בארכיון צה"ל הצטברו כשלושה מיליון תקים באורך של 38 ק"מ רץ. חלק מהתיקים אלה ניתן היה לבער מזמן, והם לא בוערו: מאמץ ניכר הושקע בתוספצ שטחי גניזה.
ביחידות השונות של מערכת הביטחון אין הקפדה מספקת לניהול חומר ארכיוני ואין מעבירים לארכיון צה"ל בסדירות מסמכים שדרוש לשמרם. הפיקוח המקצועי של האכיון על פי הנעשה במסמכים של כל היחידות מערכת הביטחון רופף,ואין לו שליטה על כך כדרוש על פי חוק ונוהל תקין; יש יחידות שלגביהן אין לארכיון אפילו מידע כללי על הנעשה במסמכים שלהן ודרוש לשנות מצב זה בהקדם.
הרישום הממוכן של התיקים אינו שלם, ובקיים נמצאו ליקויים; רישום זה אינו מאפשר לאתר תיקים לצורכי עיון ומחקר.
החומר הארכיוני הרב, שהצטבר בארכיון צה"ל מאז הקמת המדינה, אינו משרת בינתיים שום מטרה חינוכית או מחקרית; החומר החסוי ל - 50 שנה, בעוד מסמכים של יחידות ממלכתיות אחרות; ובכלל זה אלה של משרד החוץ ושל ועדת החוץ והביטחון של הכנסת, נפתחו בפני חוקרים לאחר 30 שנה, וגנזך המדינה אף עושה מאמצים לפרסם קבצים של מסמכים אלה.