אגף בינוי שבמשרד הביטחון מופקד, בין היתר, על ביצוע עבודות הבינוי והאחזקה במערכת הביטחון. פעילות זו נעשית לפי צורכי גופים שונים העוסקים בבינוי בצה"ל ובמערכת הביטחון האזרחית. הסכומים ששילם משרד הביטחון בשנת 2001 לביצוע עבודות בינוי עבור צה"ל הסתכמו בכמיליארד ש"ח.
בביקורת עלה, כי קיימים ליקויים בסדרי שיתוף הפעולה והתיאום בין אגף בינוי לבין הגופים העוסקים בבינוי בצה"ל בנוגע לתכנון ולביצוע עבודות בינוי, שגורמים לעלויות מיותרות ולפיגורים בלוח הזמנים. עוד עלה, כי צה"ל לא קבע קווים מנחים לבנייה לצורכי צה"ל במחנותיו וסטנדרטים שיובילו לחיסכון בעלויות התכנון, הבינוי והאחזקה.
כמו כן, עלו ליקויים בתהליכי ההכנה והפרסום של המסמכים הטכניים הדרושים להתקשרות - מיפרטים כלליים שמכין אגף בינוי וקטלוגים לפרטים סטנדרטיים שמכין מרכז בינוי שבאגף הטכנולוגיה והלוגיסטיקה בצה"ל - בכלל זה חוסר במיפרטים ורמת עדכניות וזמינות בלתי מספקות של מיפרטים אחרים.
משרד מבקר המדינה העיר, כי מערכת הביטחון זיהתה חלק מליקויים אלה כבר בעבר. כדי להשיג ביצוע מיטבי של עבודות הבינוי וכדי להוזיל את עלויות התכנון, הבינוי והאחזקה, על משרד הביטחון ועל צה"ל לפעול לתיקון הליקויים.