דוח 53א עוסק ברובו בביקורת על מערכת הביטחון. ביקורת זו כוללת 19 פרקים. חלקים או נתונים ממקצת הפרקים האלה לא הונחו על שולחן הכנסת ולא פורסמו ברבים, לשם שמירה על ביטחון המדינה או כדי למנוע פגיעה ביחסי חוץ או בקשרי מסחר בין-לאומיים שלה, זאת מכוח סעיף 17 לחוק מבקר המדינה.
הביקורת שנעשתה בשנה הנדונה עסקה - בצד נושאי ביקורת שוטפים - גם בשני נושאים העומדים על הפרק, בבחינת "ביקורת בזמן אמתי". באחד, נבדקה היערכות הגורמים האחראים להסברה בנושאי חוץ וביטחון, ובכללם משרד ראש הממשלה, משרד החוץ, משרד הביטחון, צה"ל ואחרים; ובאחר, נבדקו הפעולות הנוגעות למרחב התפר (דוח בנושא זה פורסם בנפרד ביולי 2002).
בדוח זה גם הונח על שולחן הכנסת פרק הדן באבטחת אישים ומשלחות, לאחר ביקורת בעניין זה שנעשתה בשירות הביטחון הכללי שבמשרד ראש הממשלה.
הביקורת על צה"ל כוללת שלושה פרקים הדנים במיצוי המשאב האנושי - סדרי המיון והשיבוץ של מיועדים לשירות ביטחון, שירות נשים בצה"ל ושירות ביטחון מוכר מחוץ לצה"ל; שני פרקים אחרים עוסקים בענייני כספים ותקציב - ניהול תקציב מפקדת הזרוע לבניין הכוח ביבשה וניהול קניות בהקפה ביחידות צה"ל; ופרק נוסף, שמרביתו חסויה, עוסק בהיערכות לשעת חירום של היחידה לשיתוף פעולה שבחיל האוויר.
במשרד הביטחון נבדקו היבטים בהיערכות המשק לשעת חירום בעיריית תל אביב, וכן נושאים נוספים: אגף השיקום - רכב רפואי לנכים, היבטים בתכנון וסטנדרטים לבנייה, וניהול תקציב הוצאה מותנית בהכנסה בתקציב הביטחון.
במסגרת הביקורת על מערכת הביטחון גם נעשתה ביקורת ברשויות המקומיות שבאזור יהודה והשומרון. בדוח זה כלולות ביקורות על המועצות המקומיות גבעת זאב ובית אריה.
נבדקו גם כמה נושאים בתעשיות הביטחוניות: ברשות לפיתוח אמצעי לחימה (רפא"ל) נבדקו היבטים בהתחייבויות לרכש גומלין בגין עסקת יצוא; בתעשייה האווירית (תע"א) נבדק פרויקט השבחת מטוסים עבור מדינה זרה; ובתעשייה הצבאית (תעש) נבדקו פיתוחו של מוצר ועסקת יצוא, וכן אישור הדוחות הכספיים של תעש לשנת 2000 והגשתם. כמו כן נעשה מעקב בנושא נסיעות עובדי תעש לחו"ל מכספי קרן השתלמויות לעובדים בדירוג מחקר.
בדוח גם פרקים הדנים ברשות הדואר, ברשות השידור, ב"יד ושם", במינהלה להקמת קריות ממשלה ובתי משפט וממצאי ביקורת על המועצה המקומית זיכרון יעקב.
עשיית ביקורת ופרסום ממצאיה הם רק תחילתו של תהליך לתיקון ליקויים במינהל הציבורי. השלמת התהליך מוטלת על כתפיהם של הגופים המבוקרים. מבקר המדינה מצפה, שהגורמים האחראים בכל דרגי הניהול והפיקוח בגופים המבוקרים יפנימו, כי ביקורת הינה מכשיר ניהולי אשר בא לסייע לשיפור תפקודם של גופים אלה, ויעשו את המוטל עליהם לתיקון הליקויים.
אליעזר גולדברג
מבקר המדינה
ונציב תלונות הציבור
ירושלים, א' בחשון התשס"ג
7 באוקטובר 2002