לוגו מדינת ישראל
ספריית הפרסומים משרד מבקר המדינה ונציבות תלונות הציבור

פעילות המכון הגיאופיסי לישראל כחברה ממשלתית

הגעת לתוכן כרטיסייה על מנת להמשיך בנייוט דלג עם החיצים למטה ולמעלה
מסגרת פרסום:
תאריך הפרסום:
סוג הפרסום:
 

תקציר

מבוא

המכון הגיאופיסי לישראל (להלן - המכון) הוקם בשנת 1957 כחברה ממשלתית שלא למטרת רווח, מוגבלת בערבות ללא הון מניות. על פי תזכיר ההתאגדות של המכון, הכנסותיו "ישמשו אך ורק לקידום מטרות המכון כפי שפורטו בתזכיר זה; שום חלק מהם לא ישולם ולא יועבר בצורת רווחים לחברי המכון, לא במישרין ולא בעקיפין בדרך של דיוידנדה, הענקה או באיזה שהוא אופן אחר".

בעלי המכון הם הממשלה (99.9%) ומכרות נחושת תמנע בע"מ (0.1%). שר התשתיות הלאומיות אחראי לענייני המכון ובידיו, יחד עם ראש הממשלה, הסמכויות המפורטות בחוק בענייני המכון. המכון הוקם כדי לעשות סקרים ומחקרים גאופיזיים ואחרים בשטחה של מדינת ישראל, לשם חיפושי נפט, מי תהום, מחצבים ואוצרות טבע אחרים ומכירת ממצאיהם לכל המעוניין בכך, ולשם פיתוחן ושיפורן של שיטות להשגת המטרות האמורות. בתחילת שנות השמונים העבירה הממשלה את פעילות הניטור הססמי מן המכון הגיאולוגי אל המכון, ומאז נעשית פעילות זו באגף לססמולוגיה במכון.

המכון עוסק כיום בביצוע משימות לאומיות, ובכללן פיתוחו ושימורו של הידע בתחומי הגאופיזיקה ועשיית מחקרים בתחומים אלה, יצירת בסיס מידע ובסיס טכנולוגי לשימוש במשאביה התת-הקרקעיים של ישראל, ניהול הארכיון הגאופיזי הלאומי, וניהול המערכת הססמולוגית של ישראל.כמו כן הוא עוסק בפעולות מסחריות בארץ ובחו"ל, בכללן ביצוע עבודות בשביל גופים ממשלתיים, פרטיים ובין-לאומיים, בתחום חיפושי נפט, פיתוח מקורות מים, בעיות תשתית ועוד.

מינהל המחקר למדעי האדמה (להלן - מינהל מדעי האדמה) שבמשרד התשתיות הלאומיות (להלן - משרד התשתיות) אחראי לפעילות המכון. מטרת מינהל מדעי האדמה היא "יצירת בסיס מדעי וטכנולוגי לשימוש נבון במשאבי הטבע של ישראל". כדי להשיג מטרה זו, מרכז המינהל את הפעילות המחקרית בתחום מדעי האדמה וקובע את המדיניות בנושאי הפיתוח כיווני המחקר ודרכי היישום בשלושת מכוני המחקר הקשורים אליו - המכון הגיאולוגי, החברה לחקר ימים ואגמים והמכון. בשנת 2000 תקצב המינהל כ-15.5 מיליון ש"ח (כ-41%) מהכנסות המכון לאותה שנה; יתר הכנסות המכון באות ממקורות אחרים, בעיקר מביצוע עבודות מסחריות ללקוחות בארץ ובחו"ל ומקרנות מחקר.

מאז הקמתו שכן המכון באזור התעשייה של חולון, על קרקע שקיבל מהמדינה. במחצית השנייה של שנת 1999 העתיק המכון את משרדיו למבנה שבנה על קרקע שחכר ממינהל מקרקעי ישראל (להלן - ממ"י) באזור התעשייה של לוד (ראו להלן). בסוף שנת 2000 העסיק המכון 83 עובדים.
משרד מבקר המדינה עשה ביקורת על פעילות המכון כחברה ממשלתית. הביקורת נעשתה במכון, במשרד התשתיות וברשות החברות הממשלתיות (להלן - הרשות). הממצאים שהעלתה הביקורת הובאו לידיעת הנוגעים בדבר.

פעולות המכון

עד תחילת שנות התשעים פעל המכון בעיקר בתחום חיפושי נפט. באותה עת מדיניות הממשלה היתה שחיפושי נפט בארץ והפעילות המדעית התומכת בהם יונחו, יתוקצבו ויבוצעו בידי המדינה, והיא היתה מעורבת מאוד בנעשה בתחום זה ותמכה בו בעיקר באמצעות חברות ממשלתיות שפעלו בתחום.

