במסגרת תכנית מערכת הביטחון לפינוי מבנים ומתקנים בדרום מחנה רבין שבתל אביב, ולבינוי ואכלוס של מבני משרדים חדשים בצפון מחנה רבין, הוחל בשנת 2000 בהקמתם של שני מבנים (להלן - הפרויקט): מבנה משרדים של 16 קומות (להלן - מבנה א') החצוי לשני אגפים נפרדים, האחד עבור משרד הביטחון (להלן - המשרד) והשני עבור צה"ל, ומבנה ייעודי נפרד של שבע קומות לזרוע האוויר והחלל ולחיל המודיעין. הפרויקט כלל גם ביצוע עבודות פיתוח תשתיות של דרכי גישה, כניסות, כבישים פנימיים, חניות, הריסת מבנים והקמת גן בחזית מבנה א'. נכון לפברואר 2006, הסתכמה עלות הפרויקט בכ-680 מיליון ש"ח.
במהלך החודשים מאי 2005 - פברואר 2006 ערך משרד מבקר המדינה ביקורת על הניהול, הפיקוח והבקרה של הפרויקט בהיבטים שונים של התכנון, ההקמה והפיתוח של התשתיות כאמור לעיל, וכן על מיגון מבנה א'. הביקורת נערכה במשרד: במינהלת תכנית הקריה (להלן - מת"ק), באגף מבצעים לוגיסטיים ונכסים (להלן - אגף אמו"ן), באגף הבינוי ובאגף הממונה על הביטחון במערכת הביטחון (להלן - מלמ"ב); ובצה"ל: באגף התכנון ובמרכז בינוי שבאגף לוגיסטיקה, רפואה ומרכזים (להלן - מרכז בינוי). בדיקות השלמה נערכו באגף התקציבים שבמשרד, בחיל האוויר והחלל, בחיל הים, במפקדת מחנה מטכ"ל ובשירות הביטחון הכללי (להלן - שב"כ).
בביקורת נמצאו ליקויים בהיבטים שונים של הקמת הפרויקט, כלהלן:
א. על אף היקפו הניכר של הפרויקט, שחייב שינויים רבים בתכנית-האב של מחנה רבין, ועדת הקריה, המהווה את הרשות המוסמכת והבלעדית לקביעת מדיניות הבינוי בשטח המחנה, לא דנה בשינויים אלה ולא אישרה אותם.
ב. בניגוד לפקודת מטכ"ל ולהוראת ועדת הקריה, חלק מהבקשות להיתרי בנייה שהוגשו לאישור ועדות משנה לוועדת הקריה, לא נבחנו קודם לכן על ידי גורמי מרכז בינוי.
ג. במטרה לקצר את זמן הקמת הפרויקט, החליט מנכ"ל המשרד דאז, אלוף (מיל') עמוס ירון, לבצעו כשהתכנון והביצוע נעשים במקביל (FAST TRACK), בדומה לנעשה בפרויקטים גדולים בסקטור האזרחי (להלן - "תכנון מלווה ביצוע"). ככלל, לניהול פרויקט באופן זה יש לקבוע גוף אחוד, שאחראי הן לתכנון והן לביצוע. כן יש לקבוע כללים המסדירים את ניהולו ב"תכנון מלווה ביצוע". בביקורת עלה, כי בהוראות המשרד, בהוראות אגף הבינוי ובהוראת מת"ק לא נקבעו כללים המסדירים ניהול של פרויקטים באופן זה. גם המינהלת שהוקמה לא נתנה מענה מספק לצורך זה. בפועל, יחסי התיאום והשיתוף שבין גורמי אגף הבינוי לבין מת"ק לקו בחסר, בעיקר נוכח מחלוקות בנוגע לאופן מילוי תפקידם של כל אחד מהגופים בפרויקט; דבר שפגע בניהול הפרויקט.
ד. ניהול הפרויקט בהיבטי תקציב ולוח זמנים לקה בחסר. לא פותחו כלים מתאימים, שיאפשרו להשוות בין נתוני התקציב של כל פעילות לבין נתוני הביצוע של קבלנים כדי לקבל תמונת מצב עדכנית על ביצוע התקציב.
