מאז דצמבר 1982 מנוהלת אל על על ידי הכונס הרשמי, אשר מונה למפרק זמני של החברה על פי צו בית המשפט. מצב זה התהווה בעקבות משברים ממושכים שפקדו את החברה על רקע של החרפת התחרות בנתיב הצפון-אטלנטי והתרת טיסות שכר לישראל וממנה, אך בעיקר בשל התערערות יחסי העבודה בחברה ופגמים בניהולה.
ההנהלה, שהחלה לפעול בסוף 1982, נקטה צעדי התייעלות: שונו סדרי העבודה, צומצמה מצבת כוח האדם בחברה בכ-1,000 עובדים, נפתחו קווי טיסה חדשים, הורחבה ההובלה של מטענים והוגבר הניצול של ציוד הטיסה. צי המטוסים של החברה עבר תהליך של חידוש, שנעשה בתחילה בסיוע הממשלה. בשלב מאוחר יותר, עם השיפור במצבה, רכשה החברה עוד כמה מטוסים חדישים. בעקבות ההתייעלות וחידוש הצי הצליחה החברה, מאז 1986, לפעול תוך השגת רווחים וצמצום הדרגתי של ההפסד שנצבר בשנים קודמות.
במהלך הביקורת בחברה הועלו ליקויים בכמה תחומי פעולה. אחדים מהם גרמו לחברה הפסדים בסכומים גדולים, כמו ההתקשרות בדבר ניהול מלון בארץ ועסקת קיבוע ריבית בהיקף כספי גדול בהרבה מזה שהוחלט עליו. ליקויים אחרים הצביעו על הצורך לשפר את סדרי הבקרה בחברה, בעיקר בתחום הקשרים עם סוכני נסיעות וגביית חובות מהם. ממצאי הביקורת הצביעו גם על הצורך לשכלל את המעקב אחר המידע המגיע להנהלת החברה לשם שיפור רמת השירות לנוסע.
על סדר עומדת סוגיית מעמדה של החברה בעתיד: הסרת מצב הפירוק וצעדים לקראת תהליך ההפרטה.
המצב שבו המפרק הזמני תופס את מקומו של הדירקטוריון יצר מסגרת ניהול נוחה להנהלת החברה. אולם הוא נובע מהעדרם של כלים משפטיים המתאימים לשיקום חברה שנקלעה לקשיים כאשר רבים סיכוייה להבראה, על ידי ניהול נכון וארגון מחדש. הסדר כזה יכול להחזיק מעמד זמן רב כאשר יש אינטרס משותף של כל הנוגעים בדבר להותיר על כנו את מינוי המפרק הזמני, אולם ניהול חברה פעילה תקופה של כעשר שנים על ידי מפרק זמני, הממלא את מכלול תפקידי הדירקטוריון, איננו מצב טבעי.
בספטמבר 1989 סיכמו שרי התחבורה והאוצר, עקרונית, שיש לכלול את חברת אל-על בין החברות הממשלתיות שיופרטו, אולם מאז לא התקבלה החלטה בעניין זה בוועדת השרים המוסכמת.
לדעת מבקר המדינה, עניין ההפרטה של חברת אל על מעורר שאלות עקרוניות ומעשיות כבדות משקל החייבות לעמוד לנגד עיניהם של המחליטים בדבר. אשר לדרך ניהול החברה, אם תתקבל החלטה על הפרטה, לית מאן דפלינג שיהיה צורך לשים קץ לניהולה על ידי הכונס הרשמי. אולם גם אם לא יוחלט על הפרטה, יהא על הממשלה לשקול שמא תהליך שיקום החברה על ידי הכונס הרשמי כבר מוצה, ולבדוק באיזו מידה העדרו של דירקטוריון, הנושא באחריות לניהול החברה ולפעולותיה, פוגע בפיקוח ובבקרה על תיפקוד החברה. עם זאת, יש לחתור לכך שכל שינוי במתכונת הניהול הקיימת, אם יהיה כזה, ייעשה תוך שמירה על ההישגים בתחום הרווחיות ויחסי העבודה ובמגמה להוסיף לשפרם.
מבקר המדינה
ירושלים אייר התשנ"ג
אפריל 1993