במהלך השנים חלו שינויים רבים בענף חיפושי נפט בארץ, ופעילות המכון היתה תלויה במידה ניכרת בהיקף פעילותן של החברות המחפשות נפט (הממשלתיות והפרטיות). עד אמצע שנות השמונים עסקו בחיפושי הנפט בארץ בעיקר גופים ממשלתיים, ומאז החלה פעילות זו לעבור לידי יזמים פרטיים, המממנים את פעילותם בעיקר באמצעות גיוס הון בבורסה. בתחילת שנות התשעים צומצמה פעילותן של החברות הממשלתיות והפרטיות העוסקות בחיפושי נפט, והממשלה הפריטה את כל החזקותיה בחברות הממשלתיות שפעלו בתחום זה, אך השאירה בידיה את תחום שירותי התמיכה הגאופיזית והגאולוגית. מאז, מעורבות הממשלה בחיפושי נפט בארץ באה לידי ביטוי בהעמדת מאגרי המידע הגאולוגיים והגאופיזיים (ללא תמורה כספית) והתשתית המקצועית והמכשירים שבידי המכון לרשות המחפשים.

1.  מנתוני המכון עולה, כי הירידה בהיקף חיפושי הנפט בארץ, בייחוד בשנות התשעים, הביאה לירידה של ממש בביקוש לשירותי המכון בארץ ולירידה ניכרת בהכנסותיו. בעקבות זאת החליט המכון, באישור משרד התשתיות, לפתח מנגנוני שיווק בניסיון למצוא עבודות בתחום הגיאופיזיקה והמחקר בשוק הבין-לאומי. כתוצאה מכך, חלק ניכר מפעילות המכון בשנים האחרונות הוא ביצוע פרויקטים גאופיזיים מסחריים בשביל גופים בחו"ל. פרויקטים אלה כוללים עבודות שדה ועיבוד נתונים בתחום חיפושי הנפט, וההכנסה מהם היא חלק ניכר (כמחצית) מהכנסות המכון.

להלן בטבלה פירוט הכנסותיו של המכון ממשרד התשתיות וממקורות אחרים (בארץ ובחו"ל) ושיעורן מסך כל הכנסותיו בשנים 1997-2000 לפי דוחותיו הכספיים לאותן שנים (באלפי ש"ח מותאמים לדצמבר 2000):
הטבלה בקובץ המצורף
מהטבלה עולה, שבמהלך השנים הנדונות ירד שיעור הכנסותיו של המכון מפעילותו בארץ, מסך כל הכנסותיו, ואילו שיעור הכנסותיו מפעילותו בשביל גופים בחו"ל (לרבות עבודות מחקר לגופים בחו"ל הממומנות במטבע זר) גדל במידה ניכרת. שיעור הכנסותיו האחרות של המכון מגופים בחו"ל מסך כל ההכנסות האחרות בשנים 1997-2000 היה בדרך כלל במגמת עלייה (55%, 74%, 87% ו-78%, בהתאמה).

להלן בטבלה הכנסות המכון, הוצאותיו והרווח או ההפסד התפעולי שלו בשנים 1997-2000, לפי דוחותיו הכספיים לאותן שנים (באלפי ש"ח מותאמים לדצמבר 2000):

הטבלה בקובץ המצורף 

מהטבלה עולה, כי בשנים 1997 ו-1998 היה למכון רווח תפעולי קטן, ובשנים 1999 ו-2000 היה לו הפסד תפעולי; בשנת 2000 הגיע ההפסד התפעולי של המכון לכ-9% מהכנסותיו.

מהנתונים דלעיל עולה, כי ללא ההכנסות האחרות מגופים בחו"ל היה המכון מסיים את השנים 1997-2000 בגירעון תקציבי ניכר, וכי יותר ממחצית הכנסות המכון בשנים 1998-2000 היו מביצוע פרויקטים מסחריים בישראל ובחו"ל.

משרד התשתיות כתב למשרד מבקר המדינה בתשובתו ממאי 2001, כי "תזכיר ההתאגדות מגדיר את המכון כחברה ללא מטרות רווח וכחברה שמקור הכנסותיה עשוי להיות מגוון הן מתקציב המדינה, והן מכל מקור אחר". כן כתב משרד התשתיות, כי מסמכי ההתאגדות של המכון "אינם אוסרים פעילות מסחרית מסוימת כסיוע לפעילותו העיקרית" ו"פעילות עסקית מסוימת כהשלמה או סיוע לפעילות מחקרית שלמענה הוקם המכון" ומאפשרים לו לעשות סקרים ומחקרים "בעבור כל המעונין בכך" ולהפיק מכך רווחים כדי שיוכל להמשיך ולהתקיים.