ה. המשרד התקשר במכרז עם קבלן משנה א' לביצוע עבודות חשמל ותשתיות תקשורת בהתבסס על "דרישות ראשוניות של צה"ל ומשהב"ט (המשרד) ועל הערכות המינהלת שהתבססו על פרויקטים קודמים". הדרישות הסופיות של צה"ל ושל המשרד גובשו באיחור והן היו שונות מהותית בהיבטים של כמות, מיקום וטכנולוגיה מהדרישות על פיהן נערך המכרז. מעבר לכך, לאחר פרסום המכרז ביצע צה"ל שינוי רב היקף בתחום התקשורת באחד המבנים. שינויים אלה חייבו שינויים רבים לרבות פירוק תשתיות שכבר הותקנו. יתרה מזו, שינויים אלה הגדילו את חוזה ההתקשרות עם הקבלן בכ-20 מיליון ש"ח (כ-43%) לסך של כ-66.5 מיליון ש"ח.
ו. בספטמבר 2003 התעוררו במת"ק ובאגף הבינוי חשדות, כי מפקח החשמל מטעם חברת הפיקוח, שאמור היה לקיים פיקוח צמוד על העבודות שביצע קבלן משנה א', אישר לאותו קבלן משנה תשלומי יתר. חשדות אלו אומתו, ומאוחר יותר התברר, כי היקפם של תשלומים אלה לקבלן משנה א' עמד על כ-5.6 מיליון ש"ח. מפקח החשמל פוטר מעבודתו והמשרד הקפיא תשלומים עתידיים לקבלן המשנה. בסיכום החקירה שערך מלמ"ב בנושא, צוין, כי מאחר שמדובר בצורך לחקור חשדות נגד עובדים בחברות פרטיות בעניין קבלת דבר במרמה, יש להעביר את המשך החקירה למשטרת ישראל. בדיון שערך מנכ"ל המשרד דאז, אלוף (מיל') עמוס ירון, באוגוסט 2004, הוא החליט שלא להעביר את הנושא לחקירת משטרת ישראל, וזאת מהסיבות הבאות: חשש שחקירה משטרתית תעכב את המשך הקמת הפרויקט; המפקח שהיה מעורב בפרשה פוטר; כספים עודפים ששולמו לקבלן המשנה קוזזו; והיעדר מעורבות של עובדי המשרד בפרשה. משרד מבקר המדינה העיר, כי החלטת המנכ"ל לקתה בחוסר סבירות, מאחר שלמעשה הועדף השיקול של קידום הפרויקט על פני האינטרס הציבורי שבחקר האמת ובמידת הצורך אף העמדה לדין של מי שעברו עבירות, על כל המשתמע מכך. בעקבות הביקורת, הודיע המשרד, כי הנושא יועבר לפרקליטות המדינה כדי שתקבע אם יש מקום להעביר את הנושא לחקירה פלילית.
