סמכויותיה של עירייה להטיל אגרות, היטלים ותשלומי חובה אחרים (להלן - אגרות) נקבעו בפקודת העיריות [נוסח חדש], המעניקה לעירייה סמכות להתקין חוקי עזר כדי לאפשר לה לבצע את שהיא נדרשת או מוסמכת לעשות על פי הפקודה או על פי כל דין אחר ובין היתר להטיל בחוקי עזר אלה אגרות. למועצות המקומיות ולמועצות האזוריות הוקנתה סמכות דומה . הוראת סעיף 1 (א) לחוק יסוד: משק המדינה קובעת כי "מסים, מילוות ותשלומי חובה אחרים לא יוטלו, ושיעוריהם לא ישונו אלא בחוק או על פיו; הוא הדין לגבי אגרות". הוראה זו חלה גם על אגרות שמטילות רשויות מקומיות.
בדיני המיסים מקובלת ההבחנה בין שלושה סוגים של חיובים כספיים: "מס", "אגרה", ו"מחיר". לפי הפסיקה יש מדרג שבקצהו האחד נמצא המס, שהוא תשלום כפוי שמטילה רשות ציבורית, שלא ניתנת כנגדו תמורה ישירה ושוות ערך, ובקצהו האחר נמצא המחיר, שהוא תשלום מרצון שיש כנגדו תמורה ישירה ושוות ערך, והוא נקבע בתנאים של שוק חופשי. בין שני הקצוות הללו נמצאת האגרה, שהיא תשלום חובה המוטל בכפייה או מרצון, ומשולם תמורת מצרך או שירות.
ארנונה היא המס העיקרי שגובות רשויות מקומיות ואף המקור העיקרי למימון ההוצאות הדרושות לביצוע סמכויותיהן ותפקידיהן. בחוקי ההסדרים במשק המדינה נקבע מנגנון מסודר לקביעת שיעורי הארנונה, ומאז שנת 1987 הוגבל כוחן של הרשויות המקומיות לשנות את שיעורי הארנונה בלא אישור שר הפנים ושר האוצר.
משרד הפנים הוא הגוף הבודק את כל חוקי העזר טרם פרסומם. לשר הפנים ניתנה סמכות לעכב פרסומו של כל חוק עזר בתוך שישים יום מיום שהובא לידיעתו, ולעיתים נדרש אישורו המפורש של השר לפרסום חוק העזר. סמכות זו נועדה לאפשר למשרד הפנים לבחון את סבירותו וחוקיותו של ההסדר המוצע בחוק העזר ואת השפעת פעולתה של הרשות המקומית על מערכת השלטון כולה. נמצא כי משרד הפנים לא הוציא לרשויות המקומיות הנחיות כלליות בכל הנוגע לסמכותן להתקין חוקי עזר המטילים אגרות, ובעיקר באשר להיקף הסמכות לגבות אגרות ולמגבלותיה.
מכספי הארנונה ממומנים שירותים בסיסיים (שירותי ליבה) כגון: פנוי אשפה, נקיון רחובות ותחזוקתם, שכל מחזיק בנכס נזקק להם. שירותי פינוי אשפה הם חלק משירותי הליבה שמספקות הרשויות המקומיות. לפי עמדת משרד הפנים אפשר להטיל אגרת פינוי אשפה רק בגין פינוי פסולת עסקית ותעשייתית משום שכמותה חורגת מזו של פסולת ביתית ומשום שהיא כרוכה בהשקעות ובטיפול חריגים מצד הרשות המקומית, ולכן אינה ממומנת מכספי הארנונה. נמצא כי משרד הפנים איפשר לרשויות המקומיות להטיל בחוקי עזר אגרות בגין פינוי פסולת עסקית אפילו כשאינה בכמות חריגה או כשאינה כרוכה בטיפול חריג מצד הרשות המקומית (כגון ניירת או ציוד משרד), וזאת שלא בהתאם לעמדתו האמורה ובלא שניתן הסבר לכך.
לדעת משרד מבקר המדינה, מן הראוי שמשרד הפנים יפעל לגיבוש מדיניות ולקביעת כללים אחידים שינחו את הרשויות המקומיות בבואן להטיל אגרות, ויקפיד על יישומם. זאת ועוד, הארנונה נועדה לממן סל שירותים סטנדרטי בסיסי שמספקות הרשויות המקומיות, אלא שאין בנמצא הגדרה מפורשת המפרטת את השירותים הכלולים באותו סל שבעבורו נגבית הארנונה. בשים לב לכך, ומכיוון שבהטלת אגרות יש משום הכבדת הנטל הכספי על התושבים ולעתים העלאת הארנונה תוך כדי עקיפת הוראות החוק, ראוי שמשרד הפנים יקפיד שהרשויות המקומיות יימנעו מלהטיל אגרות חדשות בגין שירותים שמומנו באופן מסורתי מכספי הארנונה. הטלת אגרות בעבור שירותים מיוחדים היא פעולה חריגה, ועל הרשויות המקומיות לעשות בה שימוש זהיר ומושכל במקרים מעטים ומוגדרים.