עוד הסביר משרד התשתיות, כי בעקבות השינויים שחלו בענף חיפושי הנפט והירידה בביקוש לשירותי המכון, חיפש המשרד דרכים להחזקת תשתית גאופיזית נאותה בישראל, וכי הנהלת המשרד סברה שהכנסות ממקורות חיצוניים, המושגות בדרך כלל בתנאי תחרות, יובילו בסופו של דבר להתייעלות המכון, להעלאת רמתו המקצועית, לשיפור התשתית המדעית ולצמצום הדרגתי של הנטל התקציבי שהתמיכה במכון מטילה על הממשלה. המשרד הסביר, כי "הלשכה המשפטית של המשרד סברה כי מסמכי היסוד של החברה מאפשרים ביצוע פעילות עסקית מסוימת (הן בארץ והן בחו"ל) כהשלמה לפעילותו העיקרית של המכון הקשורה בביצוע משימות שלטוניות בתחום מדעי האדמה". באוקטובר 2001 הוסיף המשרד, כי אף שתזכיר ההתאגדות של המכון אינו שולל פעילות מסחרית בחו"ל, המשרד שותף "לאי נוחות ביקורת המדינה מן התלות של המכון בעבודות מזדמנות בחו"ל והיינו מעדיפים ליצור בארץ בסיס איתן לתפקודו. המכון הוא נכס שנבנה במשך שנים כדי לספק תשתית לאומית חיונית. על המשרד, יחד עם גורמי ממשלה נוספים, מוטל תפקיד של איתור כלים לייצוב המערכת לטווח ארוך, למניעת סכנת התמוטטות או ניוון המו"פ התשתיתי. אין ספק כי ההתמודדות עם הדילמה בנוגע להמשך פעילותו של המכון מורכבת מיסודה".

המכון כתב למשרד מבקר המדינה בתשובתו ממאי 2001, כי "העבודה בחו"ל באה לשרת מטרה מרכזית של המכון, שהיא קיום תשתית גיאופיסית בארץ. ללא עבודות חו"ל היה המכון נאלץ לסגור את הצוות הססמי, או לחילופין, לנסות ולקבל מימון גדול יותר מהמדינה לקיומו". המכון ציין כי פעילותו בחו"ל, באמצעות חברה בת, אושרה בהחלטת ממשלה.

2.  מנתוני המכון עולה, שעיקר הכנסות המכון מביצוע הפרויקטים הססמיים בחו"ל מקורן במדינה אחת (תורכיה), והמשך ביצוע פרויקטים לאותה מדינה אינו מובטח.

בחודשים מאי-יולי 2001 דיווחה הנהלת המכון לדירקטוריון המכון כי יש חוסר ודאות בקשר לעבודות בחו"ל שעל פי התכנון היה המכון אמור לקבל בשנת 2001; המכון נמצא במשבר כספי קשה, והדבר חייב את המכון להיערך לביצוע תכנית חירום וצמצומים לרבות בכוח אדם, ויתור העובדים על 5% משכרם כהלוואה למכון עד שישתפר מצבו הכלכלי, ודחיית פירעון הלוואות לבנקים.

בניית מבנה משרדים חדש למכון

מאז הקמתו, שכן המכון, כאמור, באזור התעשייה של חולון על קרקע בבעלותו ששטחה כ-11,470 מ"ר, ועליה מבנים וצריפים ששטחם הכולל כ-2,750 מ"ר. בשל רעש, זיהום אוויר והפרעות סביבתיות אחרות ובשל מצבם הרעוע של המבנים, בדק המכון ב-1992 את האפשרות לעבור לאתר אחר. המכון העריך אז שיזדקק לשטח בנוי של עד 2,500 מ"ר, ועלות הבנייה תהיה כ-2.5 מיליון דולר ותמומן רובה מהתמורה שתתקבל ממכירת המגרש בחולון והמבנים שעליו.

בשנים 1993-1994 ביקש המכון מממ"י להחכיר לו בלוד שטח של 7,300 מ"ר בלא מכרז. בקשה זו הסתמכה על הוראות סעיף 3 (5) לתקנות חובת המכרזים, התשנ"ג-1993 (להלן - התקנות).

