ליחידת הפיצו"ח של משרד החקלאות חשיבות רבה לנוכח עיסוקה באכיפת החוק בעניינים הנוגעים לבריאות הציבור, לבריאות ולרווחה של בעלי חיים ולהגנה על הצומח החקלאי מפני מזיקים. בשנים 2018 - 2022 נפתחו במערכת הפיצו"ח כ-20,000 אירועים, ובעניינם של 21% (כ-5,000) נפתחה חקירה. באותן שנים הטיל משרד החקלאות קנסות מינהליים בסכום כולל של כ-23 מיליון ש"ח בתחומים שיחידת הפיצו"ח אמונה על אכיפתם.
בשנים 2019 - 2022 תועדו כ-39,000 העברות של תוצרת צמחית מהרש"פ לישראל במעברי הסחורות בין ישראל לאיו"ש. בביקורת הועלו ליקויים המאפשרים העברה בלתי מבוקרת של סחורות בין ישראל ובין הרש"פ, ובכלל זה תשתיות פיזיות לא מתאימות במעברי הסחורות, היעדר שיתוף מידע והיעדר סנכרון של מערכות המידע בין הגופים הפועלים במעברים - רמי"ם במשרד הביטחון, המכס ויחידת הפיצו"ח. במצב דברים זה, קשה ביותר למנוע תופעות של הברחה והלבנה של תוצרת חקלאית, של כלכלה שחורה ושל צער בעלי חיים. כמו כן, בהיקף דגימות נרחב - 40% מהדגימות שניטלו בשנת 2022 - נמצאו חריגות של שאריות חומרי הדברה בתוצרת הצמחית המועברת מהרש"פ לישראל.
על יחידת הפיצו"ח, רמי"ם והמכס להעצים את שיתוף הפעולה ביניהם כדי לוודא שמעברי הסחורות יוכלו למלא את ייעודם - מניעת העברה בלתי מבוקרת של סחורות חקלאיות בין ישראל ובין הרש"פ, ולהבטיח כי לרשות יחידת הפיצו"ח עומדים הכלים הנדרשים לביצוע תפקידה. כמו כן, על משרד הבריאות, משרד החקלאות, רמי"ם ומערכת הביטחון לבחון את המנגנון הקיים להעברת תוצרת צמחית מהרש"פ לישראל ולפעול ליישום פתרונות להפחתת היקף החריגות של שאריות חומרי הדברה המתגלות בתוצרת המועברת מהרש"פ.
מממצאי הביקורת עולה כי זה שנים מתבצעת פגיעה בטוהר המידות על ידי עובדים ומנהלים ביחידת הפיצו"ח, שבמשך השנים נוהלו בעניינם כמה וכמה הליכים משמעתיים בנש"ם. בפועל הביאה התנהלות זו גם לסגירת מערך המודיעין של היחידה למשך יותר משלוש שנים, ולאחר מכן להקמתו במתכונת מצומצמת ולא אפקטיבית.
על שר החקלאות ומנכ"ל משרד החקלאות לפעול ליישום שינוי מהותי ביחידת הפיצו"ח, בכל הנוגע לאופן ניהול היחידה, להקפדה על סדרי עבודתה, למיגור אירועי המשמעת החוזרים ולקביעת סדר עדיפויותיה והמבנה הארגוני שלה. מינוי מנהל חדש ליחידת הפיצו"ח, כפי שבוצע בספטמבר 2023, יחד עם פעולות נוספות נדרשות ובהן קביעת יעדי עבודה ליחידה, פיקוח ובקרה שוטפים על יישומם, ובחינה ויישום של המלצות חברת ייעוץ חיצונית, עשויים לסייע למשרד החקלאות להביא לשינוי הנדרש בעבודתה ובתוצריה של יחידת הפיצו"ח. זאת כדי שהיחידה תוכל למלא באופן המיטבי את תפקידיה, ובראשם השמירה על בריאות הציבור ועל בריאותם ורווחתם של בעלי חיים וכן הגנה על הצומח.