באוקטובר 2003 החליטה הממשלה לפרק את המשרד לענייני דתות (להלן - משרד הדתות). בינואר 2004, לאחר פירוק משרד הדתות, הפיקוח על מתן שירותי דת באמצעות המועצות הדתיות הועבר למשרד ראש הממשלה (להלן - משרד רה"מ). בינואר 2005 הוקמה רשות ארצית לשירותי דת, הפועלת כיחידת סמך במשרד רה"מ (להלן - הרשות הארצית). הרשות מממנת 40% מתקציב המועצות הדתיות, ותפקידה לפקח על פעילותן ועל ניהול כוח האדם שלהן ותקציבן. בראש הרשות עומד מנכ"ל, מר מאיר שפיגלר (להלן - מנהל שירותי הדת), הממונה על 39 עובדים, שמרביתם עברו עם פירוקו של משרד הדתות למשרד רה"מ. תקציבה של הרשות ל-2005 היה 15.6 מיליון ש"ח.
המועצות הדתיות עוסקות בעיקר באלה: פיקוח על הכשרות ועל השחיטה, מתן שירותי רבנות ועריכת נישואין, הקמת עירוב, הקמה והפעלה של מקוואות, מתן שירותי קבורה, פעולות תרבות תורנית ותמיכה במוסדות דת. ראש הממשלה ממונה על ביצוע חוק שירותי הדת היהודיים [נוסח משולב], התשל"א-1971 (להלן - חוק שירותי הדת), והתקנות שהותקנו על פיו.
רפורמה במערך שירותי הדת
בהחלטת הממשלה על פירוק משרד הדתות הוחלט גם לפרק את כל המועצות הדתיות ולתת את שירותי הדת באמצעות הרשויות המקומיות. בעת קבלת ההחלטה (אוקטובר 2003) פעלו בארץ 134 מועצות דתיות והועסקו בהן כ-6,000 עובדים וגמלאים, בהם רבני שכונות, משגיחי כשרות, בלניות, עובדי חברה קדישא, עובדי מינהל ואנשי תחזוקה. באפריל 2005 המליץ צוות מקצועי, שהוטל עליו להציע חלופות לארגונו מחדש של מערך שירותי הדת, על הקמת 36 או 53 מועצות דתיות מרחביות במקום 134 המועצות הקיימות. עד יוני 2006 לא נעשה דבר לצמצום מספר המועצות הדתיות.
הפיקוח על המועצות הדתיות
בשנת 2002 הכין אגף פיקוח ובקרה במשרד הדתות דוח ביקורת על פעילותן המינהלית והכספית של 58 מ-134 המועצות הדתיות שפעלו בשנת 2001. הביקורת נעשתה באמצעות 17 משרדי רואי חשבון בעלות של כ-3 מיליון ש"ח. בעקבות זאת קבע מנהל אגף פיקוח ובקרה שהגירעונות של המועצות הדתיות נגרמו בין היתר מהסיבות האלה: רשויות מקומיות לא העבירו למועצות דתיות את מלוא חלקן בתקציב; מועצות חרגו מתקן המשרות שאושר; מועצות שילמו שכר ותשלומים נלווים גבוהים מהמתחייב; מועצות העניקו תמיכות שלא על פי הנוהל להענקתן. בשנת 2003 הוטל על ראש אגף פיקוח ובקרה ועל המבקר הפנימי לבדוק את פעילותן של עשר מועצות דתיות ולהעריך את יכולתן להמשיך ולתת שירותי דת. הם הגישו את ממצאיהם לאחר סיום הבדיקה.
עד ספטמבר 2005 לא נבדק אם תוקנו הליקויים שנמצאו בביקורות שנעשו ב-2002 וב-2003, ולא נעשה שימוש במסקנות ובהמלצות הביקורת.
בעקבות החלטת בית הדין הארצי לעבודה לפיה על משרד רה"מ לשלם למועצות הדתיות כספים לשם תשלום חובות עבר לעובדים, היה צורך לרכז את הנתונים הבסיסיים על שכר העובדים כדי לחשב את החוב. ואולם בידי המשרד לא היו נתונים אלה, אף שמתפקידו לקיים פיקוח שוטף על הפעילות הכספית של המועצות, והוא התקשר עם רואה חשבון כדי שילקט את הנתונים מהמועצות הדתיות.
ביוני 2004 חתם משרד רה"מ על חוזים לשנה עם ארבעה משרדי רואי חשבון ומינה אותם לרואי חשבון מלווים ל-86 מועצות דתיות, שרק באישורם יהיו המועצות רשאיות לשלם שכר ותשלומים אחרים. ארבעת רואי החשבון איתרו 224 עובדים שמשרותיהם לא נכללו בתקן. נוסף על כך הם העלו חשדות לאי-סדרים בחלק מהמועצות הדתיות. משרד רה"מ והרשות הארצית לא פעלו לוודא שהליקויים שהעלו רואי החשבון יתוקנו.
מהאמור לעיל עולה שמשרד הדתות השקיע משאבים ניכרים במנגנוני פיקוח ובקרה, אולם לא פעל מתוך מחויבות לאימוץ מסקנות הביקורת ולהוצאתן אל הפועל. לדעת משרד מבקר המדינה היה על משרד הדתות לקבוע לוח זמנים לתיקון הליקויים וליישום ההמלצות העולות מהביקורות ולעקוב אחר ביצוען. כמו כן היה עליו להסתייע בדוחות הביקורת לאיתור הגורמים למשבר הכספי במועצות הדתיות, להתריע עליהם מבעוד מועד לפני הממשלה ולגבש תכניות הבראה.