לפי סעיף זה, בנוסחו דאז, הענקת זכויות במקרקעין בידי ממ"י, בין היתר לחברה ממשלתית - ניתן לפוטרה ממכרז באישור החשב הכללי במשרד האוצר (להלן - החשכ"ל), אם התקיימו כל התנאים שבסעיף, כדלהלן:

"(א) החברה הממשלתית מהווה על פי מסמכי היסוד שלה ועל פי החלטת הממשלה שהקימה אותה, זרוע לביצוע מטלות ישירות ומוגדרות של הממשלה וההתקשרות נעשית לשם ביצוע מטלות אלה; או - החברה מבצעת מטלה או שירות שהוטלו עליה לפי דין, או מספקת שירות או מצרך חיוניים לציבור, וההתקשרות נעשית לשם ביצוע מטלה או שירות אלה;

(ב) אין בביצוע נושא ההתקשרות בידי החברה הממשלתית משום התחרות בשוק הפרטי;

(ג) קיימת חברה ממשלתית אחת בלבד לביצוע המטלות האמורות בפסקת משנה (א); קיימות מספר חברות לעניין זה - ייערך מכרז סגור ביניהן;

(ד) החברה הממשלתית התחייבה כי התקשרויותיה עם צדדים נוספים, ככל שהן נובעות מן ההתקשרות עם המדינה, תיעשנה במכרז פומבי, למעט אם התקיימו התנאים האמורים בתקנה זו ובתקנות 4, 5 או 14, ואם התקיימו, תיעשנה ההתקשרויות בהתאם לתקנות האמורות לפי הענין."

המכון נימק את בקשתו לפטור ממכרז לחכירת הקרקע, בין היתר בהיותו חברה ממשלתית לא עסקית המתוקצבת מתקציב המדינה ותלויה בו, בהיותו חברה ייחודית שאינה מתחרה בשוק החופשי, הזקוקה לקרקע לצרכיה, ובכך שהוא נותן שירותים לחברות הנפט, שכולן נמצאות במרכז הארץ. נוכח נימוקים אלה אישרה הנהלת ממ"י בישיבתה ב-10.7.94 את בקשת המכון והתנתה את האישור באישורם של החשכ"ל וועדת הפטור של ממ"י. ב-9.11.94 החליטה ועדת הפטור לאשר את הקצאת השטח למכון, שגודלו 7,300 מ"ר, בנימוקיה להחלטה צוין, כי היא התקבלה "כיוון שנראה לוועדה כי יש לסייע לחברה הממשלתית למלא את תפקידה על הצד הטוב ביותר. הוועדה השתכנעה מנימוקיו של מנכ"ל החברה כי יש למקם את המכון במקום מתאים במרכז הארץ".

משרד מבקר המדינה העלה, כי לפני מתן האישור לא בדק ממ"י כראוי מדוע זקוק המכון לשטח בגודל המבוקש ומהו השטח הבנוי שהמכון זקוק לו, כדי לדעת אם השימוש המתוכנן בקרקע אכן תואם את כל הדרישות בתקנות דלעיל בעניין פטור ממכרז, ואם הדבר מצדיק להקצות למכון מגרש בגודל המבוקש.

עוד העלתה הביקורת, כי בניגוד לכוונתו המקורית להשתמש בקרקע לצרכיו בלבד, דבר שהשתמע גם מבקשת המכון שהגיש לממ"י, החליט דירקטוריון המכון, ביולי 1995, לנצל את מלוא אחוזי הבנייה המותרים במגרש, ואת השטחים העודפים - להשכיר. בנובמבר 1995 חתמו המכון וממ"י על חוזה לפיתוח הקרקע ששטחה 7,300 מ"ר, אשר לפי נתוני ממ"י היה אפשר לבנות עליה משרדים ששטחם הכולל הוא 70% משטח הקרקע, דהיינו 5,110 מ"ר, וכן שטחי שירות המגיעים לכ-2,200 מ"ר. במכון לא נמצאו מסמכים המעידים כי הוא דיווח לממ"י לפני הדיון בוועדת הפטור, לפני החתימה על חוזה הפיתוח, או לאחריה, על כוונתו לנצל את מלוא אחוזי הבנייה המותרים מעבר לצרכיו, ולהשכיר את השטחים העודפים, אף שדירקטוריון המכון החליט על כך כאמור עוד ביולי 1995. בעקבות החלטת הדירקטוריון דלעיל בנה המכון, על פי אישורים שקיבל, כ-8,500 מ"ר, ומהם כ-3,600 מ"ר מנוצלים כיום לצרכיו וכ-4,900 מ"ר - מושכרים על ידו. למעשה בנה המכון מבנה ששטחו גדול יותר מפי שלושה מהשטח הבנוי שנדרש לו לפי הערכתו משנת 1992. הבנייה הושלמה במהלך 1999, ועלות הקמת המבנה (כולל הקרקע) היתה כ-12 מיליון דולר (לא כולל עלויות מימון).