היטל הוא סוג של אגרה שרשויות מקומיות נוהגות לגבות למימון תשתיות מוניציפליות כגון סלילת כבישים וביוב. בפסיקה נקבע כי אין לסווג היטל באופן מוחלט כמס או אגרה כאשר הוא קשור לשירות הניתן תמורתו: כאשר השירות ממומן בעזרת המשאבים המתקבלים מגביית ההיטל, אזי ההיטל כמוהו כאגרה; כאשר ההיטל מנותק מכל זיקה לשירות הניתן תמורתו, אזי ההיטל כמוהו כמס. סכום ההיטל נקבע בדרך כלל על בסיס חלוקת סך ההוצאות למימון השירות בסך החייבים ולא בתמורה לקבלת שירות מסוים, כלומר אין קשר ישיר בין השירות לתשלום.
יש אי-בהירות בכל הנוגע לסמכותה של רשות מקומית להטיל היטלים כדי לממן את הוצאותיה. לא ברור מהי הזיקה הנדרשת בין תשלום ההיטל ובין השירות הניתן תמורתו ועל מה מתבסס חישוב ההיטל הנדרש כדי להבטיח שההיטל לא יחרוג מגדר סמכותה של הרשות המקומית ויהיה למס. בפסק דין אל עמי הובע ספק בדבר סמכותן של הרשויות המקומיות להטיל על תושביהן באמצעות חוקי עזר היטלים שאין זיקה ישירה בינם ובין השירותים שבגינם הוטלו.
לדעת משרד מבקר המדינה, מן הראוי שמשרד הפנים ייתן את דעתו לעמימות שבעניין סמכותן של הרשויות המקומיות להטיל היטלים וישקול יוזמה חקיקתית להסדרת הנושא באופן שתוסר עמימות זו.
בחודשים נובמבר 2004 עד אפריל 2005 בדק משרד מבקר המדינה ב-18 רשויות מקומיות ובשלוש ועדות מקומיות לתכנון ולבנייה הטלתן וגבייתן של אגרות. בדיקה משלימה נערכה במשרד הפנים. הבדיקה התמקדה באגרות פינוי אשפה, אגרות חניה, אגרת שמירה, אגרת אמבולנס, אגרות קבורה, אגרות בתחום התכנון והבניה ואגרת כיבוי אש.
1. הביקורת העלתה כי רשויות מקומיות גבו אגרות בלא אסמכתה בדין כדלקמן: עיריית תל אביב-יפו, עיריית רחובות ועיריית יבנה גבו אגרה בגין הצבת תמרורים; עיריית רחובות ועיריית קריית אונו גבו אגרה בגין הנפקת תוויות חניה; המועצה המקומית קריית טבעון גבתה אגרה בגין חניה באמצעות מדחנים; עיריית תל אביב-יפו גבתה אגרות בגין דמי טיפול בפעולות המבוצעות בידי אגף נכסים ומשק; המועצה המקומית קריית טבעון והמועצה המקומית מזכרת בתיה גבו אגרה בגין החלפת כלי אשפה; המועצה המקומית מזכרת בתיה גבתה אגרה בגין "תיק מידע" לבונים; עיריית תל אביב-יפו גבתה אגרה בגין הבלטת מרפסות מחוץ לקו הרחוב; גם הוועדות המקומיות-מרחביות שפלת הגליל ולב הגליל גבו אגרות בלא אסמכתה בדין.
2. נמצאו רשויות מקומיות שגבו אגרות "רשות" באמצעות חשבון הארנונה בלא לקבל את הסכמתם הכתובה של התושבים לתשלום האגרה, ועל התושבים הוטל להודיע לרשות המקומית בכתב שאין הם מעוניינים בתשלום האגרה. לעיריית קריית ביאליק ולמועצה המקומית קריית טבעון היה חוק עזר למתן שירותי קבורה נוספים , ועל פיו נדרש תושב שאינו מעוניין בשירות להודיע על כך בכתב לרשות המקומית. זאת ועוד, המועצות המקומיות יקנעם עילית וקריית טבעון גבו עם הארנונה אגרת אמבולנס שלא היתה מעוגנת בחוק עזר, בלא לקבל הסכמת התושבים בכתב.
