משרד הבריאות אחראי למתן שירותי בריאות הנפש לתושבים בעיתות שגרה וחירום באמצעות קופות החולים ומרכזי החוסן. כבר לפני אירועי שבעה באוקטובר והמלחמה הממושכת שפרצה בעקבותיהם זמני ההמתנה לאבחון ולקבלת טיפול בתחום בריאות הנפש היו ממושכים ונעו בממוצע בין חודש לשלושה חודשים עד הבדיקה הראשונית על ידי פסיכיאטר, ושישה חודשים ומעלה לקבלת טיפול פסיכותרפי. האירועים הגבירו את הצורך במתן טיפול נפשי לאוכלוסיות רבות ובהן מי שנכחו באירועים, מי שפונו מבתיהם, משתתפי המסיבות, עובדי הצלה ומתנדבים וכן בקרב מי ששהו סמוך למקום נפילת טיל או פיגוע, מי שהקרובים להם היו מעורבים באירועים ובמלחמה וכלל האוכלוסייה שנחשפה לאירועים הקשים באמצעי התקשורת.
אף שתרחיש הייחוס המעודכן של רח"ל מציג פינוי נרחב של האוכלוסייה והתפנות עצמאית נרחבת, בין היתר, לאזורי ים המלח ואילת כמצב אפשרי בעיתות חירום, בביקורת עלה שמשרד הבריאות לא נערך למתן שירותי בריאות הנפש לאוכלוסיות המפונות ומתפנות עצמאית. עלה שבשבוע שלאחר שבעה באוקטובר הטיפול במפונים נעשה על ידי מתנדבים ולא על ידי גורמי טיפול רשמיים שזה תפקידם; למשרד הבריאות לא היה מידע על זהותם, הכשרתם והרקע המקצועי של המתנדבים, ולחלקם לא היו הידע וההכשרה המתאימים לטיפול בטראומה. באמצע אוקטובר 2023 הטיל משרד הבריאות למשך חודש את האחריות לטיפול במפונים על בתי החולים לבריאות הנפש, עלה שהמטפלים בתקופה הזו תיעדו את הטיפול שנתנו רק עבור מיעוט מהמפונים המטופלים (כ-330 מכ-20,000 המפונים במתחם המלונות בים במלח ובירושלים וכ- 1,430 מכ-22,000 המפונים באילת). לפיכך עולה החשש שמידע רפואי חשוב על הטיפול שקיבלו רבים מהמטופלים אינו מתועד, ועל כן קשה לשמור על רצף טיפולי כאשר נדרש המשך טיפול.
משרד מבקר המדינה מעיר לרשות העליונה לאשפוז ובריאות כי לא וידאה שמערכת הבריאות פועלת על פי תרחיש ייחוס מעודכן וערוכה למתן טיפולים נפשיים שידרשו בעקבות אירועי החירום. עוד מעיר משרד מבקר המדינה למשרד הבריאות ולמנכ"לו, העומד בראש המשרד ובראש הרשות העליונה לאשפוז ובריאות, על שלא עדכנו את תרחיש הייחוס הענפי לצורך היערכות של מערך בריאות הנפש למלחמה ואירועים טראומטיים אחרים ועל שלא גיבשו תוכנית עבודה ייעודית בתחום בריאות הנפש בחירום בכלל ובאירוע שבו יידרש פינוי רחב של אוכלוסייה בפרט.
עוד מעיר משרד מבקר המדינה למשרד הבריאות ואגף התקציבים שבמשרד האוצר על כך שהם לא מבצעים מדידה ומעקב אחרי זמני ההמתנה לטיפולים בתחום בריאות הנפש בקופות החולים ולכן אין ביכולתם להעריך את האפקטיביות של התקציב שהוקצה בפועל לבריאות הנפש על פי הסיכום התקציבי והתמיכה שניתנה לקופות החולים.
משרד מבקר המדינה מעיר גם לשר הבריאות האחראי לנעשה במשרדו על כך שלא הבטיח שמשרדו ערוך ומוכן בהתאם לתרחיש הייחוס הענפי לרבות בכל הנוגע למערך בריאות הנפש.
