בשבועות הראשונים למלחמת חרבות ברזל נקלטו ב-14 הרשויות המקומיות שנבדקו כ-140,000 מפונים אשר הגיעו מ-15 רשויות מקומיות. יותר ממחציתם נקלטו בעיר אילת ובמועצה האזורית תמר. משרד מבקר המדינה מוצא לנכון לשבח את פועלן העצום של עיריית אילת והמועצה האזורית תמר בקליטת מפונים רבים מאוד בתוך זמן קצר ובמאמץ אדיר. בימי הפינוי הראשונים מצאו את עצמן כלל הרשויות הקולטות מתמודדות לבדן עם אתגר קליטת המפונים, ללא יד מכוונת וללא גוף לאומי מתכלל אחד השולט ומנהל את הטיפול באוכלוסייה המפונה במלחמה. כאשר לא היה תרחיש שהתמודד עם היערכות לשהות כה ממושכת של מפונים, דבר אשר פגם בתחושות היציבות והוודאות בקרב השוהים.
הרשויות הקולטות לא עודכנו ולא קיבלו הודעה מסודרת על הגעת מפונים מאף גוף רשמי עם פרוץ המלחמה וגם במהלכה. המפונים פוזרו על פני מספר רב של יישובים בעלי מאפיינים שונים ומגוונים ברשויות קולטות רבות. כך למשל, מפוני קריית שמונה, פוזרו ב-13 מהרשויות הקולטות שנבדקו. אף אחת מהרשויות הקולטות שנבדקו לא הייתה שותפה להחלטה על זהות מתקני האירוח ששימשו בפועל כמקומות קליטה למפונים בתחומה ולשיבוץ המפונים, ולא נעשה תיעדוף של מלונות על בסיס התאמתם לצורכי המפונים. את המפונים קלטו בפועל המלונות ולא הרשות הקולטת, ואף לא הוגדרה חלוקת עבודה בין הרשויות המקומיות למלונות בכל הקשור לטיפול בהם. כל רשות מקומית פעלה באופן שונה, בהתאם ליכולותיה הארגוניות והתקציביות ולהבנתה את המצב.
משרדי החינוך והרווחה היו בקשר עם כל הרשויות הקולטות שנבדקו, אולם הקשר של הרשויות הקולטות עם משרדי הממשלה האחרים לא היה אחיד והתהדק עם הזמן. למרות שמערך פס"ח, הפועל תחת משרד הפנים, נועד לשמש כרשות ייעודית לניהול קליטת מפונים בשעת חירום, תוך הסתמכות על תשתית ארגונית ולוגיסטית שנבנתה במיוחד לשם כך, החלטות הממשלה בחודש הראשון ללחימה - ובפרט אלו שעסקו בקביעת הגוף האחראי על קליטת המפונים במתקני הקליטה – מלמדות כי מערך פס"ח, שאמור היה להיות הציר המרכזי בטיפול באירועי פינוי אוכלוסייה ואשר נערך לכך במשך שנים, לא הצליח לממש את ייעודו. בהיעדר איסוף וניהול נתונים על תושבים מפונים באופן מסודר ומתעדכן על ידי גופי הממשל בשבועות הפינוי הראשונים, נעשה ניהול הנתונים על אודות המפונים על ידי הרשויות הקולטות באופן אקלקטי ולא עקבי, לעיתים על בסיס הערכות בלבד ובשימוש במגוון מקורות מידע, כגון דיווח של המפונים עצמם, של הנהלות המלונות ושל נציגי משרדי ממשלה. הנתונים תועדו במערכות ממוחשבות שונות של הרשויות המקומיות, ולעיתים רק בקובצי אקסל. רק בשלב מאוחר יחסית החלו להתקבל נתונים מעט יותר מבוססים מפקע"ר וממשרד הרווחה, וספק רב אם נמצא מידע על אודות כלל המפונים בידי גורם רשמי כלשהו.
