המועצה להשכלה גבוהה (להלן - מל"ג) היא המוסד הממלכתי לענייני השכלה גבוהה בישראל. לפי החלטת הממשלה, על הוועדה לתכנון ולתקצוב (להלן - ות"ת) להציע לממשלה ולמל"ג תכניות לפיתוח ההשכלה הגבוהה ולתכנן את מימונן, ולעשות לייעול המוסדות להשכלה גבוהה ולתיאום ביניהם, כדי למנוע כפילות מיותרת ולהביא לחיסכון.
הלימודים לתואר ראשון במוסדות להשכלה גבוהה מתקיימים בין היתר במכללות; חלק מהמכללות קיבלו הכרה כמוסדות עצמאיים להשכלה גבוהה, וחלקן מקיימות מסלולי לימוד באחריות אקדמית של אוניברסיטאות.
בנובמבר 1999 הגיש יו"ר ות"ת ליו"ר מל"ג, שהוא שר החינוך, התרבות והספורט, מסמך על תכנון מערך המכללות ובו הציג תכנית מכלול. לפי התכנית, מכללות אחדות הנמצאות באותו אזור יתארגנו במסגרת משותפת של מוסד רב-קמפוסי; בצפון יוקמו מוסד אחד או שניים ובדרום מוסד אחד; נוסף על המכלול תכננה ות"ת לאחד שתי מכללות טכנולוגיות בירושלים.
ליכוד המוסדות הקטנים למוסד גדול נועד ליצור "מסה קריטית" של סטודנטים ומרצים ולאפשר למכללות להעסיק סגל אקדמי של מרצים במשרה מלאה ולהגדיל את מגוון תכניות הלימוד; הכוח הארגוני והכלכלי של המכלול יהיה גדול מזה של המכללות הנפרדות, והמכלול יביא למניעת כפילויות בנושאים הנלמדים במכללות, לחיסכון בכוח אדם מינהלי ואקדמי ולתקצוב יעיל יותר.
בינואר 2001 החליטה מל"ג, כי השנה האחרונה ללימודים במכללות באחריות אקדמית של אוניברסיטה תהיה שנת הלימודים התשס"ו (2005-2006). עוד החליטה, כי מכללה תוכל להגיש בקשה להכרה כמוסד עצמאי להשכלה גבוהה, או להגיש עם קבוצת מכללות בקשה להכרה כמוסד רב-קמפוסי להשכלה גבוהה.
תכנית המכלול שהגישה ות"ת לא התבססה על בדיקה כלכלית ותקציבית כלשהי; גם לא נמסרו למליאת מל"ג נתונים על גודל המכללות וחוות דעת של ות"ת בדבר גודלן הרצוי, ולא נדונו ההוצאות התקציביות שאפשר שיידרשו כדי שהמכללות שיקבלו עצמאות יגיעו לגודל המזערי הרצוי שקבעה ות"ת.
משמעות ההחלטה שקיבלה מל"ג בנושא המכלול היא העברת הבחירה בדבר צורת ההתארגנות למכללות. זאת כשלמכללות אינטרסים משלהן שאינם זהים בהכרח לעקרונות שקבעה הממשלה לפעילות ות"ת, שהם חיסכון ויעילות ומניעת כפילות, והן עלולות לבחור בצורת התארגנות שלא תעלה בקנה אחד עם צורכי מערכת ההשכלה הגבוהה.
החלטת מל"ג על סיום הלימודים שבאחריות אקדמית במכללות אין בה כדי להבטיח את השגת היעדים שביקשה ות"ת להשיג באמצעות תכנית המכלול: הגדלת מספר התלמידים במכללות, גיוון בתכניות הלימוד ויצירת סגל מתאים.
אשר לאיחוד המכללות בירושלים - אף על פי שעוד לפני הקמת מכללה א' הגיעה ות"ת למסקנה שיש לאחדה עם מכללה קיימת, היא המליצה על הקמת מכללה א', ומל"ג אישרה את ההמלצה. החלטות מל"ג על איחוד המכללות טרם הניבו תוצאות.
עוד בשנת 2001 החליטה מל"ג על הקמת מערכת להערכת איכות והבטחתה במערכת ההשכלה הגבוהה כולה (אוניברסיטאות ומכללות) במטרה להפעילה בשנת הלימודים התשס"ד (2003-2004). עד פברואר 2004 לא הושלמו הצעדים הנדרשים להפעלת המערכת. נוכח ההחלטה על סיום הלימודים שבאחריות אקדמית של אוניברסיטאות ומתן עצמאות אקדמית למכללות, מן הראוי להפעיל את מערכת הבטחת האיכות בהקדם.