החברה למתנ"סים (להלן - החברה) היא חברה ממשלתית ששר החינוך אחראי לפעילותה. היא הוקמה ב-1969 כדי לשמש זרוע של הממשלה לביצוע מטלות בנושאי חברה, תרבות וספורט. החברה אינה בעלים של מתנ"סים; היא נותנת לחלק מהמתנ"סים הפועלים ברחבי המדינה שירותי מטה, תמיכה והדרכה מקצועית. כמו כן היא משלמת את שכרו של מנהל המתנ"ס ומסייעת למתנ"סים בייזום פרוייקטים ובהפעלתם, בגיוס משאבים ובהעברת כספים ממשרדי ממשלה ומאחרים.
בתקופת הביקורת יותר מ-80 רשויות מקומיות היו מעוניינות להתקשר עם החברה כדי לפתוח מתנ"סים או כדי להיעזר בשירותיה בהפעלת מתנ"ס קיים, אך היא לא נענתה כמעט לבקשותיהן. המתנ"סים שבקשותיהם נדחו הופלו לרעה, היות שנמנעו מהם הטבות הנובעות משיתוף פעולה עם גוף ממלכתי מקצועי רב עוצמה, כולל הטבות כספיות כמו מימון עלות השכר של מנהל המתנ"ס.
משרד החינוך מתקשר עם החברה בעיקר לצורך רכישת השירותים שהיא מספקת למתנ"סים. בשנים 2000-2001 התקשר המשרד עם החברה בסכום של כ-170 מיליון ש"ח בכל שנה. התקשרות זו נעשתה ללא מכרז, מכוח פטור מחובת מכרז שקיבל המשרד. התברר כי בשנים אלה פעלה החברה תקופות ארוכות ללא הסכם עם המשרד, כיוון שהליכי ההתקשרות בוצעו באיחור: ועדת הרכישות של המשרד אישרה את ההתקשרות באיחור, ופנייה לחשב הכללי במשרד האוצר (להלן - החשכ"ל) כדי לקבל פטור ממכרז נעשתה רק באמצע כל שנה.
המשרד לקליטת העלייה (להלן - משרד הקליטה) קיים ב-2001 פעילויות קליטה חברתית בקרית גת, בקרית מלאכי ובמלון דיפלומט בירושלים באמצעות המתנ"סים המקומיים. משרד החינוך הפעיל במתנ"סים פרוייקטים של חינוך מבוגרים. שני המשרדים לא חתמו על הסכמים עם כל אחד ואחד מהמתנ"סים שבהן התקיימה הפעילות אלא עם החברה, אף כי כל מתנ"ס הוא אישיות משפטית עצמאית.
משרד החינוך ומשרד הקליטה ביקשו וקיבלו מהחשכ"ל פטור ממכרז להתקשרויות עם החברה לצורך הפעילויות האמורות. הבקשות לקבלת הפטור הוגשו בשנים 2000-2002 חודשים מספר לאחר תחילת כל שנה, בשעה שהפעילויות שבגינן הוגשו כבר היו בעיצומן. החשכ"ל אשר אמור להיות גורם פיקוח ובקרה, אישר את הפטור בדיעבד, ובכך לא מילא כראוי את תפקידו.
החברה למתנ"סים חילקה בשנים 2000 ו-2001 "הקצבות לא מיועדות" לכל מתנ"ס, שהסתכמו בכ-11 מיליון ש"ח בכל שנה. מקור המימון היה הכסף שמשרד החינוך שילם לה בעבור ההתקשרות עמה. ההקצבות היו תמיכה לכל דבר, אך חולקו שלא בהתאם לחוק יסודות התקציב, התשמ"ה-1985. לכן נדרשה החברה לבטל סעיף הקצבות זה. החברה אכן ביטלה את הסעיף בשנת 2002, אך השתמשה בסעיפים תקציביים אחרים כדי להעביר לכל מתנ"ס את הסכום שהקציבה לו בשנים קודמות; בכך עקפה החברה את חוק יסודות התקציב.