בתחומי השיפוט של הרשויות המקומיות ממוקמים מקוואות טהרה שנועדו לאפשר לאוכלוסייה שומרת מסורת לטבול בהם, בהתאם לדיני ההלכה היהודית, ולספק בכך שירות חיוני לאוכלוסייה זו.
משרד מבקר המדינה בדק במחצית הראשונה של שנת 2003 בשמונה רשויות מקומיות באזור המרכז את אופן הפיקוח של רשויות הרישוי על קיום הוראות חוק רישוי עסקים, התשכ"ח-1968 (להלן - חוק רישוי עסקים), במקוואות ואת מידת העמידה של מפעיליהם - מועצות דתיות, רשויות מקומיות ומפעילים פרטיים - בדרישות החוק.
בבדיקה נמצא, כי 80 מ-94 המקוואות שפעלו בתחומי השיפוט של הרשויות המקומיות שנבדקו הופעלו ללא רישיון עסק, ורשויות הרישוי, למעט בעיריית פתח תקווה, לא מימשו את סמכותן לאכוף על מפעילי המקוואות לקיים את הוראות חוק רישוי עסקים.
כשליש מן המקוואות הופעלו בידי גופים פרטיים, רובם בבני ברק. נמצא, כי העירייה חסרה מידע על מספרם ומקומם, ולא פעלה לאיתורם. רוב המקוואות שהופעלו בידי גופים פרטיים, פעלו בלא שהיה כל פיקוח על מצבם התברואתי והפיזי ועל מידת עמידתם בדרישות שנקבעו בתקנות רישוי עסקים (תנאי תברואה נאותים למקוואות טהרה), התשנ"ט-1999.
בבדיקה הועלו ליקויים רבים במקוואות: בכרבע מהמקוואות שנבדקו נמצאו מפגעי בטיחות או מפגעים תברואתיים במבנה המקווה; בכמה מקוואות חסרו התקנים וציוד נדרשים; הבדיקות היומיות הנדרשות להבטחת איכותם התברואתית של מי המקוואות, לא נעשו, ובדיקות תקופתיות שנעשו לא תאמו את הנדרש; לא נוהלו רישומים על בדיקות מי המקוואות ועל חיטוים ולכן לא היה ניתן לדעת אם המים חוטאו כנדרש; במקוואות רבים הוחלפו המים בתדירות פחותה מן הנדרש.
בסמוך לחלק מן המקוואות הוצבו מכלי דלק גדולים לחימום המים, העלולים לסכן את המבקרים במקוואות ואת האוכלוסייה המתגוררת בקרבתם. נמצא, כי לא היו הוראות לגבי אופן הצבתם ולא ניתנה הדעת להיבטים בטיחותיים בעת הצבתם.
בעקבות הביקורת פנה אגף הפיקוח על העבודה שבמשרד התעשייה המסחר והתעסוקה, לוועדה הבין-משרדית לרישוי עסקים בבקשה לקבוע את משרדו כנותן אישור, לפי חוק רישוי עסקים, למקוואות, בנוגע לאחסון דלקים. בספטמבר 2004 סיכמה הוועדה, כי משרד הפנים יפעל לתיקון צו רישוי עסקים (עסקים טעוני רישוי), התשנ"ה-1995, באופן שיאפשר למשרד התעשייה המסחר והתעסוקה להוסיף תנאים לרישוי מקוואות בכל עת שיידרש.