לדעת משרד מבקר המדינה, ההתקשרות לחכירת הקרקע בפטור ממכרז, נועדה רק לשם ביצוע של מטלות ישירות ומוגדרות שהטילה הממשלה על המכון; העובדה שהמכון בנה יותר מהדרוש לו, ופעילותו בתחום השכרת משרדים - יש בה גם משום תחרות בשוק הפרטי - ותוצאתן היא שהמכון אינו מקיים במלואם את התנאים לקבלת פטור ממכרז שנקבעו בסעיף 3 (5) לתקנות, שעליהם הסתמך כאמור כאשר ביקש פטור ממכרז.

המכון הסביר בתשובתו למשרד מבקר המדינה, כי "הרעיון לבנות להשכרה ולנצל את מלוא אחוזי הבנייה היה של הדירקטוריון ולא של הנהלת החברה [המכון]; הנהלת החברה [המכון] מילאה אחר הנחיות הדירקטוריון ככתבן וכלשונן. רשות החברות והמשרד היו מודעים בזמן אמת לכל יוזמות המכון, ויכולים היו ליזום כל דיון נוסף שחפצו"; את ההמלצה לרכוש את הקרקע בלוד קיבל המכון משר האנרגיה דאז, ו"בחינת הפעילות הכוללת של המכון לטווח ארוך נוכח יעדיו ומטרותיו [היא שהביאה] להחלטה על הבינוי ואת המינהל [מינהל מדעי האדמה] המשרד והשר, לתמוך בהחלטה ולסייע בביצועה" עוד כתב המכון, "כי קשייו הכספיים ... היו בבסיס החלטת הדירקטוריון להגדלת נפח הבניה, על מנת ליצור למכון 'רגל' נוספת עליו יוכל להישען מהבחינה התקציבית ... [וכי] השענות מכוני מחקר ו/או מוסדות אקדמאים על הכנסות נדל"ן היא מקובלת בארץ ובעולם". הרשות כתבה ב-20.11.01 בתשובתה למשרד מבקר המדינה כי "ההחלטה לנצל את מלוא אחוזי הבנייה ולהשכיר בינתיים שטחים לא נחוצים היתה לדעתנו בתחום סמכותה של החברה ומועצת המנהלים שלה, ואיננו רואים כל בסיס להערת הביקורת כי 'חובה היה על המשרד ורשות החברות ללוות את ההחלטה האמורה בבחינה מיוחדת וכו' ' ".

בתשובתו למשרד מבקר המדינה כתב ממ"י ב-13.1.02, בין היתר, כדלהלן:

"א. [המבנה שבנה המכון] אינו משמש למטרה אשר על בסיסה ניתנת הקצאה בפטור ממכרז קרי בסופו של דבר ניבנה מבנה המשמש ברובו, ע"פ בדיקתכם להשכרה.

החברה הממשלתית לא יידעה את המינהל ואו את הוועדה לפטור ממכרז על כוונה כלשהי לבצע שימוש במקרקעין, בשונה מזה שהוצג. במידה והיה בידי המינהל [ממ"י] מידע כי כך הם פני הדברים, הנהלת המחוז ואו המינהל היו מתנגדות לבקשת ההקצאה, שאינה עולה בקנה אחד עם נימוקי הפטור. אנו תמהים מדוע חברה ממשלתית מציגה נתונים מסוימים בפני המינהל [ממ"י] וועדת הפטור, ובסופו של דבר, הפעילות בפועל - קרי השכרת קומות (שאינה פעילות ייחודית) הינה במנותק מהסיבות שעמדו לנגד עיני וועדת הפטור. לדעתנו - אף לאחר ההקצאה, היה מקום לפניה מהחברה למינהל, בה המינהל ייודע על שינוי בצורכי החברה, קרי הקטנת שטח. אם כך היו פני הדברים אזי המינהל היה עורך שינויים והתאמות בהקצאה, כך שזו תעמוד בקנה אחד עם החלטת וועדת הפטור".

בעניין "מצב העסקה" עם המכון ציין ממ"י, כי "תקופת הפיתוח הסתיימה בחודש יולי 1999, וחוזה חכירה לא נחתם. כתוצאה מעומס חריג המוטל על המחוז - לא התבצעה פעילות יזומה לבדיקת הסכם הפיתוח שפג. נוכח הממצאים שהועלו בדוח, נבצע מס' בדיקות וביניהן בדיקה בשטח על ידי מחלקת הפיקוח שלנו ועם סיומן הנושא יועלה לדיון בהנהלת המחוז לשם גיבוש המשך פעולה".

