משרדי הממשלה פועלים במסגרת חוק תקציב שנתי שהכנסת מחוקקת. בחוק נקבעים הסכומים המרביים שאפשר להוציא, הסכומים המרביים להוצאה המותנית בהכנסה ולהרשאה להתחייב ושיא כוח האדם ביחידות הממשלתיות. החשב הכללי במשרד האוצר (להלן - החשכ"ל) אחראי, בין היתר, לניהול כספי המדינה ולפיקוח על ביצוע התקציב. הוא עושה זאת באמצעות חשבים וגזברים הפועלים במשרדי הממשלה וביחידות הסמך, באמצעות מערכת ממוחשבת של חשבונות וכספים המותקנת ביחידות הממשלה, וכן באמצעות יחידת הביקורת של החשכ"ל ומבקרי כספים בחשבויות.
במשרדי הממשלה וביחידות סמך שונות מכהנים 83 חשבים וסגני חשבים. 63 מהם מועסקים בתקן של החשכ"ל, והיתר בתקן של המשרד שהם מכהנים בו. נמצא כי החלטת הממשלה בעניין העסקתם של חשבים וסגניהם בתקן החשכ"ל לא יושמה ביחידות שונות של מערכת הביטחון (לרבות המשטרה).
אין אמות מידה שלפיהן נקבע מתי יש למנות חשב ביחידת סמך, נוסף על חשב המשרד שהיחידה שייכת לו. ועדת המינויים באגף החשכ"ל אינה רושמת פרוטוקולים על דיוניה ועל החלטותיה, ולפיכך אי-אפשר לדעת מה הן אמות המידה שעל פיהן נבחר חשב או סגן חשב למשרד זה או אחר. נמצא כי רק לאחר שהעובד התמנה לתפקיד האמור בדרך של "מינוי בפועל" אגף החשכ"ל ונציבות שירות המדינה (להלן - נש"מ) דנים בהליכים שיש לקיים בעניין כל אחד מהמינויים.
הגדרות תפקידיו וסמכויותיו של החשב במשרד הממשלתי אינן מרוכזות בפרק נפרד בהוראות תקנון כספים ומשק (להלן - התכ"ם), ולא נקבעה חלוקה ברורה של התפקידים והסמכויות של כל אחד מהמעורבים בתהליך האישור והביצוע של עסקאות ותשלומים מתקציב המדינה. מצב זה עלול להקשות על החשבים למלא כראוי את תפקידם.
אין פרסום רשמי, מרוכז ועדכני של בעלי ההרשאות וזכויות החתימה שהסמיך החשכ"ל על פי חוק נכסי המדינה בכל אחד ממשרדי הממשלה ויחידות הסמך ושל סכום ההתחייבות המרבי שהותר להם.
בבדיקה שעשה משרד מבקר המדינה בחשבות משרד החוץ נמצא כי לבעלי זכות חתימה בחשבונות הבנקים של נציגויות המשרד בחו"ל אין הרשאה מטעם החשכ"ל, כנדרש בחוק נכסי המדינה. לאגף הכספים במשרד החוץ וממילא גם לאגף החשכ"ל אין רשימה של כל בעלי זכות החתימה בנציגויות בחו"ל. עוד נמצא כי גופים שונים עושים ביקורות על הפעילות הכספית של הנציגויות אולם אין תיאום ביניהם בכל הנוגע להכנת תכנית עבודה שנתית לביקורת בנציגויות ולמעקב אחר תיקון הליקויים.
אין אחידות בכפיפות המינהלית של גזברים המכהנים ביחידות ממשלתיות: נמצא שעד סוף 2005 מקצת הגזברים הועסקו בתקן של אגף החשכ"ל, ורובם היו כפופים להנהלת היחידה הממשלתית שהם כיהנו בה. כפיפותם המינהלית של הגזברים להנהלת היחידה עלולה להעמידם במצב שבו יש סתירה בין הנחיות הממונה המקצועי לאלה של הממונה המינהלי וכתוצאה מכך לפגוע באי תלותם המקצועית.
בבתי החולים הממשלתיים מכהנים גזברים שכפופים להנהלות בתי החולים ומונחים מקצועית בידי החשכ"ל. נמצא שיש מחלוקת בין החשכ"ל לבין הנהלת משרד הבריאות ונש"מ בעניין זה. לדברי החשכ"ל מצב זה אינו מאפשר פיקוח ממשי ועקבי על ביצוע תקציב המדינה ואילו הנהלת משרד הבריאות טוענת שהאחריות והסמכות לפעילות הכספית של בית החולים נתונה בידי מנהל בית החולים ולפיכך אין מקום לשנות את המצב. עוד נמצא כי בשום בית חולים לא מונה מבקר פנימי על אף שהמחוקק הכיר בחיוניותם של המבקרים הפנימיים בשמירה על תקינות הפעילות הכספית.
בבדיקה שנעשתה בחשבות משק המים נמצאו ליקויים בהליך אישור החשבונות שהגישה מקורות חברת מים בע"מ (להלן - מקורות או החברה) בגין התמיכות במחירי המים. נמצא כי בשנים 2004-1993 לא נעשה גמר חשבון לשום שנה. עד סוף שנת 2001 שילמה הממשלה למקורות מקדמות על חשבון התמיכות, אך בשנים 2002
ו-2003 חדלה לשלם סכומים כלשהם. בשל עיכוב תשלומי התמיכה הפסיקה מקורות להעביר לממשלה תשלומים בגין פירעון חובותיה. למרות המחלוקות בין כל הגופים הנוגעים בדבר - נציבות המים, אגף החשכ"ל ומקורות - לא הוגדרו תחומי האחריות והסמכויות של כל אחד מהמעורבים בבדיקת החשבונות ואישורם ולא נקבע נוהל מוסכם בעניין זה.
מקורות משקיעה כסף רב בפיתוח מפעלי מים; בהסדרים עמה נקבעו הדרישות והתנאים לאישור הפרויקטים. מקורות והממשלה חלוקות בעניין השקעות בהיקף של מאות מיליוני ש"ח, בין היתר מפני שמקורות מימנה פרויקטים שנציבות המים ומשרד האוצר לא אישרו, או פרויקטים שאושרו אך עלויות ההקמה שלהם בפועל היו גדולות מהעלויות שאושרו. מחלוקת זו, שמתווספת למחלוקות שצוינו לעיל, מקשה עוד יותר על הממשלה לבדוק כראוי את החשבונות שמקורות מגישה לה.
מודול הכספים שנבנה במסגרת פרויקט המרכב"ה אינו חוסם הזנה של חשבוניות של ספק שלא נחתמו עמו הסכם או הזמנה, אף שזו דרישה יסודית של בקרה. נמצא כי יחידות שונות של משרד האוצר הזמינו טובין או שירותים מגורמי חוץ בלי הסכם או הזמנה שהחשב חתם עליהם. בשל כך עוכבו תשלומים לספקים לאחר שהטובין או השירותים כבר סופקו, ודבר זה אינו תקין.
בדוח על ביצוע התקציב, שמשרד האוצר מפרסם בכל שנה, חסר בין היתר המידע החיוני הזה: השוואה בין התקציב המקורי לתקציב המתוקן; פעילות שנעשתה ושנרשמה כנגדה התחייבות אך לא שולמה עד סוף שנת הכספים; התחייבויות בגין תקציב לא מנוצל; נתונים על הכנסות שטרם התקבלו; דיווח על כמויות שסופקו בפועל (כגון מספר מיטות אשפוז, שעות הוראה) לעומת הכמויות שנקבעו בתקציב המקורי, אם בכלל.