הרשויות הקולטות העמידו את משאביהן, ובכללם את עובדי הרשות, לטובת טיפול במפונים בתחומים שונים, אף עד שיעור של 100% ממספר המשרות בתקן ברשות בעת שגרה. עם זאת, לצורך טיפול מתמשך באספקת שירותים למפונים נזקקו הרשויות הקולטות לסיוע של משרדי הממשלה שהתבטא בעיבוי כוח האדם, בין השאר בתחום הרווחה, שיש בו מחסור בכוח אדם גם בעת שגרה. תורמים רבים נוסף על אלפי המתנדבים וארגוני החברה האזרחית שפעלו במלונות לצד עובדי הרשויות וגם באופן עצמאי, נרתמו למאמץ והיו חלק מרכזי במתן המענה הרשותי למפונים. אילולא כן, היה המענה ברשות הקולטת לוקה בחסר אף באספקת הצרכים הבסיסיים ביותר.
מפרוץ מלחמת חרבות ברזל נדרשו הרשויות הקולטות לספק מענים מידיים ובלתי שגרתיים לאוכלוסייה בהיקף נרחב, לאורך תקופה מתמשכת ובלי צפי לסיום - כל זאת נוסף לשגרת עבודתן. בהיבטי פעילות שונים הרשויות שנבדקו, אשר נעדרו סמכות לפעול על פי שיקול דעתן הבלעדי, נאלצו - לנוכח צורכי השעה - לפעול באופן מיידי למתן מענים ופתרונות לתושבים ורק לאחר מעשה פעלו לקבלת שיפוי עבור הוצאות שהוצאו ללא הרשאות תקציביות. העלויות הגבוהות הכרוכות בטיפול במפונים בשל מצב החירום הצריכו היערכות מיוחדת; מחסור בכוח אדם רשותי יצר עומס רב על עובדי הרשויות המקומיות הקולטות בשל הצרכים הרבים של המפונים; המספר הגדול של הגורמים הרשמיים והלא רשמיים שהגיעו לעזור ולתמוך כדי לסייע היו משאב הכרחי אך גם יצרו בלבול בקרב המפונים, הרשות ושאר הגורמים בנוגע לתחומי אחריות; היעדרותם של מרבית משרדי הממשלה בשבועות הראשונים ומחסור ביד מכוונת - כל אלה מלמדים על כך שנדרשת פעולה ממשלתית אחודה וסדורה לשם טיוב הטיפול באוכלוסיית המפונים מבתיהם. זאת ועוד, בתשובות שהתקבלו מגופים מבוקרים בשלטון המרכזי - בדגש על רח"ל ומשרד הפנים - הטילו הללו אחריות על הרשויות הקולטות וזה על זה בנוגע לטיפול במפונים. לנוכח זאת מתחדד ועולה הצורך במתן יותר אוטונומיה וסמכות לרשויות מקומיות אלו, בפרט בשעת חירום, בצד האחריות שהוטלה עליהם.
על כלל משרדי הממשלה וגופי השלטון האחראים כל אחד בתחומו לפן בהיערכות הרשויות המקומיות הקולטות מפונים בשעת חירום, להפיק לקחים מאירועי מלחמת חרבות ברזל ולפעול בשיתוף פעולה כדי שהרשויות המקומיות תהיינה ערוכות לצורך אפשרי לקלוט אוכלוסייה בהיקפים נרחבים לתחומה. עליהם לוודא כי בידי הרשויות המקומיות הקולטות יהיו מקורות תקציביים מיידיים; גמישות ניהולית מלאה בכפוף לאסדרה מקילה; וכן כוח אדם מקצועי ומשאבים חומריים זמינים שיעמדו לשימוש אלו החפצות בכך. בהתאם לכך מומלץ למשרד הפנים בתיאום עם משרד האוצר להעניק סיוע כספי מיידי לרשויות הקולטות מפונים בשעת חירום לצורך גיוס כוח אדם נוסף. עוד מומלץ למשרדי הפנים, החינוך והרווחה, לשקול הקמת מאגר עובדים מקצועיים שיהיו זמינים לגיוס בחירום.