ב-23.1.02 כתב ממ"י למשרד מבקר המדינה, כי "הפטור להקצאות קרקע בעלת יעוד ושימוש מוגדרים, נעשית על פי המשרד הממשלתי או הגוף הממשלתי הנוגע בדבר. האחריות והחובה לוודא כי השימוש המבוקש אכן נעשה, מוטלת בראש ובראשונה על המשרד הממשלתי אליו כפופה אותה חברה ... בנוסף נדגיש את התנאים המיוחדים אשר המינהל [ממ"י] אמור להכניס לחוזה הפיתוח ואחר כך לחוזה חכירה אשר על פיהם מתחייב המבקש לעשות שימוש בנכס רק למטרת החכירה. הפרה של מטרת החכירה הינה הפרה יסודית אשר עשויה לגרור את ביטול החוזה גם אם מדובר במבנה שהוקם על ידי החברה. אנו מצפים מחברה ממשלתית כמו מכל גוף אחר לשמור על החוק ולכבד את החוזים עליהם חתמה. בפועל אין בידי המינהל הכלים לוודא כי השימוש עליו התחייבו כל החברות הממשלתיות ולטובתן זכו בפטור ממכרז, אכן מתקיים".

ב-3.2.02 כתב ממ"י למשרד מבקר המדינה, בין היתר, כי "לא ברור מהו הבסיס להנחות המכון, וכיצד אלו באות להסביר את שימושיו בקרקע, שאינם עולים בקנה אחד עם נימוקי הפטור ... היה צריך להתרחש אירוע שלא קרה, קרי: - הודעה מצד המכון כי הקרקע אינה מתאימה לצרכיו, כפי שידע להודיע מדוע המעבר לאזור הדרום הינו בעייתי; - בקשה למינהל [ממ"י] להמשיך ולאתר קרקע חלופית, שתתאים לצרכים ... עמדת המכון אינה ברורה ובסופו של דבר:

- קיימים שימושי קרקע שאינם עולים בקנה אחד עם הנימוקים שהיו לנגד עיני וועדת הפטור.

- אין הסבר מדוע המכון לא הודיע כי הקרקע הרלבנטית, אינה הולמת לצרכיו.

 התפתחות טבעית התגלגלה לכדי שטחים להשכרה ללא ידיעתנו ואו הסכמתנו.

לדעתנו - אף לאחר ההקצאה, היה מקום לפניה מהחברה למינהל [ממ"י], בה המינהל ייודע על שינוי בצורכי החברה".

בחינת פעילויות המכון

1.  לפי סעיף 14 לחוק החברות הממשלתיות, התשל"ה-1975 (להלן - חוק החברות הממשלתיות), הממשלה רשאית להביא למכירת מניות שהיא מחזיקה בחברה ממשלתית, אם ראתה אחת מאלה:   (א)  מטרות החברה הושגו או שהשגתן אינה אפשרית כלל או אינה אפשרית בחיסכון וביעילות.  (ב)  השגת מטרות החברה הוטלה על רשות שהוקמה בחוק או על חברה ממשלתית אחרת.  (ג)  רצוי שמטרות החברה יושגו בידי גוף שאינו חברה ממשלתית.

כן נאמר באותו סעיף, כי הצעת החלטה לפיו תוגש לממשלה לאחר התייעצות עם הרשות ועם הדירקטוריון של החברה הנוגעת בדבר. כמו כן נאמר בחוק, כי אם סברה הרשות שמאחת הסיבות האמורות לעיל יש להביא לפירוק של חברה ממשלתית או למכור מניות שלה שהמדינה מחזיקה, ושר לא הציע זאת לממשלה, תחווה הרשות את דעתה בעניין זה בתזכיר מנומק לשר האוצר ולממשלה.

לפי סעיף 54 (5) לחוק החברות הממשלתיות, אחד מתפקידי הרשות הוא לעקוב "ברציפות אחרי הפעילות של כל אחת מן החברות הממשלתיות, הגשמת מטרותיה, מהלך עסקיה, מצבה הכספי ... ותודיע על ממצאיה לשרים".

לפי סעיף 59ב (ב) לחוק האמור, "הצעה להחלטת הפרטה תוגש לועדת השרים בידי השרים או אחד מהם, בצירוף חוות דעת הרשות; סברה הרשות כי יש להחליט על הפרטת חברה ולא הציע זאת לממשלה אחד מהשרים, תחווה הרשות את דעתה בתזכיר מנומק לשרים ולועדת השרים ... ".

משרד מבקר המדינה העיר לרשות ולמשרד התשתיות, כי המכון נועד להיות חברה ממשלתית המבצעת בארץ מטלות ייחודיות בעבור הממשלה. יצוין, שהמכון הוגדר כאמור במסמכי היסוד שלו חברה שלא למטרות רווח ובמסמכים שונים שלו הוגדר חברה לא עסקית הניזונה מכספי המדינה.

