בשנת 1998 הסתכמו גירעונותיה הנצברים של המועצה המקומית בנימינה (להלן - המועצה) בתקציביה הרגילים והבלתי רגילים ביותר מ-25 מיליון ש"ח. הגירעונות הכספיים הכבידו על פעילותה השוטפת ועל מתן שירותים מוניציפליים מסודרים. מצבה הכספי של המועצה בא לידי ביטוי גם בהיקף הגדול של עומס המלוות - שהסתכמו ביותר מ-18 מיליון ש"ח והיו כ-80% מסך ההכנסות בתקציב הרגיל באותה שנה - ושל ההתחייבויות השוטפות, שהגיעו לכ-18.4 מיליון ש"ח.
נוכח מצבה הכספי הקשה גיבשו המועצה ומשרד הפנים בשנת 1999 תכנית הבראה, שנועדה להביא לאיזון בתקציבה הרגיל של המועצה החל בשנת 2000. במסגרת התכנית התחייבה המועצה, בין היתר, להגדיל את הכנסותיה העצמיות מגביית מסים, היטלים ואגרות (להלן - הכנסות עצמיות) ולהקטין את הוצאותיה ואת מספר עובדיה. משרד הפנים התחייב לסייע למועצה בכיסוי גירעונה, בכפוף לביצוע חלקה בתכנית ההבראה.
בשנת 1999 נתן משרד הפנים למועצה מענק בסך 2.105 מיליון ש"ח לכיסוי הגירעון בתקציב השוטף ואישר לה לקחת הלוואות מבנקים בסך 2.25 מיליון ש"ח; כן הועברו מקרנות המועצה כ-2.6 מיליון ש"ח לכיסוי הגירעון וכ-3.9 מיליון ש"ח לתקציב הרגיל. כתוצאה מכך נוצר בסוף שנת 1999 איזון בתקציבה השוטף של המועצה. הועלה, כי המועצה לא עמדה ברוב היעדים שנקבעו בתכנית ההבראה, וכי במשך השנים לא השתפר מצבה הכספי: המועצה חרגה מההוצאות בתקציבים שאושרו ע"י משרד הפנים ולא העמיקה את גביית הארנונה ואגרות המים והביוב על ידי נקיטת כל האמצעים העומדים לרשותה לאכיפת תשלום החובות. המועצה גם לא הפחיתה את כל המשרות שיועדו לקיצוץ ממצבת כח האדם שלה, והוצאותיה בגין שכר ותשלומים נלווים לשכר גדלו. גם עבודות הטיאוט והגינון שהועברו לחברות נותנות שירות כדי להביא להתייעלות ולהקטנת הוצאות תפעול, לא הביאה לצמצום הוצאותיה בתחומים אלו. בסוף שנת 2002 הסתכם גירעונה הנצבר של המועצה בתקציב הרגיל בכ-14.4 מיליון ש"ח - 46% מהתקציב הרגיל באותה שנה, שהסתכם בכ-31.6 מיליון ש"ח; הגירעון בתקציב הבלתי רגיל הסתכם בכ-7.6 מיליון ש"ח; עומס המלוות וההתחייבויות השוטפות הסתכם בכ-40 מיליון ש"ח.
בחודשים יולי-ספטמבר 2003 קיימה המועצה עם נציגי משרד הפנים דיונים בתכנית הבראה חדשה לשנים 2003-2005, שכללה קיצוץ בפעולות, הגדלת ההכנסות העצמיות, ביטול משרות וקיצוץ בהוצאות השכר. הועלה כי משרד הפנים ביטל את תכנית ההבראה מיד לאחר שסוכם עליה, בנימוק שנוכח האיחוד הצפוי עם המועצה המקומית גבעת עדה, אין טעם לקבוע לה תכנית הבראה נפרדת.
בשנת 2003 לא השתפר מצבה הכספי של המועצה, וגירעונה הנצבר בתקציב הרגיל גדל והגיע לכ-15.8 מיליון ש"ח, שהיו כ-50% מהתקציב הרגיל באותה שנה. הגירעון הנצבר בתקציב הבלתי רגיל הגיע לכ-15.1 מיליון ש"ח, מזה 7.6 מיליון ש"ח לשנת 2003, שהם כ-42% מסך התקבולים הבלתי רגילים באותה שנה. עומס המלוות וההתחייבויות השוטפות הסתכם בכ-49.6 מיליון ש"ח.
לפי חוק התכנית להבראת כלכלת ישראל (תיקוני חקיקה להשגת יעדי התקציב והמדיניות הכלכלית לשנות הכספים 2003 ו-2004) (מס' 2), אוחדה באוקטובר 2003 המועצה המקומית בנימינה עם המועצה המקומית גבעת עדה.
המועצה המאוחדת קיימה בתחילת שנת 2004 דיונים עם נציגי משרד הפנים על הסדר הבראה חדש במטרה להגיע לאיזון בתקציב השוטף בשנת 2005 ואילך. ביוני 2004 אושר ההסדר במועצת הרשות המאוחדת ובמשרד הפנים. במועד סיום הביקורת נמצא, כי המועצה המאוחדת החלה ביישום הסדר ההבראה.