במוסדות להשכלה גבוהה העוסקים במחקר גדל בשנים האחרונות משקלו של העיסוק ביישום מסחרי של מחקרים, המניב הכנסות לא מבוטלות, והמוסדות אף הקימו לשם כך מנגנונים וגופים מיוחדים. תופעה זו בולטת במכון ויצמן למדע (להלן - המכון).
נציבות מס הכנסה ומיסוי מקרקעין (להלן - הנציבות) לא בחנה את שאלות המיסוי הכרוכות בתופעה האמורה; שכן יכול שתהיה לה השפעה על מעמדם של מוסדות אלה בכל הנוגע לתשלום מס: המוסדות זכאים לפטור ממס בשל פעילותם למען מטרה ציבורית - עיסוק במחקר מדעי בסיסי המעשיר את הידע. עיסוקם הרב ביישום מסחרי של מחקרים מעורר את השאלה אם גם רווחיהם מעיסוק זה פטורים ממס.
את מרבית ההכנסות שהפיק המכון מיישום מסחרי של מחקרים הוא העביר במישרין לקרן פיתוח, בלא להציגן כהכנסה בדוחות ההכנסות וההוצאות שלו. הוא גם לא הציג את מלוא ההכנסות האמורות בדוחות השנתיים שהגיש לרשויות המס. בביקורת שעשתה הנציבות במכון היא לא עמדה על היקף הכנסותיו מיישום מסחרי של מחקרים וגם לא ביררה את חבות המס של המכון בהקשר להכנסותיו מיישום מסחרי של מחקרים.
כל מוסד רשאי לדווח על פי כללי הדיווח החשבונאי שהוא מעדיף, להבדיל ממוסדות דומים כמו מלכ"רים הכפופים לכללי דיווח אחיד. הדבר עלול להביא לדיווחים שלא ישקפו כראוי את מצבם הכספי של המוסדות. הוועדה לתכנון ולתקצוב של המועצה להשכלה גבוהה טרם החילה על המוסדות להשכלה גבוהה כללי דיווח חשבונאי מחייבים מטעמה.