בשנת 2001 נקלעו מפעלי תעשייה רבים למצוקה כספית. סגירת מפעלים שנקלעו לקשיים, עלולה לגרום לאבטלה נוספת באזורים שבהם שיעור האבטלה גבוה ממילא. על מנת למנוע זאת החליטה ועדת השרים לענייני חברה וכלכלה באוגוסט 2001 להקים ועדת שרים לטיפול במפעלים במצוקה. בדצמבר 2001 החליטה הממשלה להקים קרן תקציבית של 200 מיליון ש"ח לשם מתן הלוואות למפעלים במצוקה. נקבע, שוועדת השרים היא אשר תחליט אילו מפעלים יקבלו את ההלוואות. עד אוגוסט 2004 קיבל משרד התעשייה, המסחר והתעסוקה (להלן - משרד התמ"ת) כ-110 בקשות ממפעלים לקבלת הלוואות מהקרן, ול-11 מהם ניתנו הלוואות בסכום כולל של כ-57 מיליון ש"ח.
להקמת הקרן לא קדמה עבודת מטה שהייתה צריכה לכלול, בין היתר, את אלה: הגדרה של מפעל במצוקה; מיפוי ואומדן של מספר המפעלים שנקלעו למצוקה וציון המאפיינים שלהם; קביעת סוג הסיוע אשר לו זקוקים מפעלים אלו. כתוצאה מכך נקבעו אמות מידה שלא תמיד התאימו לצרכים, ולכן הן שונו חמש פעמים במשך שלוש שנים. השינויים הקשו על מפעלים במצוקה לדעת אם הם עומדים בתנאי הסף ואם כדאי להגיש בקשה לסיוע מהקרן. לאחר כשלוש שנים נוצלו רק כ-30% מהתקציב המקורי. עד שנת 2004 לא פרסם משרד התמ"ת הוראות המפרטות את תנאי הקרן ולא פרסם מידע זה באתר האינטרנט שלו, אף שהוא נוהג לעשות כך בתכניות אחרות.
ועדת השרים לא קבעה מי יפעיל את הקרן. בפועל, החשב הכללי שבמשרד האוצר (להלן - החשכ"ל) הוא אשר ניהל את הקרן, אף שאין זה מתפקידו לעסוק במתן הלוואות ובמעקב אחר פירעונן, דבר שנעשה בדרך כלל באמצעות מוסדות פיננסיים המתמחים בכך.
כספי ההלוואות הועברו, בין היתר, למפעלים שלא החזירו הלוואות קודמות שקיבלו מהממשלה או לא עמדו בפירעון התשלומים לקרן. לשני מפעלים נתן החשכ"ל את כספי ההלוואות מבלי שהייתה בידיו ערבות בעלים על מלוא סכום ההלוואה כנדרש באמות המידה. לשני מפעלים אושרו הלוואות אף שיועצים כלכליים שבדקו את הבקשות עבור משרד התמ"ת הטילו ספק ביכולתם להמשיך בפעילות גם לאחר קבלת הסיוע.
למעשה, המטרות העיקריות שלמענן הוקמה הקרן לא הושגו: שמירה על תעסוקה במפעלים והישרדותם. לפי נתונים שבידי החשכ"ל, בתחילת 2004 העסיקו המפעלים שקיבלו הלוואות בשנים 2002-2003 רק כמחצית ממספר העובדים אשר אותם התחייבו להעסיק. ארבעה מ-11 המפעלים שקיבלו הלוואות הפסיקו לפרוע אותן. מפעלים אלו קיבלו מהקרן הלוואות בסכום של כ-41 מיליון ש"ח, כ-70% מן הלוואות שנתנה הקרן; שלושה מהם נסגרו. באוגוסט 2004, לאחר מועד סיום הביקורת, נסגרה הקרן והוקמה אחרת תחתיה.