גם המבקרים הפנימיים של הרשויות המקומיות עשו ביקורות במועצות הדתיות. דוחות הביקורת שלהם היו יכולים לספק לרשות הארצית מידע נוסף על המתרחש במועצות הדתיות ולשפר את הבקרה עליהן, אולם כמעט לא נעשה בהם שימוש. לדעת משרד מבקר המדינה ראוי שהרשות הארצית תבקש מכל רשות מקומית להמציא לה באופן שוטף כל דוח ביקורת פנימית על המועצות הדתיות ותוודא שהליקויים יתוקנו.
חידוש הרכבי מועצות דתיות ומינוי ממונים
בחוק שירותי הדת נקבע כי שר הדתות יקבע את מספר חברי המועצה הדתית, ובלבד שלא יעלה על מספר חברי הרשות המקומית. עוד נקבע, כי השר יציע 45% מהמועמדים לשמש חברי המועצה, 45% מהם תציע הרשות המקומית ו-10% - הרבנות המקומית. בג"ץ קבע את עקרון הייצוג היחסי, שלפיו שיעור נציגיה של כל מפלגה במועצה הדתית ישקף ככל האפשר את שיעור נציגיה במועצת הרשות המקומית.
ב-12 מועצות דתיות, כ-40% מהרשויות שבהן חודש הרכב המועצות באותה עת, לא נשמר עקרון הייצוג היחסי לגבי מפלגת הליכוד, שהייתה אז בשלטון, ושיעור נציגיה במועצות הדתיות עלה על שיעורם בקרב חברי מועצות הרשויות המקומיות.
לדעת משרד מבקר המדינה העובדה שהמפלגה שהשר הממנה השתייך אליה קיבלה במועצות הדתיות עמדות כוח שמשקלן גדול ממשקלם של חבריה במועצות הרשויות המקומיות מעידה על פגמים בתהליך הרכבת המועצות הדתיות.
עוד נקבע בחוק כי "לא חודש הרכב המועצה... ימנה השר צוות בן שני חברים, מתאימים, שימלאו את התפקידים שאותם מוסמכת המועצה למלא... (בסעיף זה - הממונים); לממונים יהיו כל הסמכויות והחובות של המועצה; לאחד מהם יעניק השר את סמכות ההכרעה; ... השר... יקבע תנאי כשירות ופסלות למינוי הממונים". בהחלטת הממשלה מ-25.4.04 נקבע בין היתר שיהיו כשירים לשמש כממונים "בעלי השכלה או ניסיון ניהולי הנוגעים לעניין, הכל בהתחשב באפיוני המועצה הדתית בה הם אמורים לשמש".
לדעת משרד מבקר המדינה הגדרת כישורי הממונה היא עמומה, גמישה ורחבה ביותר ואין בה אמות מידה שלפיהן ניתן לבחור מועמדים. כל עוד לא יבוטלו המועצות הדתיות, יש להגדיר בבירור את הכישורים הנדרשים מממונים כדי למנוע בחירת אנשים לא מתאימים.
ב-26 מועצות דתיות מינה השר הממונה ממונים במקום ראש מועצה וב-65 מועצות אין ראש מועצה ואין ממונים. הביקורת העלתה ש-20 מ-52 הממונים ב-26 המועצות האמורות הם חברי מפלגת הליכוד. המספר הגדול של חברי מפלגה אחת בקרב הממונים והעדויות בדבר מעורבות ח"כ עומרי שרון, בנו של ראש הממשלה, השר הממנה, בהליכי המינוי מעוררים חשש שלא פעלו על פי שיקולים ענייניים בלבד, וכי ניתנה עדיפות לחברי הליכוד. לפי ההלכה הפסוקה של בית המשפט העליון, מועמד לתפקיד או למשרה שיש לו זיקה פוליטית לשר הממנה, חייב להיות בעל כישורים מיוחדים או כשירות מיוחדת אחרת כתנאי למינוי, נוסף על עמידה בדרישות הסף. לדעת משרד מבקר המדינה, כל עוד לא יבוטלו המועצות הדתיות, יש להחיל עיקרון זה גם על מועמדים לתפקיד ממונה במועצה דתית.
חברות קדישא
בשנת 2004, סמוך למועד פקיעת כהונתן של המועצות הדתיות, הוקמו חברות קדישא (להלן - ח"ק) בע"מ ליד המועצות הדתיות אשדוד, קריית שמונה, יהוד וכפר הרא"ה - עמק חפר. חלק מבעלי המניות של חברות אלה היו חברי המועצות הדתיות.
הקמת הח"ק נעשתה כמחטף: יושבי הראש של המועצות הדתיות האמורות וחברי המועצות העבירו לגופים שבשליטתם סמוך למועד פקיעת כהונתם את השליטה בשירותי הקבורה בתחום שיפוטן של המועצות ואת המשאבים הדרושים למתן שירותים אלה. הדבר מעורר חשש שמקימי הח"ק העדיפו את האינטרסים האישיים שלהם על האינטרסים הציבוריים. בהיעדר מכרז לא הובטח שיינתנו לציבור שירותי הקבורה הטובים ביותר בעלות הנמוכה ביותר. זאת ועוד, מאחר שפעילות הקבורה הועברה לחברות פרטיות שהוקמו כחברות לתועלת הציבור ולא כעמותות, אין עליהן פיקוח של רשם העמותות. אף על פי שמשרד רה"מ התנגד להקמת הח"ק והיה ער לפגמים שבהקמתן, הוא לא פעל ברציפות ובתקיפות להשבת המצב לקדמותו. רק לאחר סיום הביקורת הוחזרה פעילות הקבורה למועצות הדתיות.