א. יחידות קמ"ט מסים עקיפים שבשני האזורים לא ביצעו את מלוא התכנית שנקבעה לביקורת חשבונות מדגמית, אצל עוסקים החייבים לנהל פנקסים.
ב. במשך תקופה ארוכה לא הסתיים הטיפול במאות תיקי תפיסה של מעלימי מס בשני האזורים.
ג. ההחלטה בדבר העברת הטיפול בעוסקים הישראלים באזור יהודה והשומרון לידי יחידת קמ''ט מסים עקיפים לא- לוותה בהקצאת משאבים מתאימה.
ד. במסגרת הסכמי פשרה ויתרו יחידות על תשלום חלק מהחובות של העוסקים בגין מסיהם. הויתור היה בסכומים ניכרים בהשוואה לשומות המקוריות, ולא תמיד תואם עם אגף מכס ומע"מ.
ה. קיים פיגור ניכר בגביית קנסות, שהטילו בתי משפט צבאיים על עוסקים.
ו. רשויות מקומיות מכרו מים וחשמל לתושבים, וסיפקו להם שירותים, מבלי שחייבו את התושבים בתשלום מס בלו מוסף.
ז. במשך תקופה ארוכה מאז תחילת פעולתה באזורים של "בזק" החברה הישראלית
לתקשורת בע"מ לא גבתה היחידה מהחברה סכומים ניכרים של מס בלו מוסף שהייתה חייבת.
ח. באזור יו"ש לא הביאה היחידה לידיעת מגדלי תוצרת חקלאית את השינויים שחלו בתקנות בדבר מס בלו מוסף, המאפשרים להנות מהחזרי מס תשומות על התוצרת.
ט. בעשרות מקרים חלו עיכובים בלתי מוצדקים בטיפול היחידות בתביעות להחזר מס תשומות.