באוניברסיטאות נעשים מחקרים במימון גורמי חוץ - משרדי ממשלה וקרנות מחקר שונות (להלן - המממנים או הגופים המממנים). ההתקשרות בין הגורמים הללו ובין האוניברסיטאות מעוגנת בהסכמים ששני הצדדים חתומים עליהם.
בשנים 2001-2003 עשה משרד מבקר המדינה, לסירוגין, ביקורת באוניברסיטה העברית בירושלים, באוניברסיטת תל-אביב ובמכון ויצמן למדע (להלן - האוניברסיטאות שנבדקו); נבדקו דרכי ניהול המחקר והפיתוח של מחקרים הממומנים בידי גורמי חוץ. כמו כן בדק משרד מבקר המדינה גם את פעילותה של הקרן הלאומית למדע, המממן הראשי של מענקי המחקר.
באוניברסיטאות שנבדקו נוצרו עודפי הכנסה פנימיים במחקרים, ואלה הועברו לחשבונות מחקר אוניברסיטאיים על שמם של החוקרים השונים (להלן - חשבונות החוקרים). עודפי ההכנסה נוצרו משום שהוצאות שסווגו כהוצאות אוניברסיטאיות רגילות ומומנו מסעיפים של התקציב הרגיל שלהן הוצגו כהוצאות במסגרת המחקר שמומן בידי הגופים המממנים.
בדיווחיהן למממנים לא עמדו האוניברסיטאות שנבדקו ברמת השקיפות הנדרשת לשם בדיקת הדיווחים ואישור העברת הכספים על ידי המממנים ולא יידעו אותם על העודפים שהן יצרו בדרך זו לשם העברתם לחשבונות החוקרים. בייחוד יצוין אופן ההתחשבנות של מכון ויצמן: בניגוד לכללי חשבונאות מקובלים ולסדרי מינהל תקינים, הוא ניהל שתי מערכות התחשבנות שונות - האחת עם החוקר והאחרת עם המממן.
הפיקוח והבקרה על ההוצאות שבמסגרת תקציבי המחקר הממומנים בידי גורמי חוץ לקוי. היקף העבודה של עוזרי המחקר במסגרת כל חוזה מחקר לא נרשם; לעתים הוא דווח על סמך הצהרת החוקר זמן רב לאחר סיום העבודה ולקראת הגשת הדוח הכספי למממן.
האוניברסיטאות שנבדקו דיווחו למממנים על הוצאות מסוימות וקיבלו עקב כך כספים שלא היו זכאיות להם: האוניברסיטה העברית ומכון ויצמן הגישו שלושה-עשר דיווחים כפולים - כלומר דיווחו על אותה ההוצאה לשני מממנים שונים. האוניברסיטאות חרגו מתנאי החוזים שלהן עם המממנים בעניין מענקי מחקר שהם מימנו: מממנים מסוימים קבעו כי לא יממנו שכר עובדים המועסקים במשרה מלאה באוניברסיטה ומקבלים ממנה ממילא את משכורותיהם. למרות זאת דיווחו להם האוניברסיטאות על עלות שכרם של עובדים קבועים כולל עובדים מנהליים, ואת ההכנסות שהתקבלו בשל כך מהמממנים העבירו לחשבונות החוקרים.
רמת הבקרה על הפעולות הממומנות מחשבונות החוקרים נמוכה, והחוקר אינו נדרש להגיש דוח מדעי או דוח כספי עליהן. אף שעל פי החלטות האוניברסיטאות שנבדקו, הועמדו הכספים בחשבונות החוקרים לרשות החוקר למימון מחקרים, נמצא כי מחשבונות אלה מומנו גם הוצאות שלכאורה לא היו אמורות להיות ממומנות מחשבון המחקר כגון החזר הוצאות רכב לחוקרים ולעובדי מינהל, קורס לניהול עסקי, שיפוץ משרד ושכר לחוקר שפרש לגמלאות.
בביקורת שנערכה בקרן הלאומית למדע התברר כי הקרן לא הקפידה על קיום פיקוח ובקרה מספקים על הניהול הכספי של המחקרים שעבורם היא נותנת מענקים. גם כאשר העביר לה משרד מבקר המדינה פרטים על מימון כפול של שכר עובדי מחקר - מימון שלה ושל גוף מממן אחר - לא עשתה דבר כדי לבדוק אם מקבל המענק היה זכאי לקבל את הסכומים שהעבירה לו.
על האוניברסיטאות שנבדקו לנהוג בשקיפות כלפי המממנים ולדווח על מימון חלק מהוצאות המחקרים שבמימונם גם מהתקציב הרגיל של האוניברסיטאות. עליהן להקפיד לנהל את תקציבי המחקר ולדווח על ההוצאות מהם לפי כללי חשבונאות מקובלים ולהדק את הפיקוח והבקרה על השימוש בכספים המיועדים למחקר - הן מענקים מגורמי חוץ הן חשבונות החוקרים. משרד מבקר המדינה גם המליץ לוועדה לתכנון ולתקצוב של המועצה להשכלה גבוהה (ות"ת), שתנהל עבודת מטה בשיתוף עם האוניברסיטאות כדי להבטיח ולקדם את השינויים הדרושים לתיקון הליקויים אשר עליהם הצביע משרד מבקר המדינה בדוח זה.
בעקבות הביקורת הקימו ות"ת וועד ראשי האוניברסיטאות ועדה לגיבוש נהלים וכללים אחידים ולקידום השינויים הדרושים לתיקון הליקויים שעליהם הצביע משרד מבקר המדינה. הוועדה הגישה את מסקנותיה והמלצותיה בדצמבר 2003. היא המליצה על כללים מסוימים ליצירת חשבונות החוקרים, על כללים לשימוש שייעשה בהם ועל קיום מנגנונים ניהוליים של פיקוח ובקרה. ות"ת החליטה לאמץ את מסקנות הוועדה והנחתה את האוניברסיטאות לקיים את המלצותיה באופן מיידי. האוניברסיטאות שנבדקו הודיעו למשרד מבקר המדינה, כי המסקנות וההמלצות העקרוניות של הוועדה מקובלות עליהן, ובדעתן לעדכן את נוהליהן וליישם את השינויים תוך מספר חודשים.