מינהל הספורט (להלן - המינהל), במשרד החינוך, התרבות והספורט (להלן - המשרד) מסייע לרשויות מקומיות, להתאחדויות ולאיגודי ספורט בפיתוח הספורט על כל ענפיו ורמותיו (ספורט עממי, קהילתי, תחרותי והישגי).
בין השנים 2000-2005 תקציב המינהל קטן בכ-38.6%. בשנים 2000-2003 ירד תקציב המינהל בכ-13%, באותן שנים היה המינהל במשרד המדע, בסוף שנת 2003 חזר המינהל למשרד. השוואה בין שנת 2005 לשנת 2003 העלתה, שבאותה תקופה תקציב המינהל ירד בכ-30%.
בפברואר 2003 הציע המינהל לאחד מחדש את היחידות המופקדות על הספורט ועל החינוך הגופני כדי לרכז את יחידות המטה ולצמצם את מספר המפקחים. ההצעה לא התבצעה.
בהנהלת המשרד לא נדונה הצעה שהכין ראש המינהל בנובמבר 2003 לחלוקת תפקידים בין המינהל ובין המועצה להסדר הימורים בספורט.
בשנת 2005 הסתכמה התקנה "מתקני ספורט" בתקציב המינהל ב-448,000 ש"ח, בשעה שלמשרד הוגשו, 32 בקשות מגופים המבקשים תמיכה, בסכום כולל של כ-3.1 מיליון ש"ח. ועדת ההקצבות של המשרד אישרה לחלק את ההקצבות לחמישה מיזמים, אך לא פירטה מדוע בחרה בהם דווקא. עם החמישה נמנה שיפוץ אולם הספורט בכפר תבור, שהסתכם ב-50,000 ש"ח. ראש המינהל (ד"ר יהושע דקל) היה תושב כפר תבור עד שנת 1997, אך הוא לא חשף את הזיקה שיש לו למקום בפני הוועדה. יצוין כי כבר בדצמבר 2001 אישרה ועדת המתקנים של המועצה הקצבה בסך 280,000 ש"ח להקמת חדר כושר בכפר תבור, שראש המועצה המקומית החליט לקרוא לו על שמו של ראש המינהל. גם אז נמנע ראש המינהל, ששימש יו"ר הוועדה, מלחשוף את זיקתו למקום.
המינהל לא קבע נוהל לטיפול בדוחות ביקורת שמכינים רואי חשבון מטעמו באיגודי הספורט הנתמכים. דוחות הביקורת שהוכנו כמעט לא נדונו במינהל.
המשרד והמינהל לא קבעו לנציגיהם באיגודי הספורט הנחיות כיצד עליהם לפעול; נציגי המשרד אינם מחויבים לדווח למשרד ולמינהל על החלטות שהתקבלו בהנהלות האיגודים, ועקב זאת הידע הנצבר במינהל על האיגודים אינו מלא.
במרס 2005 החליטה הממשלה להקים מועצה ציבורית לקידום ספורט הנשים בישראל. על פי תכנית שהכין המינהל, המועצה להסדר הימורים בספורט אמורה להעביר למינהל את עיקר התקציב לפיתוח ספורט הנשים. נקבע שהיא תעביר כ-80 מיליון ש"ח בשמונה שנים. עד דצמבר 2005 לא הסתיים הליך הקמת המועצה האמורה, והמועצה לא העבירה את התקציב.
קיום מירוצי סוסים בישראל הוא נושא השב ועולה זה כמה שנים. משרד מבקר המדינה אינו נוקט עמדה ואינו קובע אם יש לקיים בישראל מירוצי סוסים. יחד עם זאת, על אף שראש המינהל ראה חשיבות רבה בקיום המירוצים בישראל, לא השקיע המינהל מאמצים רבים כדי להסדיר את העניין.
חוק הספורט התשמ"ח-1988 קובע ששר החינוך, התרבות והספורט הממונה על ביצוע החוק רשאי לקבוע תקנים למתקני ספורט ולמכשירי ספורט במוסדות חינוך. עד נובמבר 2005, לא פורסם מכרז להוצאת אוגדן שיכלול את התקנים, וממילא לא נקבעו התקנים הנחוצים להפעלת מתקני הספורט.
עוד בשנת 1997 ציין משרד מבקר המדינה שיש ניגוד עניינים מוסדי בפעילותו של עובד בכיר במשרד ממשלתי שבתוקף תפקידו ממונה על מתן המלצה לתמיכה ומפקח מטעם המשרד על המוסד הנתמך, ובה בעת נמנה עם הנהלת אותו מוסד. על אף זאת, ראש המינהל משמש יו"ר מכון וינגייט לחינוך גופני ולספורט, שהוא עמותה נתמכת בידי המשרד.
במרוצת השנים מינו שרי החינוך ועדות לבדיקת מצב הספורט ובכללן את ועדת מליניאק, שמונתה בשנת 1993. עיקר המלצות הוועדה בנושא מבנה הספורט בישראל, לא יושם, והוא נשאר כשהיה. כעבור כשלוש שנים הקים המשרד ועדה נוספת לעניין זה.
בשנת 1998 המליצה ועדת לוין להקים מועצה לספורט, שתקדם את הספורט בישראל. בשנת 1998 נרתמו המשרד ולאחר מכן משרד המדע להקמת המועצה לספורט, אולם בפועל גנז המשרד את המלצות הוועדה, אף על פי שלא החליט על כך רשמית.