חוק שירות ביטחון [נוסח משולב], התשמ"ו-1986, קובע הוראות בדבר קריאה להתייצבות, לבדיקה רפואית ולבדיקה לשם קביעת כושרו הכללי ומידת התאמתו למילוי תפקיד בשירות ביטחון של כל מיועד לשירות ביטחון (להלן - מלש"ב), וכן את חובת מלש"ב להתייצב לבדיקה. מינהל הגיוס, הכפוף לאגף כוח אדם (להלן - אכ"א) במטה הכללי, אחראי, באמצעות לשכות הגיוס הכפופות לו, לביצוע בדיקות רפואיות למלש"בים. ועדות רפואיות, הכפופות למינהל הגיוס ומונחות מקצועית על ידי מפקדת קצין הרפואה הראשי (להלן - מקרפ"ר) קובעות את כושרו הבריאותי של כל מלש"ב לשירות ביטחון (להלן - מיון רפואי). כמו כן אחראי מינהל הגיוס לביצוע אבחון פסיכומטרי למלש"בים לשם קביעת מידת התאמתם לתפקידים בצה"ל (להלן - מיון איכותי).
להלן הממצאים העיקריים מביקורת שערך משרד מבקר המדינה על סדרי המיון הרפואי והמיון האיכותי למלש"בים:
א. מקרפ"ר קבעה את המכסות היומיות של מלש"בים שנבדקים בוועדות הרפואיות, בלי שבחנה את משך הזמן הדרוש בפועל לרופאים לבצע את האבחון הרפואי לכל מלש"ב.
ב. כ-60% מהמלש"בים אינם מחזירים ללשכות הגיוס שאלונים רפואיים שקיבלו עם הזימון להתייצבותם, אשר נועדו לסייע לוועדות הרפואיות בקביעת כושרם הרפואי. היעדר האכיפה של החזרת השאלונים פוגם באיכות סיכום הפרופילים הרפואיים של המלש"בים, ומחייב למצוא דרכים לשינוי המצב.
ג. בשנים 1998-2000 קיימת מגמה רצופה של עלייה במספר המלש"בים שקיבלו פטור משירות ביטחון מסיבות נפשיות. בעקבות זאת, וכן בשל תחושה בצה"ל, כי חלק ניכר מהמקרים שבהם נקבעים פרופילים רפואיים עם סעיפי ליקוי נפשיים נובעים ממוטיבציה נמוכה לשרת בצה"ל המשליכה על המצב הנפשי, ולא מגיעה לכדי הפרעה נפשית מובהקת, הוציאה מחלקת בריאות הנפש במקרפ"ר המלצות להתמודדות עם הנשר בקרב המלש"בים. משרד מבקר המדינה העיר, כי מן הראוי שאכ"א יבחן את המלצות מחלקת בריאות הנפש בראייה משולבת רב-מערכתית עם כלל הגורמים המטפלים בפרט, לרבות גורמים מתאימים מחוץ לצבא.
ד. במינהל הגיוס פועל צוות בראשות רופא ראשי מאחת מלשכות הגיוס, המבצע בקרה מקצועית על איכות עבודת הוועדות הרפואיות. מדוחות הצוות עולה, כי בעבודת הוועדות הרפואיות קיימים ליקויים חוזרים, כגון: טעויות בשיקול הדעת הרפואי, בביצוע הבדיקות הגופניות, בבירור ההסטוריה הרפואית של המלש"בים וכן אי-הקפדה על מילוי טופסי הבדיקות הרפואיות, כנדרש. צוות הבקרה מצא גם, כי בלשכת הגיוס תל-השומר, שהיא הגדולה מבין לשכות הגיוס, ונקבעים בה פרופילים רפואיים ל-45% מהמלש"בים, נקבע השיעור הנמוך ביותר מבין כל לשכות הגיוס של הגברים הכשרים מבחינה רפואית לשירות ביחידות השדה. במינהל הגיוס ובמקרפ"ר לא פורסמה התייחסות לממצאי הצוות, לא הייתה למידה ארגונית ולא הופקו הלקחים הנדרשים. משרד מבקר המדינה הצביע על החשיבות הרבה של הבקרה המקצועית על עבודת הוועדות הרפואיות ככלי לשיפור תהליך המיון הרפואי.
ה. אחד מהשלבים העיקריים במיון האיכותי למלש"בים הוא ציון דירוג ראשוני כללי (להלן - צד"כ), המופק על סמך ריאיון אישי הנערך להם, ובו נבחנות התכונות האישיות וההתנהגותיות שלהם. ציון זה מהווה אומדן למידת התאמתם של המלש"בים לשרת בתפקידי לחימה. נמצא, כי ריאיון הצד"כ נערך רק לגברים ואינו נערך כלל לנשים, אף על פי שבשנים האחרונות שולבו נשים במקצועות, בתפקידים ובקורסים איכותיים שבעבר שובצו בהם גברים בלבד. משרד מבקר המדינה המליץ לאכ"א לבחון את השימוש בריאיון צד"כ במיון האיכותי לנשים, ובשלב הראשון - לנשים המיועדות לתפקידי לחימה.
גם במיון הרפואי נמצאו הבדלים: לגברים, נערך מיון רפואי מלא, ואילו לנשים נערך מיון רפואי פחות יסודי, כיוון שרובן מיועדות לתפקידי מינהלה. כתוצאה מכך, הרופאים בוועדות הרפואיות נוקטים במדיניות מחמירה בקביעת הפרופילים הרפואיים לנשים. רק לנשים, שאותרו כמתאימות לתפקידי לחימה והביעו רצונן לשרת בתפקידים אלה, נערך מיון רפואי מלא. משרד מבקר המדינה העיר, כי שיטת המיון הרפואי לנשים עלולה למנוע מראש מחלק מהנשים, שנקבע להן פרופיל רפואי נמוך, את האפשרות להיכלל בקבוצת הנשים בעלות פוטנציאל לתפקידי לחימה, כיוון שאם היו עוברות מראש מיון רפואי מלא, יתכן כי לחלקן היה סיכוי להיכלל בקבוצה זו.
ו. בשנת הגיוס 2000 קיבלו כ-5,000 מלש"בים ציון ניבוי המבטא אי-התאמה לשרת בתפקידי לחימה ועקב כך נשלחו לאבחון של גורמי בריאות הנפש. מחציתם נמצאו ללא כל מגבלה לשירות צבאי, אולם ציון הניבוי לא נבחן מחדש, והצד"כ הנמוך שלהם נותר על כנו. משרד מבקר המדינה המליץ לשקול עניין זה, כדי לאפשר מיצוי טוב יותר של אותם מלש"בים.