במוסדות להשכלה גבוהה פועלות אגודות סטודנטים (להלן - אגודות) שמאוגדות כעמותות ועוסקות בפעילויות שונות לרווחת הסטודנטים. חלק מהאגודות הקימו חברות עסקיות הפועלות בתחומים שונים. המוסדות להשכלה גבוהה גובים מהסטודנטים דמי חבר באגודה ומעבירים אותם לאגודות הסטודנטים. חלקם מעבירים אליהן גם חלק מדמי הרווחה שהם גובים מסטודנטים ומסייעים להן בהקצבות כספיות ובהעמדת נכסים לרשותן.
חוק העמותות, התש"ם-1980 (להלן - חוק העמותות), קובע, כי הצטרפות לעמותה תהיה בהליך פעיל שבו מצהיר המבקש להצטרף לעמותה על רצונו לעשות כן. ועדה ציבורית שהממשלה אישרה את מסקנותיה (ועדת השופט מלץ) קבעה, כי לא ייגבו מסטודנטים תשלומי רשות נלווים לשכר הלימוד בניגוד להסכמתם, וכי גביית דמי חבר עבור אגודת הסטודנטים תיעשה על פי הסכם בין האגודה למוסד האקדמי.
הביקורת העלתה, כי שתי אוניברסיטאות (בן-גוריון והטכניון) גבו את דמי החבר באגודה גם ממי שלא הצהירו על רצונם להצטרף אליה.
לשלוש אוניברסיטאות (בן-גוריון, העברית וחיפה) אין הסכם עם האגודות בדבר גביית דמי החבר; בהסכמים של שתי אוניברסיטאות אחרות (בר-אילן ותל-אביב) עם אגודות הסטודנטים שלהן לגבי גביית דמי הרווחה לא פורטו השירותים שעל האגודות לתת בתמורה לכספים שיקבלו.
אוניברסיטת בן-גוריון חייבה את הסטודנטים לשלם יחד את שני התשלומים (דמי רווחה ודמי חבר) ולא אפשרה לשלם רק אחד מהם, אף על פי ששניהם תשלומי רשות למטרות שונות, ותשלום כל אחד מהם צריך להעשות באופן וולונטרי ואין מקום להתנות את תשלום האחד בתשלום האחר. אוניברסיטת תל אביב מסרה לסטודנטים בחוברת דברי ההסבר לשכר הלימוד מידע לא נכון, שעל פיו החברות באגודה מותנת בתשלום דמי רווחה לאוניברסיטה.
שלוש אוניברסיטאות (תל-אביב, בן-גוריון והעברית) נותנות לאגודות סיוע כספי ישיר בלא שקבעו כללים בדבר הפעילויות שעבורן יינתן סיוע; משרד מבקר המדינה הציע לוועדה לתכנון ולתקצוב של המועצה להשכלה גבוהה לשקול קביעת קווים מנחים לאוניברסיטאות, כדי שיקבעו על פיהם כללים בעניין הכספים שהן מעבירות לאגודות ובעניין דרכי הפיקוח והבקרה על השימוש בהם.
לשלוש אוניברסיטאות (בר-אילן, בן-גוריון והטכניון) אין הסכמים עם אגודות הסטודנטים הפועלות בתחומן בדבר השימוש בנכסים שהן העמידו לרשות האגודות ללא תמורה. לאוניברסיטאות אלה אין גם הערכת שווי כלכלי של הטבה זו ושל הטבות נוספות שהן נותנות לאגודות, והסכום הכולל של ההטבות לא אושר בידי מוסדותיהן. אוניברסיטת חיפה שילמה לאגודה שכר דירה על שכירת חדרים בבניין שבבעלות האוניברסיטה ואשר הועמד לשימוש האגודה.
חוק העמותות קובע, כי רשם העמותות יפקח על העמותות כדי להבטיח את ניהולן התקין. במהלך השנים קיבל רשם העמותות מפעם לפעם מידע המצביע על חששות לפעולות לא תקינות של האגודות, אולם הוא לא ניצל את הסמכויות המוקנות לו בחוק העמותות בעניין זה לחקור את החשדות. הוא גם לא נקט את כל הצעדים שהוא רשאי לנקוט על פי חוק העמותות נגד אגודות שלא הגישו לו את הדוח הכספי עד המועד האחרון שנקבע לכך, ובהן אגודות שלא הגישו דוחות כלל במשך שנים מספר. בהיעדר הדוחות אין למעשה אפשרות לקיים פיקוח כלשהו על פעילות האגודות.