בתי משפט לנוער - סידורי ההפרדה של משפטי נוער מיתר המשפטים המתקיימים בבית המשפט, להוציא בית המשפט בתל אביב, אין בהם כדי למנוע מהקטין בלתי רצוי עם מבוגרים מבאי בית המשפט.
במזכירויות בתי המשפט לנוער בירושלים ובתל אביב נמצאו כתבי אישום, שהוגשו למעלה מחצי שנה מיום העבירה, וכן כתבי אישום, שהוגשו לאחר שחלפה למעלה משנה ממועד העבירה.
ספר היסוד בבית המשפט בירושלים אינו משקף במדויק את מספר כתבי האישום שהוגשו לבתי המשפט ואת בדר הגשתם; לכתבי אישום הוקצו מספרים בספר היסוד, בלא שהוגשו בפועל למזכירות בית המשפט.
כתבי אישום נגד קטינים על עבירות תעבורה הוגשו על ידי התביעה המשטרתית לבית משפט לתעבורה במקום לבית משפט לנוער, וכתוצאה מכך הוטרדו הקטינים ובית המשפט ונגרמה השהייה בבירור העניין.
סדרי שמירה, ביטחון ובטיחות ביחידות המשרד - הביקורת התייחסה להסדרים הקיימים ביחידות משרד המשפטים ובבתי המשפט, לשמירתם ולהגנתם של הציוד ורכוש ייחודי באין לו תחליף, כגון פנקסי המקרקעין, מוצגים משפטיים ומסמכים. המלצות מחלקת הביטחון בדבר בטיחות המבנים לא בוצעו בחלק מהיחידות: דלתות הכניסה של אותן יחידות אינן מוגנות היטב בפני פריצות. באחת מלשכות רשם המקרקעין, שבה נמצאים פנקסי המקרקעין וכן מערכת מסופים למחשב, הדלתות הראשיות ניתנות בקלות לפריצה. בשבע יחידות אינו מותקן מכשיר אזעקה (מופעל אוטומטית) נגד פריצות.
בכל היחידות שבמחוז חיפה ובשלוש יחידות במחוזות המרכז והדרום שנבדקו לא הותקנו מערכות אוטומטיות לגילוי עשן. למעלה ממחצית השומרים (40) אין בידם רשיון העסקה, כדרוש לפי חוק חוקרים פרטיים ושירותי שמירה; 13 מהשומרים המועסקים היו בגיל 55-70 שנה, בניגוד למוסכם בחוזה עם חברת השמירה; גם לא נמצאה אסמכתא אם כל השומרים אומנם עברו מטווח פעם בחצי שנה בתקופת שירותם, כנדרש.
בארבעה בתי משפט הנמצאים במבנים מבודדים אין תאורה היקפית. ברוב היחידות שנבדקו לא הייתה פנייה למפקח הראשי לכבאות לשפ קבלת חוות דעת על סדרי מניעת דליקות, ובמספר יחידות לא נמצאו רישומים, אם אמנם נקבע אחראי ליחידת כיבוי אש ואם הודרך צוות לכך.
משק ושירותים בבתי המשפט - הביקורת בהנהלת בתי המשפט התייחסה לעבודות ניקיון על ידי קבלנים וכן להתחשבנות עם "בזק" החברה הישראלית לתקשורת. ועדת המכרזים של הנהלת בתי המשפט דחתה הצעתו הזולה ביותר של קבלן א' לעבודות ניקיון, בנימוק, שדרש בעבודות אחרות שביצע באותו זמן תוספת למחיר שעליו סוכם בחוזה עמו ואיים בהפסקת העבודות; למרות זאת, לאחר חודשים, נמסרו לאותו קבלן עבודות ניקיון ואחזקה בהיכל המשפט בתל אביב.
הנהלת בתי המשפט ויתרה לקבלן ב' על קבלת ערבות כנדרש על פי תנאי המכרז והסתפקה בכספים שיגיעו לקבלן תמורת ביצוע עבודות הניקיון. חוזים עם שלושה קבלנים לעבודות ניקיון הוארכו בשנה, חרף תלונות רבות נגדם על רמת ניקיון ירודה. אף שנתקבלו תלונות רבות על רמת ניקיון ירודה, נזכו מהחשבוניות ששולמו לשני הקבלנים א' וב' סמוכים מזעריים.
עוד באוקטובר 1984 פנה מנהל בתי המשפט למנהל מחלקת בנא"ם בבקשה, שיש להפיק לקחים בנושא רמת הניקיון, אולם לא נמצא שטופל בכך. בידי הנהלת בית המשפט לא נמצאה רשימה מלאה ומעודכנת של כל קווי הטלפון המותקנים ביחידותיה השונות ובבתי השופטים הזכאים לכך.
ברשימות קווי הטלפון שהוכנו על ידי "בזק" ושולמו על ידי הנהלת בתי המשפט נכללו, לסרוגין, גם קווים של יחידות שאינן שייכות להנהלת בתי המשפט ואפילו קווים פרטיים. קווים שהותקנו בבתי משפט או בדירות של שופטים נכללו ברשימות של "בזק" לפיהן חוייבה הנהלת משרד המשפטים.
הנהלת בתי המשפט לא קיבלה זיכוי עבור אותם קווים שאינם שייכים לה, ולא נשלחו תזכורות ל"בזק" בעניין זה, אלא בעקבות הביקורת. מרבית החשבוניות שנבדקו שולמו בפיגור ולכן חוייבה הנהלת בתי המשפט ברבית פיגורים.