פרויקט חונכות (להלן - פר"ח) החל לפעול בשנת 1974 ביוזמת מכון ויצמן למדע ברחובות (להלן - מכון ויצמן). הפרויקט מתבצע במימון הוועדה לתכנון ולתקצוב של המועצה להשכלה גבוהה (להלן - ות"ת), משרד החינוך, התרבות והספורט (להלן - משרד החינוך) והמכון הממשלתי להכשרה טכנולוגית (להלן - מה"ט) שבמשרד התעשייה, המסחר והתעסוקה. פר"ח פועל כיום במסגרת עמותת מכון דוידסון לחינוך מדעי ליד מכון ויצמן למדע (להלן - מכון דוידסון). המטרות העיקריות של פר"ח הן לסייע לתלמידים במערכת החינוך באמצעות חונכות ולסייע לסטודנטים במימון שכר הלימוד באמצעות מלגות שיקבלו בתמורה לעבודת החונכות. בשנת הלימודים התשס"ד (2003-2004) הועסקו בפר"ח כ-28,000 סטודנטים. תקציב הפרויקט הוא כ-160 מיליון ש"ח בשנה; בשנות הלימודים התשנ"ד-התשס"ג השקיעה המדינה בפרויקט, באמצעות הגופים הנ"ל, כ-1.3 מיליארד ש"ח.
הביקורת העלתה שלפר"ח אין מעמד משפטי נפרד ועצמאי והוא פועל במסגרת שתי ישויות משפטיות: מכון ויצמן, החותם על הסכמים עם הממשלה ומכון דוידסון, החותם על התקשרויות עם ספקים וגופים אחרים. תפעול הפרויקט הועבר למכון דוידסון אף כי הנהלת מכון ויצמן והגופים הממשלתיים המשתתפים בפר"ח לא קיבלו החלטה מפורשת על כך. על אף העברת פעילות פר"ח למכון דוידסון, פר"ח מנוהל בפועל כישות עצמאית, וגם המכון אינו רואה בפעילות פר"ח חלק אינטגרלי מפעילותו. הדבר יוצר עמימות לגבי מעמדו המשפטי והארגוני של הפרויקט.
לפר"ח מועצה מייעצת (להלן - המועצה) שחבריה מתמנים בידי שר החינוך. ישיבתה האחרונה של המועצה עד מועד סיום הביקורת התקיימה ביוני 2001. מסיכומי הישיבות של מועצת פר"ח בשנים 1997-2001 עולה כי היא לא מילאה למעשה את עיקרי תפקידיה כפי שנקבעו בתקנונה אף בתקופה שבה התכנסה. גם מספר דיוני ההנהלה הצטמצם במידה ניכרת. עקב כך רוב ההחלטות בעניין פר"ח התקבלו בידי המנכ"ל, בלא שהוגדרו סמכויותיו.
מועצת פר"ח והנהלת פר"ח החליטו ב-2000 וב-2003 כי 80% מהחונכים יעסקו בחונכות אישית (כל סטודנט יחנוך חניך אחד). נמצא כי קבלת ההחלטות בשני המוסדות לא נעשתה על סמך בדיקה או נתונים כלשהם.
ההחלטות שקיבלה הממשלה בדצמבר 1998 ובמאי 1999 על הגברת המעורבות החברתית של הסטודנטים והגדלת מספר מלגות פר"ח, לא יושמו בידי הגופים המתקצבים את פר"ח ומשתתפים בהנהלתו - ות"ת, משרד החינוך ומה"ט.
נמצא כי ות"ת הפחיתה פעמיים את תקציב פר"ח בשנות התקציב התשס"ב-התשס"ד (2001-2004); היא אישרה לו תקציב קטן מזה שאושר לו בתקציב המדינה וקיצצה גם בביצוע התקציב שאישרה.
הועלה, כי פר"ח קיבל מסוכנות הביטוח שעמה התקשר תרומה בסך 30,000 ש"ח. בתרומה זו יש טעם לפגם, מאחר שהיא עלולה ליצור, ולו למראית עין, העדפה של סוכנות הביטוח.
על פי הנחיות פר"ח, החונכות צריכה להיות מובנית: כל חונך, בשיתוף הרכז האחראי לו, אמור להכין תכנית חונכות אישית לכל ילד ובה מטרות החונכות והאמצעים שיינקטו להשגתן. כמו כן אמור להיעשות מעקב אחר השגת המטרות. בחלק ניכר מהחונכויות שנבדקו בשלוש מינהלות אזוריות של פר"ח לא נכתבו כלל מטרות לחונכות עם פירוט היעדים והדרכים להשגתם. בחונכויות אחרות הוגדרו מטרות באופן כללי וחלקי בלא פירוט הדרכים שבהן יפעל החונך להשיגן. אחר חונכויות רבות לא נעשה מעקב או שנעשה באופן חלקי. בשנות הלימודים התשס"ג והתשס"ד החלו כשליש מהחונכויות באיחור; האיחור מקצר את תקופת החונכות ועלול לפגוע ביעילותה.
המידע המינהלי במרשם הממוחשב של פר"ח על בתי הספר והילדים המשתתפים בפרויקט חסר ואינו מאפשר עיבוד נתונים לצורך קבלת החלטות וקביעת סדרי עדיפויות.
הנהלת פר"ח לא בדקה את אפקטיביות הפרויקט באמצעות מחקר בלתי תלוי, והסתפקה בהפצת שאלוני משוב. גם האפקטיביות של פעולות ההדרכה בפרויקט לא נבדקה מעבר למילוי שאלוני שביעות רצון בידי הרכזים והחונכים.
כאמור, לפר"ח שתי מטרות עיקריות: סיוע לסטודנטים במימון שכר הלימוד וקידום תלמידים שנמצאו נזקקים ומתאימים להשתלב בפרויקט. המטרה הראשונה, סיוע לסטודנטים, מושגת בעצם מתן המלגות לסטודנטים החונכים. ואולם, מתחייבת בדיקה באיזו מידה מושגת המטרה של קידום הילדים הנחנכים מבחינה רגשית, חברתית ולימודית, והאם לשם השגתה יש צורך לשפר את ההכשרה וההדרכה הניתנות לחונכים. תוצאות הבדיקה חיוניות לצורך הפקת לקחים ויוכלו לסייע בקבלת החלטות בדבר דרכי הפעלת הפרויקט, כדי לשפרו ולהפיק ממנו את המיטב.