ריכוז ממצאים
פקיד שומה רשאי לאשר את השומה העצמית של נישום לפי הדוח השנתי על הכנסותיו - ואם יש לו טעמים סבירים להניח שהיא אינה נכונה -לקבוע לו שומה "על פי מיטב שפיטתו". אם הנישום משיג על השומה שנערכה לו, רשאי פקיד השומה להגיע אתו לידי הסכם בדבר סכום השומה או לערוך לו שומה בצו, ללא הסכמתו. משרד מבקר המדינה בדק 205 שומות שנערכו לנישומים עצמאיים על פי מיטב שפיטה ותוקנו לאחר מכן בהסכמת הנישומים, והעלה את הממצאים האלה:
תוספת ההכנסה הממוצעת שנקבעה לנישומים בשומות שנערכו על פי מיטב שפיטה היתה כפליים ויותר מההכנסה שדיווחו עליה. %95 מן השומות לפי מיטב שפיטה, הסתיימו בהסכם בין פקיד השומה לנישום, לאחר השגת הנישום, ותוספת ההכנסה הממוצעת בשומות שנקבעו בהסכם היתה כרבע מן ההכנסה המדווחת.
לפי הנחיות נציבות מס הכנסה ומס רכוש (להלן - הנציבות) על פקידי השומה להביא בחשבון נתונים רבים כדי לערוך את השומות. אולם שיטת שכר העידוד לעריכת שומות הנהוגה באגף מס הכנסה ומס רכוש יש בה תמריץ שלילי לבדוק את הנתונים הנדרשים. פקידי שומה ערכו שומות רבות לאחר שבדקו רק אחד - או כמה - מהנתונים הנדרשים, בלי לנמק מדוע.
פקידי שומה ערכו שומות בלי לבדוק את פנקסי החשבונות של הנישומים; ופעמים רבות הם לא רשמו את הנימוקים לעריכת השומה, או רשמו נימוקים לא ענייניים. על אף זאת, אישרו ממונים את השומות.
על פי הוראות הנציבות, חישוב הכנסותיו של נישום צריך להתבסס בעיקר על דוחותיו ופנקסי החשבונות שלו, והשוואת הצהרות הון נועדה לשמש רק כלי עזר לבדיקת אמינותו של הדוח. למרות זאת ערכו פקידי השומה רבות מהשומות על פי השוואת הצהרות הון בלבד.
בהסכמים רבים בדבר שומות לשנות מס אחדות נעשתה פשרה לא עניינית: כל תוספת ההכנסה המוסכמת יוחסה לשנת מס אחת, לרוב לאחרונה שבהן, ואילו לשנות המס האחרות אושרו הדוחות. עקב כך קוצרה התקופה שבעבורה חויב הנישום בריבית ובהפרשי הצמדה על מס ששולם באיחור.
בהסכמים רבים נקבעה גם תוספת למחזור העסקאות המדווח למע"מ, אולם סכום התוספת היה קטן מסכום תוספת ההכנסה החייבת במס הכנסה שעליה הוסכם, ולא ניתן הסבר להפרש בין הסכומים.
הנתונים המלאים מובאים בקובץ המצורף מעלה