ממצאי סקר משרד מבקר המדינה (אפריל 2024) מעלים כי שיעורים גדולים של האוכלוסייה מדווחים על תסמינים ברמה בינונית וחמורה של פוסט-טראומה (35%), דיכאון (32%) וחרדה (21%), וכ-38% מהמשתתפים דיווחו על תסמינים ברמה בינונית או חמורה של שילוב שלהם; אומדנם בקרב האוכלוסייה הבוגרת בישראל עשוי לעמוד על כ-3 מיליון איש; מהם כ-580,000 איש עלולים לסבול מפוסט-טראומה, דיכאון וחרדה או משילוב שלהם ברמה חמורה. בסקר עלה כי רוב המשתתפים (90%) לא פנו לטיפול, וכי הסיבה המרכזית לכך הייתה אורך התורים - משך ההמתנה לקבלת טיפול נפשי בקופות החולים, שהוא כשישה חודשים וחצי בממוצע.
בניגוד לשיעורים הגדולים של המדווחים בסקר על תסמיני פוסט-טראומה, דיכאון וחרדה ברמה בינונית וחמורה, עלה שכ-10% בלבד מכלל המפונים בתקופה שבין 7.10.23 ל-31.3.24 פנו לקבלת טיפול נפשי מקופות החולים או ממרכזי החוסן, לדוגמה: רק כ-19% מתושבי היישובים בעוטף עזה; רק כ-3% מתושבי שדרות; כ-4% מילדי שדרות (אף שכ-39% מההורים בשדרות דיווחו למשרד החינוך שילדיהם נמצאים ברמות חרדה ומתח גבוהות במיוחד, הדורשות מענה טיפולי מיידי); רק כ-13% ממפוני הצפון; מיעוט (1% עד 13%) של מתנדבי זק"א; ופחות ממחצית מניצולי המסיבות (48%, שהם כ-1,770 איש). יצוין כי ייתכן שחלק מקבוצות אוכלוסייה אלו קיבלו טיפול מגורמים אחרים, ואולם למשרד הבריאות ולקופות החולים אין מידע על כך. עולה החשש כי ישנם אנשים רבים שסובלים בפועל מפוסט-טראומה, דיכאון או חרדה, ושלא קיבלו טיפול בתוך שלושה חודשים עד שנה מהאירועים הטראומטיים ולכן יתקבעו התסמינים אצלם באופן כרוני. חשש נוסף שעולה הוא שבהיעדר משאבים מספקים למערך בריאות הנפש יהיה קושי גדול לספק מענה בהיקפים מתאימים.
מומלץ כי משרד הבריאות בשיתוף קופות החולים יוודא התאמתה של התוכנית הלאומית למערך בריאות הנפש, שהחל לגבש עוד לפני אירועי שבעה באוקטובר, לעלייה בהזדקקות לשירותי המערך בעקבותיהם. תוכנית כזו צריכה להבטיח מתן טיפולים בהיקפים נרחבים בתוך פרקי זמן ראויים, קביעת יעדים מדידים קצרי טווח וארוכי טווח וכן סדרי עדיפויות למתן הטיפולים בדגש על אוכלוסיות המצויות בסיכון מוגבר, ובקרה תקופתית על הקצאת התקציבים להשגת היעדים בתחום בריאות הנפש. לצורך גיבוש התוכנית מומלץ שמשרד הבריאות ייוועץ עם משרדי ממשלה אחרים כמו משרד הרווחה, משרד החינוך ומשרד האוצר, שימונה גורם מתכלל אחד להובלת התוכנית ושהיא תתוקצב בהתאם ליעדיה. מומלץ גם שהתוכנית תובא לאישור הממשלה כתוכנית לאומית, וכי שרי הבריאות, החינוך, הרווחה והאוצר יפעלו כל אחד בתחומו כדי להבטיח את הצלחתה. עוד מומלץ שכדי להוציא לפועל את התוכנית שתגובש, תישקל הקמת מינהלת שיקום נפשי בשיתוף משרד הבריאות, משרד הרווחה, משרד החינוך ובט"ל, שתיתן מעטפת שלמה ומלאה לנפגעי הנפש מאירועי שבעה באוקטובר אשר תסייע להם לחזור לשגרת חייהם.
על שר הבריאות לוודא שמשרדו ערוך ומוכן למתן שירותי בריאות הנפש בעת חירום כפי שנקבעו בתרחיש הייחוס הענפי.