דרכים חקלאיות-ביטחוניות הן דרכים שנמצאות בשטח השיפוט של מועצות אזוריות הסמוכות לגבולות המדינה. בשנות השישים והשבעים רובדו דרכים אלה מסיבות ביטחוניות ובמשך השנים נהרסו חלק מהן בהיעדר תחזוקה נאותה. בשנת 1993 החלו היחידה להתיישבות שבמשרד הביטחון, מע"ץ, קק"ל, משרד החקלאות וחלק מהמועצות האזוריות, בפרויקט לשיקומן, פרויקט שעדיין נמשך.
לפי נתוני מע"ץ, בשנת 1993 היה אורך הדרכים החקלאיות-ביטחוניות כ-930 ק"מ. היעדר תחזוקה נאותה של דרכים אלה דרדר את מצבן. הועלה כי פריצת דרכים חקלאיות-ביטחוניות וריבודן של דרכים קיימות באספלט נעשו ללא תכנון הנדסי נאות, ללא תיאום עם משרד התחבורה וללא הליכי רישוי.
במסמכים לא נמצא שמע"ץ הגדירה את המהות וההיקף של העבודות ופיקחה על איכות עבודות הסלילה. היחידה להתיישבות אפשרה לקק"ל לקבוע בעצמה את מפרטי הסלילה, את היקפי העבודות ואת אומדני התקציבים הדרושים וגם לבצע את הפרויקט, ובכך יצרה מצב לא תקין.
לדעת משרד מבקר המדינה, על משרדי הממשלה המעורבים בפרויקט רב-שנתי של סלילת הדרכים החקלאיות-ביטחוניות ושיקומן, לעשות עבודת מטה סדורה שבמסגרתה ייקבעו אמות מידה שלפיהן ייכללו דרכים בפרויקט, ייעשה תכנון הנדסי לסלילתן, לתחזוקתן ולשיקומן וכן ייקבעו מקורות התקציב. יש להקפיד על ביצוע הוראות הדין וכי בפרויקט ייכללו רק דרכים המתאימות להגדרה של דרכים חקלאיות-ביטחוניות.