עוד העיר משרד מבקר המדינה לרשות ולמשרד התשתיות, כי נוכח השינויים הניכרים שחלו בפעילות המכון בארץ ובהיקפה, העובדה שמרבית הכנסותיו של המכון מקורן בפעילותו המסחרית בארץ ובחו"ל, ונוכח עיסוקו בהשכרה כאמור, מן הראוי לבחון, בהתאם לסמכויותיהם על פי דין, אם אין במתכונת פעילותו משום סטייה מהגשמת המטרות המקוריות שיועדו לו, ולבחון את הצעדים המתחייבים מכך; בכלל זה, לשקול אם יש הצדקה שפעילותו תיעשה במסגרת של חברה ממשלתית דווקא או שראוי להפריט חלק מפעילויותיו, ומהי המתכונת המתאימה לביצוע פעילויותיו הלאומיות.

במסמך פנימי מפברואר 2001 בנושא אפשרויות ההפרטה של המכון, שהכינה הרשות בעקבות הביקורת של משרד מבקר המדינה נאמר, בין השאר: "יש פוטנציאל להפרטת מג"י [המכון] כולו או חלקו העסקי. פעולותיו העסקיות רווחיות וחלק מפעילויותיו עבור משרד התשתיות יכולות להתבצע על ידיו כגוף פרטי שיתמודד במכרז את הפעולות שיוחלט במשרד התשתיות הלאומיות כי הכרחי שתבוצענה על ידי גוף ממשלתי, ניתן להעביר לאחד מהגופים האחרים הכפופים למנהל מחקר מדעי האדמה במשרד התשתיות הלאומיות. הפרטה של מג"י [המכון] תהיה כדאית רק לאחר ביצוע פעילויות מסוימות. בין פעולות אלו הגדרת המשימות ה'ציבוריות' במובהק, מניעת כפילויות בפעילויות מג"י [המכון], המכון הגיאולוגי והחברה לחקר ימים ואגמים וחתימה על חוזים ארוכי טווח בין מג"י [המכון] לבין משרד התשתיות הלאומיות. הפרדת החלק ה'ציבורי' מהחלק העסקי במג"י [המכון] הינה צעד מסובך, שלא ברור אם ניתן לבצעו בלי לפגוע באיכות החברה ... , ראוי לבדוק האם כדאי להעביר את נכסי הנדל"ן של מג"י [המכון] לידי המדינה טרם ההפרטה, כדי למנוע מצב בו מג"י [המכון] יירכש רק לצורך השימוש במבנה שברשותו".

הרשות כתבה בתשובתה מאפריל 2001 למשרד מבקר המדינה, כי "בעקבות הערות משרדכם נערכה בדיקה פרטנית ראשונית ברשות החברות לגבי בחינת אפשרות הפרטת המכון ... כמו כן פנה לאחרונה מנהל הרשות למשרד בהצעה להקים צוות משותף למשרד התשתיות ולרשות לצורך בחינת אפשרות הפרטת המכון".

משרד התשתיות כתב למשרד מבקר המדינה במאי 2001, שמכמה בדיקות שיזם כדי לבחון את הסביבה הארגונית של המכון הוא הסיק, כי המוצר העיקרי שהמכון מפיק הוא "תשתית לאומית חיונית המצדיק את התקצוב הממשלתי"; עם זאת, הוא בוחן אם יש מקום לביצוע שינויים מבניים במכלול מערכות המחקר של מינהל מדעי האדמה, לרבות בחינתן של "חלופות שונות של שילוב פעילות מכוני המחקר, הפרדה בין פעילות עסקית לפעילות מדעית, יתרונות ההפרטה וכד'. בנוסף לכך, המשרד בוחן דרכים ליצירת קשר בין תשומות לבין לתפוקות, בודק דרכים לביצוע שינויים באופן מימון ותקצוב המכונים ושוקל שינוי בפרמטרים רבים נוספים ... לכל העוסקים בנושא ברור כי הגיע זמן לבצע שינויים מהותיים בדרכי ההתקשרות עם מכוני המחקר", אולם עדיין מוקדם מדי להצביע על החלופה המועדפת.

באפריל 2001 הציע מנהל הרשות למנכ"ל משרד התשתיות להקים בהקדם האפשרי, לפני גיבוש עמדת הרשות, צוות משותף למשרד ולרשות שיגבש את עמדת המדינה בנושא. מהמסמכים עולה כי בדיון שקיים הצוות ביוני 2001 בנושא הפרטת המכון, בהשתתפות מנהל הרשות ונציגים של המשרד ושל המכון, סוכם כי מינהל מדעי האדמה ימציא לרשות מסמכים הנוגעים לשאלות שהעלתה הרשות, כדי שהצוות ייעזר בהם בגיבוש החלטתו בנושא.

