לרוב היישובים החקלאיים בישראל נקבעו מכסות מים בידי נציב המים. מכסות המים הן הבסיס לחישוב הקצאות המים מדי שנה (בהתאם לקיצוצים המתחייבים ממצוקת המים) ולחישוב המחיר שמשלמים החקלאים עבור המים שהם צורכים. ליישובי המועצה האזורית (להלן - מ"א) מעלה יוסף לא נקבעו מכסות מים מאז הקמתם, אלא הוקצו להם מים מדי שנה בהתאם לצרכים.
בשנת 2002 החליט משרד החקלאות ופיתוח הכפר (להלן - משרד החקלאות) להמליץ לנציב המים לקבוע לראשונה מכסות מים במועצה האזורית מעלה יוסף. המשרד המליץ על קביעת מכסות מים של כ-14.8 מיליון מ"ק (להלן - מלמ"ק) לשנה בסך הכל לשימוש חקלאי ליישובי המועצה.
בדיקת משרד מבקר המדינה העלתה, שחישוב המכסות היה שגוי ומנוגד לקריטריונים התקפים: בחישוב המכסות נלקחו בחשבון שטחי מרעה שאינם מושקים, ותוצאת החישוב לא הוכפלה במקדם של 70%, כפי שמורה החלטה של המשרד משנת 1971. בחישוב המכסות לא נשמר אפוא עקרון השוויון שהמשרד מחויב בו. אילו היו קובעים את המכסות על פי הכללים, המכסה ליישובי מ"א מעלה יוסף הייתה מסתכמת בכ-8.1 מלמ"ק.
נציב המים אישר את המלצת משרד החקלאות וקבע את המכסה כמומלץ על אף התנגדותה של מנהלת האגף לניהול הצריכה בנציבות המים ובלי שנימק את החלטתו.
בקביעת המכסה השגויה ליישובי מ"א מעלה יוסף גלומה הטבה כספית בכוח בסך של כ-1.76 מיליון ש"ח לשנה. קביעת המכסה גם הביאה לכך שההקצאה שנקבעה להם בשנת 2002, בהתאם לכללי הקיצוץ בכל הארץ, הייתה 8.8 מלמ"ק במקום 5.4 מלמ"ק.
ח"כ שלום שמחון, שכיהן כשר החקלאות בעת קבלת ההחלטה התגורר באחד ממושבי המועצה האזורית מעלה יוסף במעמד של בן ממשיך בנחלת אמו, וקרובי משפחה נוספים שלו הם בעלי נחלות במושב. בנסיבות אלה היה על השר, ולו מפאת מראית עין, להדיר עצמו מכל מעורבות בקבלת ההחלטה.