ז. רק בסוף דצמבר 2004, לאחר שכבר החל שלב האכלוס של מבנה א', החליט סמנכ"ל וראש אגף אמו"ן, מר ויקטור בר גיל, להקים גן בחזית המבנה, בשטח שנועד בתכנית-האב ל"ריאה הירוקה", ובו תשתיות המאפשרות עריכת טקסי קבלת פנים ואירועים אחרים (להלן - הגן). הועלו ליקויים בתחומים שונים הנוגעים להקמת הגן, החל מההחלטה של סמנכ"ל וראש אגף אמו"ן על עצם הקמת הגן, תוך הרחבת פיתוח התשתיות, בעלות נוספת של כ-4.5 מיליון ש"ח, בלא שנעשתה בדיקה של הצדקת הצורך. זאת, שעה שלדברי מערכת הביטחון הייתה קיימת מצוקה בתקציב הביטחון בכלל ובפרויקט בפרט; עבור לאי-העברת הנושא לדיון ולהחלטה בוועדת ההיגוי של הפרויקט; וכלה בהגדרת צרכים ואפיון חדשים, שלא נכללו בתכנון המקורי אלא רק לאחר שכבר הוחל אכלוס מבנה א'. לכל אלה נוספה קביעה של סמנכ"ל וראש אגף אמו"ן, שעל הגן להיות מוכן לקראת טקס קבלת פנים של שר הביטחון המתקיים מדי שנה בשנה לרגל יום העצמאות שחל אז במאי 2005. בעקבות קביעה זו פעלו גורמים שונים תוך כדי חריגה מהמסגרת הנורמטיבית המחייבת, לרבות פנייה בדיעבד לקבלת אישור של הוועדה לבחירת מתכננים ושל הוועדה לפטור ממכרז שבאגף הבינוי בנוגע להעסקתם של מתכננים וקבלנים לאחר שאלה כבר עבדו בשטח. אף על פי שסיום הקמת הגן לא היה דחוף, נקבע לוח זמנים קצר, שהביא להוצאות נוספות של כ-240,000 ש"ח. כמו כן, ירדו לטמיון כ-700,000 ש"ח שהוצאו על שיפוץ צריפים, שנהרסו לצורך הרחבת הגן זמן קצר לאחר ששופצו.
ח. סוגיית מיגון מבנה א', שבו מוקמה לשכת שר הביטחון, התעוררה באופן מעשי רק במאי 2000, בשלב שבו הושלם למעשה התכנון, בעת שהיה צורך לקבל את אישור השב"כ לקומה שנקבעה ללשכת שר הביטחון. ביולי 2001, שעה שהחלה העבודה בפועל, ציין ראש מת"ק בפני סמנכ"ל וראש אגף אמו"ן, כי כדי ליישם את דרישות המיגון מטעם השב"כ בשלב ההוא של הפרויקט, היה צורך לתכנן את הבניין מחדש בעלויות שהיו מגיעות ל-40% תוספת לאומדן הקיים, ולדחיית הביצוע בשנה. על כן, הוחלט בתיאום ובאישור השב"כ, לבצע כמענה מאולץ רק את השינויים, שהיו בני-ביצוע באותה העת. ראוי היה, שסוגיית איום הייחוס בכלל, ובפרט בהיבטי המיגון הנובעים ממנה, תועלה ותסוכם עם השב"כ כבר בשלבים הראשונים של אפיון הפרויקט. מעבר לכך, מנכ"ל המשרד דאז, אלוף (מיל') עמוס ירון, לא אישר את דרישת מלמ"ב לביצוע שינויים מסוימים בלובי הבניין, שעלותם הוערכה בכמיליון ש"ח, על אף שלהערכת נציגי מלמ"ב הדבר דרוש מבחינה ביטחונית, ועל אף שבאותן השנים נמצאו מקורות תקציביים בהיקף גבוה להרחבתו של הגן.
לסיכום, פרויקט הקמתם של מבני המשרדים במחנה רבין היה מבין הגדולים והמורכבים שמערכת הביטחון בנתה בשנים האחרונות. מורכבות זו באה לידי ביטוי לא רק במערכות ובמתקנים עתירי טכנולוגיה שבמבנים, אלא גם בכך שהיה על מנהלי הפרויקט להתחשב בדרישות, בצרכים ובאופי הפעילות השונה של הגופים במשרד ובצה"ל, שלהם נועדו המבנים. כדי להתמודד עם המאפיינים המיוחדים של הפרויקט ובשונה מהנהוג בעבודות בינוי של המשרד, הוחלט לנהל אותו במתכונת דומה לזו שבפרויקטים גדולים בסקטור האזרחי. למרות זאת, כפי שעולה מדוח זה, המשרד לא התאים את הוראותיו ואת שיטות עבודתו לניהול פרויקטים באותה מתכונת. היעדר היערכות מתאימה פגם בניהול, בפיקוח ובבקרה של הפרויקט. לא נמצא שעד מועד סיום הביקורת מערכת הביטחון הפיקה לקחים מכך לטובת תכנונם וביצועם של פרויקטי בנייה רבי-היקף הקשורים למעבר צה"ל לנגב; ראוי שהדבר ייעשה בהקדם.