בספטמבר 2001 כתב מנהל הרשות לשר התשתיות, כי לאחר שהרשות "בחנה את פעילות מג"י [המכון] ואת האפשרות להפרטתה, מסקנות הרשות הינן:

(1) יש להפריד בין מטלות שלטוניות מובהקות של מג"י [המכון] לבין מטלות אחרות. מטלות שאין הכרח שיבוצעו בידי גוף של המשרד, ראוי שיהיו מבוצעות בדרך של מסירת עבודות לגוף חיצוני [Out-sourcing] למגזר הפרטי.

(2) חתימה על הסכמים ארוכי טווח בין מג"י [המכון] לבין המשרד לצורך ביצוע הפעילויות, חשובה. הסכמים אלו יעגנו את ביצוע הפעילויות שמבצע מג"י [המכון] עבור משרד התשתיות, כמו גם את התשלום עבורן.

(3) בכפוף לאמור לעיל, מדינת ישראל תמכור את כל אחזקותיה במג"י [במכון], ופעילויות שלטוניות שיש הכרח שיבוצעו ישירות על ידי גוף של המשרד, יבוצעו על ידי גוף של המשרד ולא על ידי מג"י [המכון] שכאמור לעיל, לא תהיה יותר חברה ממשלתית".

מנהל הרשות ביקש משר התשתיות לקיים דיון בסוגיה זו בהקדם האפשרי. ב-18.12.01 התקיים דיון בנושא האמור ובו השתתפו,בין היתר, מנכ"ל הרשות ומנכ"ל המשרד. בדיון סוכם, על פי מסמך של הרשות מ-23.12.01, שמשרד התשתיות יבחן את עמדת הרשות בעניין האפשרות להפריט את המכון, ובד בבד תיעשה יחד עם משרד האוצר בדיקה כלכלית בדבר המשמעויות הכספיות של ההפרטה. כן נקבע, כי הממצאים של הבדיקה ועמדת משרד התשתיות בנושא יוצגו בישיבה שעתידה להתקיים חודש לאחר הדיון האמור.

2.  משרד מבקר המדינה העלה, שהרשות לא פעלה כמתחייב מסעיף 54(5) לחוק החברות הממשלתיות ולא דיווחה לשרים על פעילות המכון ועל השינויים שחלו בה. אילו עשתה זאת, היה הדבר מאפשר לשרים לעמוד על השינויים המהותיים שחלו כאמור בפעילותו של המכון בשנים האחרונות, עקב השינויים בפעילות הממשלתית והפרטית בתחום חיפושי הנפט בארץ, ועל הפער הניכר שנוצר בין תחומי העיסוק שנקבעו למכון בעת הקמתו, לבין עיסוקיו הנוכחיים ולבחון מבעוד מועד את הפעולות המתחייבות מכך.

הרשות הסבירה בתשובתה למשרד מבקר המדינה, כי "בעניין אי דיווח לשרים על פעילות המכון כמתחייב מסעיף 54(5), מתקבל הרושם שמידע בדבר שינויים שחלו בפעילות המכון בשנים האחרונות נמנע ממשרדי הממשלה וכתוצאה מכך לא התקבלו ההחלטות הדרושות, ולא היא. למשרדי הממשלה, ובעיקר למשרד האחראי היה ידוע היטב, בזמן אמת במה עוסק המכון ואילו שינויים חלו בפעילותו ועל כן גם לא היה טעם בדיווח פורמלי על פי הסעיף הנזכר".

לדעת משרד מבקר המדינה, סעיף 54 לחוק החברות הממשלתיות, המחייב את הרשות לעקוב אחר פעילות החברות הממשלתיות ולדווח לשרים על ממצאיה, נועד להפנות את תשומת לב השרים לבעיות המרכזיות של חברות אלה. לכן, גם אם היה ברור לרשות שלמשרד ידוע במה עוסק המכון ואילו שינויים חלו בפעילותו, לא היה בכך כדי לפטור אותה מחובתה לדווח לשרים. דיווחים אחרים לשרים על מצב החברות, ויהיו טובים ככל שיהיו, אינם יכולים לשמש תחליף לדיווח הנדרש בחוק.

מממצאי הביקורת עולה, שחלק הארי מהכנסות המכון הוא מכירת שירותים מסחריים בארץ ובחו"ל, וחלק קטן בלבד נובע מפעולות שהממשלה ייעדה לו בעת הקמתו. מן הראוי שתושלם הבחינה לגבי פעילות המכון כחברה ממשלתית ותגובש בהקדם עמדה בנדון.