ענייני הכספים במשרד החוץ מנוהלים בידי אגף הכספים. באגף יש מחלקת תחום חו"ל, שתפקידה לפקח על הנהלת החשבונות של הנציגויות בחו"ל. המחלקה אחראית גם להכנת תקציבי הנציגויות, לפיקוח על ביצועם ולהדרכת הנציגויות בענייני כספים.
בכל הנציגויות יש מערכת ממוחשבת אחידה לניהול חשבונות, המקושרת למערכת מקבילה הנמצאת באגף הכספים, בה נקלטים כל הנתונים המגיעים מחו"ל ועיבודם מאפשר פיקוח ומעקב מרוכז בנוגע להוצאות ולהכנסות של הנציגויות בחו"ל. על סמך נתונים אלה אמורים חמישה ראשי המדורים (להלן רמ"דים) המרחביים במחלקה לפקח על ניהול הכספים בנציגויות. כן עליהם לקיים ביקורי מטה בנציגויות, לפי תכנית עבודה. המשרד מעסיק גם ארבעה קציני מינהלה אזוריים (להלן קמ"א), שתפקידם לעשות ביקורת מקצועית ולסייע לקציני המינהלה. משרד מבקר המדינה בדק היבטים אחדים של הפיקוח הכספי על הנציגויות.
להכשרתם ולניסיונם של הרמ"דים נודעת חשיבות רבה. הביקורת העלתה, כי תקופות השירות של הרמ"דים במחלקה היו קצרות והתחלופה היתה רבה. ההכשרה הייעודית היחידה המוצעת לרמ"דים היא קורס במשך שבועיים שהמשרד מקיים באמצעות לשכת רואי החשבון, קורס שההשתתפות בו אינה חובה.
אין באגף הכספים תכנית עבודה לפיקוח על הניהול הכספי של הנציגויות. ההנחיה הכללית לרמ"דים היא לבדוק את פעולותיהן והוצאותיהן של הנציגויות בהתאם להוראות הכספים של המשרד. אולם אין נוהל המפרט כיצד לבדוק את הדוחות הכספיים של הנציגויות, אילו נושאים לבדוק, באיזו תדירות ובאילו נסיבות לבקש מסמכים מקוריים. כן נמצא, שאין אחידות בצורת הבדיקה, בתכיפות הבדיקות ובנושאים שבהם עוסקים הרמ"דים. אף על פי שעל הרמ"דים לעשות בדיקה מקיפה של הנהלת החשבונות בכל נציגות לפחות פעמיים בשנה, נמצא, שלא כל הרמ"דים עושים כך. כן נמצא, שהנהלת האגף לא דרשה דיווח כלשהו בכתב על ממצאי הבדיקות של הרמ"דים.
לא נמצא, כי הקמ"א הכינו תכניות עבודה לביקורי המטה שלהם. כל קמ"א נוהג כראות עיניו בעניין ביקורי המטה: תכיפותם, אורכם, הנושאים הנבדקים במהלכם והדיווחים עליהם.
אף כי מערכת ניהול החשבונות הממוחשבת בנציגויות מאפשרת ניהול כרטיסי ספקים, לא ניהלו הנציגויות כרטסת של ספקים שבאמצעותה ניתן לעקוב אחר התשלומים לספקים, וכתוצאה מכך אין לאחראים על הפיקוח במשרד נתונים מרוכזים בתחום זה.
בדיקות של נושאים מסוימים בכל הנציגויות (להלן בדיקות אופקיות) חשובות כדי לגלות בעיות מערכתיות בניהול כספי הנציגויות. הביקורת העלתה, שהמחלקה עשתה מספר מועט ביותר של בדיקות אופקיות. נמצא, שלא נעשו בדיקות אופקיות בנושאים, כמו הטיפול בחשבונות פיקדון וניהול קופות מזומנים בנציגויות. משרד מבקר המדינה בדק את שני הנושאים האמורים, ונמצא כי:
1. בתחילת שנת 2001 נמצא חשבון פיקדון של שגרירות באירופה שנפתח לפני יותר מ-15 שנה ובו מופקדים כ-85,000 דולר בריבית נמוכה שחויבה במס, אך לא נעשה בו כל שימוש ואף לא ננקטו צעדים לסגירתו. אף על פי כן, לא דרשה הנהלת האגף לבדוק את כל חשבונות הפיקדונות בנציגויות; בשנת 1998 החזיר בעל בניין של שגרירות באסיה כ-40% מפיקדון שהופקד אצלו בעבור תשלום דמי מפתח. השגרירות הפקידה סכום זה (בסך כ-400,000 דולר) בחשבון בנק בטוקיו. במשך כשלוש שנים לא נקבע ייעוד ממשי לכספים ולא נעשה בהם שימוש לכל מטרה אחרת.
2. במאי 2001 נוהלו ב-63 נציגויות קופות מזומנים. נמצא, שכמעט כל התשלומים נעשים במזומן במרבית הנציגויות באפריקה ובחבר המדינות, בחלק מהנציגויות באמריקה הלטינית ובנציגויות אחרות כמו במוסקבה, בבלגרד, בוורשה ובבודפשט. בבדיקות אקראיות שנעשו במהלך השנים התגלו עודפים וחוסרים בקופות של הנציגויות. בנציגויות אחרות כגון בשטוקהולם, בווינה, באתונה, בבריסל, בטוקיו, בבודפשט ובסאול לא ברורה כלל הסיבה לניהול קופות מזומנים. מדובר בנציגויות הנמצאות במדינות שיש להן מערכת בנקאית ענפה ומשוכללת.
לנוכח הקשיים בשליטה ובמעקב אחר הפעילות הכספית המבוצעת בקופות המזומנים, מעיר משרד מבקר המדינה, כי ראוי שהמשרד יגדיר את התנאים המצדיקים ניהול הפעילות הכספית באמצעות קופת מזומנים ויבחן מחדש את הצורך בקופות אלה בנציגויות שבהן קופות אלה עדיין קיימות.
על המשרד לגבש דפוסי עבודה ולהכין הנחיות מפורטות בכתב לפיקוח הכספי על נציגויותיו, וכן תכניות עבודה מחייבות לקיום ביקורות יסודיות ומקיפות על פעולותיהן הכספיות של הנציגויות.