עיריית ירושלים אחראית לטיהור שפכים שהיא מזרימה לאפיקי נחלים היורדים לכיוון מערב לשפלת יהודה ולכיוון מזרח לים המלח. בדיקת מעקב מורחבת, שאבה בעקבות ביקורת שפורסמה בדוח שנתי 42 (עמ' 854), ובדוח על הביקורת בשלטון המקומי, התשנ"ג-1992 (עמ' 405), העלתה את הממצאים האלה:
מינהלת הפרויקט להקמת מכוני טיהור, שהוקמה על פי החלטת מועצת עיריית ירושלים עוד ב-1990, לא מילאה את תפקידה - היא לא נקטה פעולות של ממש לקידום הקמת מכוני טיהור הנחוצים לעיר.
תכניות להקמת מכוני טיהור באגן הניקוז המערבי טרם אושרו ולכן לא היה אפשר להכין תכנון מפורט להקמתם.
באוקטובר 1992 הוכנה לאגן הניקוז המזרחי, באישור בגורמים המופקדים על נושא הביוב, תכנית חלופית לטיפול חלקי בשפכים, ברמת טיהור הנופלת מזו שמתחייבת לפי התקנות. בנובמבר 1993 בוטלה התכנית האמורה, והושבה על כנה התכנית המקורית; ובפועל עברה שנה נוספת בלי שחל כל שינוי בשטח.
ביוני 1990 נוסדה קרן למימון הקמה ותפעול של מכוני טיהור שפכים. העירייה לא העבירה לקרן כספי גבייה בשיעור שקבע חוק עזר בעניין הזה. כמו כן, כתוצאה מרישום לא סדיר של הפרשות לקרן ומאי- הצמדת ההפרשות למדד המחירים לצרכן, היו חסרים בקרן סכומים ניכרים, אשר הגיעו בתחילת 1993 לכ-3.5 מיליון ש"ח.