הטיפול בעבירות של העלמת הכנסות - קצב הטיפול בתיקים, שפתחו משרדי השומה לחקירות לנישומים שנחשדו שהעלמת הכנסות, היה איטי. ההליכים הפליליים מפתיחת החקירה ועד למתן גזר הדין נמשכו ברוב המקרים- ובייחוד באזור בתל אביב - שנים אחדות. בכך נחלשה ההרתעה, שהיא מטרתו העקרית של הטיפול הפלילי במעלימי הכנסות.
כל עוד נמשך הטיפול הפלילי בחשד של העלמת הכנסות, אין פקידי השומה עורכים שומות סופיות לנשומים החשודים בהעלמה; נגבה מהם מס רק על פי הדו"חות שהגישו.
פקידי השומה, המודעים לכך שהטיפול הפלילי מתמשך מאוד, מעדיפים לערוך שומות, תוך הגדלת סכומי ההכנסה בלי לבדוק, אם נוכח חשד לכאורה להעלמת הכנסה יש מקום להעביר את התיקים לטיפול פלילי. במספרם של תיקי החקירה, שנפתחו על פי חשדות שהתעוררו במהלך עריכת השומות, חלה ירידה ניכרת- מעבר לשיעור הירידה במספר השומות שנערכו על פי בדיקה מעמיקה.
ההשהיות בהליכים הפליליים הפכו גורם לא מבוטל בשיקולים להמרת כתבי אישום בכופר כסף, במגמה להקטין את מספר התיקים שבטיפול פלילי וגם להחיש את עריכת השומות.
נמצאו מקרים, שפקידי השומה לא ערכו שומות גם אחרי שהסתיימו ההליכים הפליליים, והנשומים שהורשעו בהעלמת הכנסות- או שהומרו האישומים בכופר כסף- לא חויבו במס על ההכנסות שהעלימו.
מפעלים מאושרים על פי החוק לעידוד השקעות הון - חברות רבות בעלות מפעלים מאושרים נהנו מהקלות, שלא היו זכאות להן בכלל, או רק בחלקן, מאחר שפקידי השומה לא בדקו את הדו"חות שהגישו.
נמצאו מקרים, שפקידי השומה התירו בשומות שערכו הקלות במס על כל הכנסתם של מפעלים, אף כי חלק ממנה לא נבע מהשקעה מאושרת ולא היה איפוא זכאי להטבות.
נמצאו מקרים, שפקידי השומה התירו הקלות מלאות למפעלים, בה בשעה שהיו זכאים להקלות חלקיות בלבד, או שלא היו זכאים להן כלל, מאחר שהם לא עמדו במכסת היצוא, שקבע מרכז ההשקעות כתנאי לאישור.
נמצא שפקידי השומה התירו הקלות בשנים שונות מאלה שנקבעו באישורי מרכז ההשקעות ולמספר שנים גדול משנקבע על פי החוק.
פקידי השומה לא בדקו, עם קבלת הדו"חות על הכנסותיהן של החברות, אם הן ניכרו ושילמו את הניכויים במקור מדיבידנד שחילקו, ואם הדיבידנד, שאותו הגדירו החברות כזכאי להטבות, אמנם נבע מהכנסה ממפעל מאושר.
לא חויבו הפרשי הצמדה ורבית, החלים על פי החוק, על ניכויים במקור מדיבידנד, ששולמו לפקידי השומה באיחור.