חברת הגיחון, מפעלי מים וביוב ירושלים בע"מ (להלן - הגיחון או החברה) הוקמה בידי עיריית ירושלים (להלן - העירייה), כתאגיד עצמאי הפועל על פי עקרונות עסקיים, שמטרתו לספק שירותי מים לתושבי ירושלים וסביבותיה ולטפל במערכת המים, הביוב והניקוז.
בדצמבר 1996 העבירה העירייה לגיחון את כל הנכסים ששימשו את משק המים העירוני ואשר נוהלו עד כה בידי מחלקה עירונית. בכך החל תהליך ההעברה של אספקת שירותי המים, הביוב והניקוז מהעירייה לגיחון.
ביוני 2003 הוענק לגיחון רישיון להפעלת תאגיד לפי חוק תאגידי מים וביוב, התשס"א-2001 (להלן - חוק תאגידי מים וביוב). חוק זה מטיל על התאגיד אחריות מלאה למתן שירותי מים וביוב ברמה שנקבעה בתנאי הרישיון.
נמצאו ליקויים בניהול החברה: ישיבות הדירקטוריון לא התקיימו בתדירות הנדרשת על פי התקנון, ממרס 2003 עד יוני 2004 לא התכנס הדירקטוריון כלל. לא הייתה הקפדה על השתתפותם של כל חברי הדירקטוריון בישיבות הדירקטוריון. רק ביולי 2004 - יותר משנה לאחר החלת חוק תאגידי מים וביוב על הגיחון - נבחר דירקטוריון כמתחייב על פי חוק תאגידי מים וביוב. לא הייתה הקפדה על נוכחות כל חברי ועדת המכרזים בישיבותיה. ועדת הביקורת קיימה את ישיבותיה לעתים רחוקות, ומאפריל 2002 לא התכנסה.
מדצמבר 2002 עד יולי 2004 פעלה הגיחון ללא מנכ"ל. ביולי 2004 בחר הדירקטוריון מנכ"ל לחברה (מינויו טרם אושר בידי הוועדה לבדיקת מינויים שהוקמה לפי סעיף 18ב לחוק החברות הממשלתיות, התשל"ה-1975). נמצאו פגמים בהליך בחירתו. פעולותיה של החברה נוהלו יותר משנה וחצי בידי ממלא מקום יו"ר הדירקטוריון, שתפקד כממלא מקום המנכ"ל, ובכך נפגעה ההפרדה וחלוקת הסמכויות הראויה בין התפקידים הללו.
על פי דרישת העירייה ביצעה הגיחון עבודות תשתית שונות, כגון הקמת מדרכות והתקנת תאורה, החורגות מהנדרש כדי להשיב את תשתיות הדרכים למצבן התקין לאחר ביצוע עבודות בתחומי המים והביוב. עקב כך נגרמו לגיחון הוצאות לא מבוטלות שלא לצורך מילוי תפקידיה, בניגוד להחלטת הממשלה מס' 151, הקובעת שההכנסות ממתן שירותי אספקת מים וביוב ייועדו להשקעות במערכות המים והביוב.
למרות היערכות הגיחון ואגף התברואה בעירייה לחיוב האגף על פי מדידה של צריכת המים של רכבי הטיאוט והמים המשמשים לניקיון באזורים שונים, חייבה הגיחון את האגף ללא מדידה אלא על פי הערכה. גם לאחר שהותקנו מדי מים ברכבי הטיאוט, מילאו עובדים של אגף התברואה רכבי טיאוט במים ישירות מברזי כיבוי שלא דרך מדי מים.
בתעריפי אגרות התיעול לא הובאו בחשבון ההשקעות הנדרשות בתיעול-העל - שנועד לנקז מי גשמים שנאספו על ידי צינורות משניים המנקזים כבישים או אזורים בנויים - ולכן אין להן מקור מימון. בפועל תיעול-העל ממומן ממקורות כספיים שנועדו לתחומי פעילות אחרים. מיום הקמת הגיחון ב-1996 עד דצמבר 2003 הושקעו בתיעול-על כ-90 מיליוני ש"ח.
ביוני 2003 החלה הגיחון לגבות מהצרכנים מקדמות על חשבון צריכת מים שטרם נקראה, והיא מוסיפה לעשות זאת, למרות התנגדותו של משרד הפנים ובניגוד להנחייתה של הרשות לשירותים ציבוריים - מים וביוב.
במאי 2004 - מועד העברת מערך הגבייה מהעירייה לגיחון - היו סך כל החובות המצטברים של צרכני המים והביוב כ-163 מיליון ש"ח, יתרות הזכות המשוערכות בחשבונות לא פעילים היו באותו מועד על כ-29 מיליון ש"ח.
צרכנים שהתחברו באופן לא חוקי לרשת המים, ורבים מהם אף לא שילמו את חשבונות המים, לא נותקו מהרשת. לצרכנים אלה נשלחו חשבונות מים על פי הערכות במשך תקופות ארוכות שהגיעו עד לשש שנים.
בדוחות הכספיים של הגיחון אין ביטוי מלא למצבת הרכוש הקבוע שלה: במשך שמונה שנים כמעט לא עודכנו הרישומים בדבר הרכוש הקבוע, והרישומים בדוחות אינם משקפים את כל המידע בדבר השקעות החברה בתשתיות חדשות ואת התחייבויותיה להקמתן בהיקף של מאות מיליוני ש"ח. כמו כן הגיחון לא עדכנה בחלק מדוחותיה הכספיים את התחייבותה לתשלום פנסיה לעובדיה המושאלים מהעירייה. משנת 1996 אין בדוחות הכספיים של העירייה ושל הגיחון מידע על חובות הצרכנים בשל אגרות מים וביוב.