במסגרת פעילותה, משאילה מערכת הביטחון לזמן קצוב ציוד ואפסניה (להלן - טובין) של צה"ל לגופים אזרחיים שונים בארץ (להלן - הגופים השואלים). במחצית השנייה של שנת 2004 הסתכם ערך הטובין המושאלים במאות מיליוני ש"ח. ההשאלות נחלקות לשני סוגים: (א) טובין המושאלים לשימושם של הגופים השואלים על פי צורכיהם (להלן - השאלות א'); (ב) טובין המושאלים לספקי משרד הביטחון (להלן - המשרד) במסגרת הזמנות המשרד לביצוע עבודות עבורו, כדי שישמשו בתהליכי הפיתוח והייצור של מערכות שהוזמנו (להלן - השאלות ב'). הוראות המשרד מגדירות לגופי מערכת הביטחון את סוגי הטובין שניתן להשאיל ואת דרכי אישור ההשאלות וניהולן.
במהלך שנת 2000 בדק משרד מבקר המדינה את תהליך ביצוע המעקב והבקרה אחר השאלות הטובין, שמקיימות יחידות מסוימות באגף הכספים שבמשרד (להלן - אכ"ס). ממצאי הביקורת פורסמו בדוח 52א, והצביעו בעיקר על פיגורים, לעתים של שנים, בהחזרת חלק מהטובין לצה"ל, ועל ליקויים במערכות הבקרה שנועדו לעקוב אחר תהליך השאלת הטובין, בצה"ל ובמשרד.
בחודשים יולי - נובמבר 2004 ערך משרד מבקר המדינה ביקורת מעקב מורחבת על תהליך ביצוע המעקב והבקרה על השאלת טובין ביחידות של אכ"ס שנבדקו בביקורת הקודמת וכן ביחידות נוספות במשרד ובצה"ל. בביקורת המעקב נבדק בעיקר באיזו מידה תוקנו הליקויים שעלו בדוח 52א, ובכלל זה אופן אישור ההשאלות, הבקרה על מתן פטור מדמי השאלה, המעקב אחר מועד סיום ההשאלות והפעולות הננקטות להחזרת טובין שלא הוחזרו במועד. כן נבדק הדיווח של המשרד למשרד מבקר המדינה בנוגע לאופן שבו תיקן את הליקויים שעלו בדוח 52א.
במסגרת הדיווח הנ"ל הודיע המשרד ביוני 2002, כי יקים צוות בין-אגפי בראשות אכ"ס, אשר יציג עד סוף שנת 2002 המלצות על כללי בקרה ומעקב נאותים אחר השאלת טובין. עוד הודיע, כי אכ"ס מתכוון ליזום תיקון להוראת המשרד, שלפיה בסמכות ראש אכ"ס או מנכ"ל המשרד, לפי העניין, לאשר מתן פטור לגופים השואלים מתשלום דמי השאלה. כוונת התיקון להסמיך גופי צה"ל לתת פטור מדמי השאלה עד לסכום מסוים. בביקורת המעקב עלה, כי חרף הדיווח הנ"ל, לא הוקם במשרד צוות בין-אגפי וההוראה לא תוקנה.
ביקורת המעקב, שנערכה כשלוש שנים לאחר פרסום דוח 52א, העלתה, שרוב הליקויים לא תוקנו. להלן עיקר הממצאים שעלו בביקורת זו:
א. בשנת 2004 ניהל אכ"ס 87 תיקי השאלות א' המתייחסים להשאלות של טובין שערכם הכולל מסתכם בכ-51 מיליון ש"ח. בדיקת תיקי השאלות א' העלתה, כי כבעבר ובניגוד להוראות המשרד, אכ"ס עדיין לא עורך מעקב אחר גופים שואלים כדי לבדוק את מידת עמידתם בתנאי ההשאלה; ב-31% מהתיקים שנבדקו לא נמצאו ביטחונות תקפים, שהיו אמורים לספק למשרד הגופים השואלים כנגד הטובין שקיבלו, או לא נמצאו ביטחונות כלל; אכ"ס לא הקפיד לבדוק את תחשיבי דמי ההשאלה שהעבירו לו גופי צה"ל, ונהג, ככלל, לאשר את המלצות צה"ל לפטור את הגופים השואלים מדמי השאלה בלי לקבל לכך, כנדרש בהוראות המשרד, אישור מראש אכ"ס או ממנכ"ל המשרד, בהתאם לגובה דמי ההשאלה; ב-51% מההשאלות הסתיימה תקופת ההשאלה, אך הטובין טרם הוחזרו - הערך הכספי של הטובין שלא הוחזרו הסתכם בכ-37 מיליון ש"ח, ותקופת הפיגור בהחזר חלק מהן הגיעה עד חמש שנים. נמצא, כי כבעבר, אכ"ס לא פעל על פי הנדרש בהוראות המשרד, ובמקרים רבים לא מימש את הביטחונות של הגופים השואלים שלא החזירו את הטובין המושאלים במועד.
ב. בתחום ניהול השאלות ב' נמצא, כי אכ"ס ומינהל ההרכשה והייצור שבמשרד (מנה"ר), המבצע הזמנות של עבודות עבור צה"ל, אינם מקיימים מעקב אחר חלק מן ההשאלות, בשל אי-ביצוע התאמות נדרשות במערכת הבקרה הממוחשבת של הזמנות המשרד; בדומה להשאלות א', במקרים רבים גם בהשאלות ב' אכ"ס לא מימש ביטחונות של הגופים שלא החזירו את הטובין המושאלים במועד.
ג. במועד סיום ביקורת המעקב, 32% מההשאלות של אגף הטכנולוגיה והלוגיסטיקה שבצה"ל בערך כספי של כ-60 מיליון ש"ח, ו-58% מההשאלות של חיל האוויר בערך כספי של כ-69 מיליון ש"ח, טרם הוחזרו, על אף שתקופתן הסתיימה.