רובם הגדול של המוסדות הייעודיים להכשרת עובדי הוראה (להלן - המוסדות) מתוקצבים בידי משרד החינוך, התרבות והספורט (להלן - משרד החינוך) באמצעות האגף להכשרת עובדי הוראה שבמשרד (להלן - האגף) ומכשירים עובדי הוראה לגני הילדים, לבתי הספר היסודיים ולחטיבות הביניים. האוניברסיטאות, המכשירות מורים לבתי הספר התיכוניים ולחטיבות הביניים, מתוקצבות בידי הוועדה לתכנון ולתקצוב של המועצה להשכלה גבוהה (להלן - ות"ת).
משרד החינוך מתקצב את המוסדות בהתאם לסעיף 3א לחוק יסודות התקציב, התשמ"ה-1985. האגף סבור כי דרך תקצוב זו אינה מתאימה למוסדות, והוא מנסה כבר משנת 1997 לשנותה. צוות פנימי שמינתה מנכ"לית המשרד לעניין זה העלה בדוח שלו מאפריל 2000 "ספיקות לגבי יעילותה של השיטה הנוכחית", והמליץ, בין היתר, למנות צוותים שימליצו לשר החינוך על הדרך הראויה לתמיכה בתקציביהם של המוסדות ויבדקו אם יש צורך בתיקוני חקיקה כדי לאפשר את מימושה. מאז הגשת הדוח לא גיבשה הנהלת המשרד עמדה בנושא ולא פעלה לשינוי דרך התקצוב של המוסדות.
התקציב הניתן לכל מוסד נקבע על פי כמה קריטריונים שנקבעו לפני כ-25 שנה לאחר בדיקה יסודית בכמה מוסדות ומאז לא נבחנו שוב. האגף גם לא בדק, ולו בבדיקות מדגמיות, אם המספר הכולל של הלומדים שהמוסדות מוסרים לו, וכן מספרם בכל אחד ממסלולי הלימוד, מתאים למספרם בפועל. הוא גם לא דרש שהמוסדות שהם עמותות יציגו לפניו אישור ניהול תקין מרשם העמותות קודם שאישר להם תמיכה.
האגף מתקצב את המוסדות על פי מודל של מימון תשומות; דהיינו ככל שעלות התשומות של מוסד גדולה יותר, כך גדלה התמיכה שהוא מקבל מהאגף, במגבלות המסגרת התקציבית. ות"ת, לעומת זאת, נותנת את עיקר הקצבותיה לאוניברסיטאות על פי מודל של מתן תמורה עבור תפוקותיהן בתחומי ההוראה והמחקר. רוב המוסדות במגזר הממלכתי ובמגזר הממלכתי-דתי המתוקצבים בידי משרד החינוך הם מוסדות אקדמיים, אולם משרד החינוך לא בדק אם ראוי לתקצבם בשיטה שנוקטת ות"ת.
למשרד החינוך אין מאגר מסודר ומעודכן של נתונים על צורכי כוח האדם של מערכת ההוראה, ולכן לא ידוע כמה מורים חדשים יש צורך להכשיר בכל אחד ממקצועות הלימוד. לפיכך גם לא ניתן לדעת מה מספר התלמידים שיש לקלוט במוסדות להכשרת מורים ובאוניברסיטאות, ומכסות התלמידים שהמשרד מתקצב אינן נקבעות על פי נתונים המבוססים על צורכי מערכת החינוך. המשרד הזמין מהלשכה המרכזית לסטטיסטיקה תחזית בעניינים אלה, אולם התחזית מתבססת על נתונים שמסר המשרד שאין בהם פירוט של מקצועות ההוראה של המורים. לכן גם כשתושלם לא יהיה אפשר לדעת כמה מורים יידרשו בכל מקצוע.
משרד מבקר המדינה הצביע עוד בשנת 1991 על הצורך לבדוק לעומק את הסיבות לשיעור הקטן (כ-50%) של בוגרי המוסדות העוסקים בהוראה ואת המאפיינים שלהם ושל הבוגרים שנשרו ממקצוע ההוראה. משרד החינוך החליט אז לעשות סקר בנושא זה, אולם עד נובמבר 2003 הוא לא עשה זאת.
ועדה ממלכתית לבדיקת מעמד המורה ומקצוע ההוראה בראשות השופט ד"ר משה עציוני המליצה עוד בשנת 1979 על צמצום ניכר במספר המוסדות כאחד האמצעים ההכרחיים להעלאת רמתם ולייעולם. המשרד פעל לצמצום מספר המוסדות, ואכן מספרם הצטמצם מ-54 בשנת הלימודים התשמ"ב (1981-1982) ל-29 בשנת הלימודים התש"ן (1989-1990), אולם בשנות התשעים שב מספרם וגדל. המלצות של ועדות וצוותים שונים שהקים המשרד בשנים 1999-2003, ובהם ועדה לבדיקת הכשרת המורים בישראל שמינה שר החינוך במאי 2000, שדנה גם בפריסת המוסדות ובמיפוים, יושמו יישום חלקי בלבד, ובשנת הלימודים התשס"ג (2002-2003) פעלו ותוקצבו בידי האגף 53 מוסדות.