ביוני 2004 החליטה ממשלת ישראל על תכנית להתנתקות מרצועת עזה ומאזור בצפון השומרון (להלן - תכנית ההתנתקות או התכנית). לצורך יישום ההחלטה נחקק בפברואר 2005 חוק יישום תכנית ההתנתקות, התשס"ה-2005 (להלן - חוק היישום). במרס 2005 התקבל בכנסת חוק התקציב לשנת הכספים 2005 (להלן - חוק התקציב) ובו הוקצבו 2.2 מיליארד ש"ח למימון התכנית. עם התקדמות התהליך והתקרבות מועד הפינוי - 15.8.05 - קיבלה הממשלה סדרה של החלטות שנועדו לתת למתיישבים פתרונות להתיישבות חלופית. החלטות אלה הצריכו תוספות והעברות תקציביות ניכרות למימון הוצאות התכנית במהלך 2005 ושינו באופן משמעותי את האומדן הכולל שלה.
תכנית ההתנתקות הייתה מהלך יזום של הממשלה והיה ידוע לה כי למימונה יידרש תקציב בהיקף גדול. לאחר שהממשלה קבעה את המדיניות בדבר ביצוע תכנית ההתנתקות, השיקול התקציבי היה צריך לתפוס מקום חשוב במהלך בחינת החלופות ליישומה, דבר שלא נעשה.
עוד לפני שאושרו חוק היישום וחוק התקציב היה ידוע לוועדה שהקימה הממשלה על מנת לטפל בכל העניינים הנוגעים לביצוע התכנית (להלן - ועדת ההיגוי) כי ייתכן שיהיה על הממשלה להיערך למתן סוגים שונים של פתרונות דיור למתיישבים. אף שבהחלטת הממשלה מיוני 2004 נקבע כי "ועדת ההיגוי תדווח לקבינט על פעולותיה ותעלה בפניו נושאים הטעונים החלטת דרג מדיני", לא נעשו ולא הוצגו לממשלה ולכנסת הערכות ואומדנים כלשהם באשר להיקפי ההוצאה שעשויים להידרש למימון פתרונות אלה.
בבדיקת תהליך קבלת ההחלטות של ועדת השרים לענייני התנתקות בתחום תקצוב תכנית ההתנתקות הועלו הממצאים האלה: 1. הצעות החלטה רבות שהוגשו לוועדת השרים עסקו בנושאים נקודתיים ופרטניים. זאת בשעה שבנושאים אחרים, מהותיים ומרכזיים, לא התקבלו החלטות. לדוגמה, לא התקבלה החלטה בדבר תכנית כוללת למתן פתרונות דיור למתיישבים לטווח הקצר ולא נקבעו מסגרת תקציב כוללת למימון פתרונות הדיור ומסגרת תקציב רב-שנתית. 2. הוועדה קיבלה החלטות רבות שביצוען מחייב תוספות תקציב ניכרות בלא שהציגה את המקורות למימון ביצוען.
3. בנושאים רבים קיבלה הוועדה החלטות המחייבות תוספות תקציב, בלא שדווח לה על קצב ההוצאה בגין החלטות קודמות באותו עניין וללא מידע על אומדן עלות השלמת הפרויקטים. 4. חלק מהצעות ההחלטה הובאו לידיעת מקבלי ההחלטות רק במועד הדיון בלא שניתנה להם שהות מספקת לבחון אותן.
אגף התקציבים במשרד האוצר העביר למשרדי ממשלה תקציבים נוספים על אלה שהועברו להם באמצעות משרד ראש הממשלה. תקציבים אלה הסתכמו בעשרות מיליוני ש"ח בכל אחד מן המשרדים הנוגעים בדבר. הדבר פגע בבקרה התקציבית ובעקרונות השקיפות והגילוי הנאות של מלוא התקציבים שהוקצו להתנתקות בצורה מרוכזת באמצעות משרד ראש הממשלה.
הביקורת העלתה שיש קושי לנהל בקרה ופיקוח על יעילות הניצול של התקציבים ולעמוד על סך כל ההוצאה בגין כל פרויקט גדול בנפרד בשל הצגת תקנות ההשתתפות ברמת המשרדים. מאחר ששיקוף מהימן של ההוצאות על כל פרויקט גדול שבוצע במסגרת ההתנתקות הוא בעל חשיבות רבה מבחינה ציבורית, היה על אגף התקציבים להפעיל מנגנון תקצוב שיאפשר לו לעקוב אחר ההוצאות האמורות ולדווח עליהן למקבלי ההחלטות ולציבור.
האומדן הכולל של עלות תכנית ההתנתקות הוכפל בתוך כשנה וחצי מכ-4.5 מיליארד ש"ח לכ-9 מיליארד ש"ח. אף שעוד בסוף שנת 2004 היה ידוע לוועדת ההיגוי כי ייתכן שיהיה על הממשלה לממן פתרונות דיור זמניים בסכומים ניכרים, לא נכללו באומדן ההוצאה הכוללת על התכנית ולו אומדנים ראשוניים על ההוצאות. לפיכך עד אמצע שנת 2005 אומדן העלות הכוללת לא שיקף את האומדן האמיתי של עלות התכנית והיה מוטה כלפי מטה.