לדעת משרד מבקר המדינה, גביית אגרות רשות באמצעות חשבון הארנונה בלא לקבל הסכמה מפורשת של התושבים, ושימוש בדרך של "שתיקה כהסכמה" לצורך גביית אגרות, הן פסולות.
3. נמצאו רשויות מקומיות שגבו אגרות שלא על פי התעריפים שנקבעו בחוק העזר: עיריית תל אביב-יפו, עיריית רחובות והמועצה המקומית יקנעם עילית גבו אגרת פינוי אשפת מפעל, ועיריית רמת השרון גבתה אגרת שילוט שלא על פי התעריפים שנקבעו בחוק העזר. משרד מבקר המדינה העיר לרשויות המקומיות כי שינוי התעריפים - הפחתתם או העלאתם - צריך שייעשה בדרך של תיקון חוק העזר ורק לאחר שחוק העזר אושר ופורסם כדין.
4. עיריית קריית ביאליק ועיריית נצרת עילית המעניקות שירותי קבורה בתחומן גבו אגרה בגין שמירת חלקת קבר שלא על פי התעריפים שהותרו בחוק שירותי הדת היהודיים [נוסח משולב] התשל"א-1971 (להלן - חוק שירותי הדת).
5. רשויות מקומיות התקינו חוקי עזר, שמכוחם הוטלה על התושבים אגרת שמירה. משרד הפנים אישר להטיל את האגרה למימון הוצאות חריגות שנבעו ממצב הביטחון החריג ששרר במדינה עקב פעולות הטרור מאז סוף שנת 2000, בתנאי שלא מומנו בעבר מכספי הארנונה. נמצא כי בחוקי העזר של עיריית נס ציונה ושל המועצה המקומית מזכרת בתיה שאושרו בידי משרד הפנים נקבע, כי שירותי השמירה ישמשו גם למימון הוצאות לשמירת הרכוש בתחומן, אף על פי שלהוצאות אלו אין קשר מובהק למצב הביטחון החריג. כן נמצא, כי בשנת 2004 אישר משרד הפנים לעיריית נצרת עילית להתקין חוק עזר לשמירה בלי שיושמו בו כל הנחיותיו הוא להטלת האגרה.
6. המועצה המקומית אבן יהודה עשתה שימוש בכספי אגרת השמירה למימון הוצאות שלא נבעו ממצב הביטחון החריג. ההוצאות הללו לא נכללו בתחשיב שהגישה לאישור משרד הפנים ושעל פיו נקבע תעריף אגרת השמירה. עיריית נס ציונה השתמשה בכספי האגרה לצורך העסקת פקחים כעובדי עירייה מן המניין. אגב פעילותם בשמירה ובאבטחה הועסקו הפקחים האלה גם באכיפת חוקי העזר של העירייה. פעילות זו ממומנת מהוצאותיה השוטפות של העירייה ואינה תואמת את ייעוד האגרה.
7. כל הרשויות המקומיות שנבדקו גבו את אגרת השמירה (עיריות ראשון לציון, נס ציונה ורעננה, מועצות מקומיות שהם, אבן יהודה ומזכרת בתיה, ומועצה אזורית גדרות) לא ניהלו את כספי אגרת השמירה כקרן נפרדת ייעודית אלא בסעיפי התקציב הרגיל. בשים לב לכך שאגרת השמירה היא אגרה ייעודית, היה על הרשויות המקומיות לנהל את כספי האגרה כמשק סגור ובקרן ייעודית נפרדת, כדי לאפשר בקרה על השימוש בכספים ולהבטיח כי ישמשו אך ורק למטרה שלשמה נגבו. זו גם הייתה הנחיית משרד הפנים לרשויות המקומיות .
העובדה שבידי כמה מהרשויות המקומיות נותרו עודפים בלתי מנוצלים מכספי האגרה והעובדה שהן לא הגיעו לאיזון תקציבי בין הכנסות האגרה ובין ההוצאות בגינה מחזקות את הצורך בניהול כספי האגרה בקרן נפרדת, כך שתתאפשר בקרה על הכספים ויימנע שימוש בהם למימון שירותים אחרים.
8. עיריית נצרת עילית, עיריית קריית ביאליק והמועצה המקומית קריית טבעון לא ניהלו את הכספים שגבו כאגרת שירותי קבורה נוספים בקרן נפרדת, למרות עודפי גבייה ניכרים שהיו להם, ולא הפרידו בין ההוצאות בגין שירותי קבורה נוספים ובין הוצאות לתפעול שוטף של שירותי הקבורה.