המינהל תנאים המשפרים את עמדת המינהל, אך אלו לא עוגנו בחוזה חתום בין הצדדים ועדיין נותרו בהסדר החוזי הקיים פגמים מהותיים שלא תוקנו עד מועד סיום הביקורת.
(ג) לפי נוהלי המינהל, עסקה במקרקעין טעונה אישור מראש - דהיינו, לפני חתימת החוזה בעניינה - של פורום המורכב מבעלי תפקידים בכירים במינהל, המכונה הנהלת המינהל, ולעתים - ועדת עסקות. לפי הנוהל, קודם להבאת העסקה לאישור, על כל הדרגים המקצועיים במינהל לבדוק אותה ולנהל בקרה עליה. במינהל נהוג להביא לאישור מועצת מקרקעי ישראל (להלן - המועצה) הצעות לעסקות החורגות במהותן מהחלטות מועצה קודמות, או שאינן מעוגנות בנוהלי המינהל, וכן עסקות חריגות מבחינת היקפן הכספי (או שטחן). בעניין זה כבר קבע מבקר המדינה בדוח שנתי 51ב כי כשמדובר בהסדר חריג או ייחודי, שאינו מעוגן בנוהלי המינהל ואינו תואם החלטות קודמות של המועצה, על המינהל להביא את ההסדר המוצע לאישור המועצה לפני החתימה עליו, ולצרף לו חוות דעת, ניתוחים מקצועיים ונתונים אחרים הנחוצים לקבלת החלטה מושכלת, ואף להציג למועצה חלופות להסדר.
במקרה דנן לא נבדקה העסקה המוצעת בידי הדרגים המקצועיים במינהל, והחוזה לא הובא מראש לאישורם של מוסדות המינהל, דהיינו ההנהלה והמועצה, אלא בדיעבד, לאחר שנחתם -בניגוד לנהליו ולסדרי מינהל תקינים. גם בשלב הזה, ולמעשה עד מועד סיום הביקורת, לא היו בידי המינהל - וממילא הוא לא הציג בפני המועצה - נתונים שהיו הכרחיים לקבלת החלטות אשר לתועלת שהוא מפיק מהחוזה ואשר להשפעת תנאי החוזה על אינטרס המדינה. לדוגמה: נתונים בדבר מעמדם הקנייני והתכנוני של מקרקעי התמורה ובדבר ערכם.
3. שר התמ"ת, שהוא גם יו"ר המועצה, השתתף באופן פעיל בגיבוש העסקה, בניסוח החוזה ובאישורו במועצה. מעורבותו של השר בעסקה הנדונה גלשה מהמותר לו בתור יו"ר המועצה, בתור השר הממונה ישירות על מנהל המינהל, ובתור השר הממונה (יחד עם שר האוצר) על ביצוע חוק מינהל מקרקעי ישראל, התש"ך-1960. יתרה מזו, בהתערבותו בפעילותו השוטפת של המינהל הוא פגע במעמד המינהל, שכן בתור הרשות המוסמכת לפי אותו חוק לנהל את מקרקעי ישראל חייב המינהל להפעיל שיקול דעת עצמאי בנושאים שבטיפולו.
ראוי היה שהשר ידווח למועצה על מעורבותו בגיבוש העסקה לפרטיה, בעת שזו דנה באישור החוזה, אולם הוא לא עשה כן. למשל, הוא לא גילה לחברי המועצה כי הוא קיים מגעים עם ראש העירייה לפני חתימת החוזה וכי הוראות החוזה ותנאיו הובאו מראש לידיעתו ולאישורו. כך, נמנע מהמועצה לקבל תמונה מלאה ומדויקת לגבי התהוות העסקה.