בהמשך לבדיקה של אירועים מספר שנערכה בשנת 1979 נערכה בדיקה של אירועים נוספים (שלב ב'); בחטיבת כלכלה וכספים נבדקו ההסדרים להשקעות כספיות וניצול עודפי מזומנים; במשרד הראשי של הרשות ובנמלי חיפה ואשדוד נבדקו פעולותיהן של מחלקות הים, סדרי הבטיחות בעבודה על היבטיהם השונים, והפעולות בתחום האפסנאות וניהול מחסנים.