אחד ההיבטים העיקריים של פעילות מערכת החינוך במלחמת חרבות ברזל הוא מתן מענה חינוכי ומסגרות חינוך לתושבים שעזבו את ביתם בשל הלחימה. למערכת החינוך תפקיד מהותי ביותר במגוון היבטים הקשורים בחיי התלמידים המפונים ובני משפחותיהם: יצירת מסגרת ושגרה עבור הילדים ובני משפחותיהם; שמירה על רצף חינוכי ולימודי; בניית חוסן אישי, חברתי וקהילתי; תמיכה בהמשכיות הקהילות ובשיקומן; הגברת חוויית הביטחון, המוגנות והיציבות של התלמידים והצוות החינוכי; ומתן אפשרות להורים לשוב לעבודתם או להתפנות לעיסוקים נדרשים אחרים.
הממצאים מלמדים כי מערכת החינוך לא הייתה ערוכה להתמודדות עם האתגר החינוכי הכרוך בפינוי עשרות אלפי תלמידים ובקליטתם בעשרות רשויות מקומיות ברחבי הארץ. משרד החינוך נכנס לתמונה באופן מלא, הפיץ הנחיות והקים מסגרות רק החל בחודש נובמבר 2023. השתהות משרד החינוך, היעדרו של גורם מתכלל ברמה הלאומית, היעדר הנחיות ברורות של משרד החינוך וממשקים לא מוסדרים בין הרשויות המפונות לקולטות, מחסור בכוח אדם וציוד טכנולוגי - כל אלה הביאו לכך שהמענה החינוכי שקיבלו התלמידים לקה בחסר ואף הכבידו את הנטל על הרשויות הקולטות והמפונות.
בשלושת השבועות הראשונים למלחמה - המלונות, הרשויות הקולטות והחברה האזרחית הם שהעניקו מסגרות חינוך לילדי המפונים, ואילו מעורבות משרד החינוך הייתה נמוכה, למעט באילת, בטבריה ובמועצה האזורית תמר, שבהן הייתה מעורבותו רבה יותר. הרשויות המפונות היו מעורבות במתן המענה החינוכי הראשוני בהתאם ליכולתן, אולם פתיחת המסגרות הייתה דיפרנציאלית והדרגתית, ולא כל היישובים קיבלו מענה באותו מועד. משרד החינוך לא הגדיר לרשויות הקולטות את תפקידן במתן מענה חינוכי למפונים, ולא הסדיר את הממשקים בינן ובין הרשויות המפונות. בעקבות זאת היה המענה החינוכי שקיבלו התלמידים בשלב הראשון תלוי במידה רבה ביכולותיה ובנכונותה של הרשות הקולטת. גם לאחר שמשרד החינוך נכנס לתמונה והחל לעבוד בשיתוף הרשויות הקולטות ליצירת מסגרות חינוך לתלמידים, נתקלו הרשויות לא אחת בקשיים בירוקרטיים ובסחבת, למשל בנוגע לתקציבים לתלמידים, להעמדת מבנים, להקצאת שעות לימוד, למימוש זכאויות התלמידים המפונים ששולבו בבתי הספר שלהן ולגיוס כוח אדם. אלו הקשו עליהן לתת מענה מיטבי לתלמידים המפונים.
הרשויות המפונות מהדרום - עיריית שדרות והמועצות האזוריות אשכול וחוף אשקלון; ומהצפון - עיריית קריית שמונה, המועצות המקומיות מטולה ושלומי והמועצות האזוריות הגליל העליון, מבואות החרמון, מטה אשר, מעלה יוסף ומרום הגליל - פעלו למתן שירותי חינוך לתושביהן המפונים, ובין היתר פתחו מסגרות חינוך וסיפקו צוותי חינוך למסגרות, בשיתוף הרשויות הקולטות, משרד החינוך וארגוני מתנדבים. סוג המענה ומשך הזמן שעבר עד פתיחת מסגרת חינוך לתלמידים השתנו בהתאם ליכולותיה של הרשות המפונה. עיריית קריית שמונה, למשל, החלה במתן מענה חינוכי רק לאחר כחודשיים (לתלמידיה שפונו לעיר טבריה). הרשויות המפונות התמודדו עם קשיים רבים בהענקת שירותי החינוך, ובהם פיזור האוכלוסייה, קושי בגיוס כוח אדם ועובדי הוראה, מחסור במתקנים ובחללים מתאימים לקיום מסגרות חינוך, קושי בהפעלת הסעות, מחסור בנתונים לגבי הענקת שירותי חינוך על ידי הרשויות הקולטות, ונוכחות חסרה של התלמידים במסגרות הלימוד שהוקמו.
למשרד החינוך לא היה מידע מלא ואמין על כלל התלמידים המפונים, על מקום שהותם ואם הם היו משובצים במסגרת חינוך. נכון ל-31.12.23 - בחלוף כשלושה חודשים מפרוץ המלחמה - עדיין לא היה לו מידע על מיקומם של כ-16% מהתלמידים המפונים. בהיעדר מידע מלא בידי משרד החינוך או בידי הרשויות המקומיות הקולטות והמפונות כאחד על כלל התלמידים שפונו, עולה חשש חמור כי מספר ניכר של תלמידים מפונים נשרו בתקופת הפינוי מהמערכת החינוכית או לא למדו באופן סדיר. היעדר ביקור סדיר בתקופת הפינוי עלול לפגוע בהמשך לימודיהם במסגרות החינוך, גם לאחר שובם לבתיהם.
על משרד החינוך לפעול להעמיד לרשות הרשויות הקולטות את המשאבים הנדרשים בשעת חירום מבחינת מבנים, ציוד, כוח אדם ותקציב, כדי שאלו יוכלו לשלב את התלמידים המפונים במערכת החינוך הקיימת. מומלץ כי משרד החינוך יקבע דרכי פעולה שיבטיחו את הגמישות הנדרשת בשעת חירום ויסירו חסמים בירוקרטיים, כדי להקל ככל האפשר על ציבור המפונים ועל הרשויות הקולטות ולאפשר להן לתת לתלמידים את המענים הנדרשים באופן מיטבי. על משרד החינוך לפעול בשעת חירום למיפוי הקשיים והחסרים בבתי הספר הייעודיים, לאתר מבנים מתאימים ובטיחותיים, להסיר חסמים בירוקרטיים, להעמיד כוח אדם ייעודי הולם, לשלב תוכניות העשרה בצד תגבור לימודי, כדי למנוע פיגור בתוכניות הלימודים ופערי ידע, ולקיים מסגרת רציפה ששומרת על החוסן ומאפשרת רציפות תעסוקתית להורים ומניעת נשירה של התלמידים; כל זאת כדי להבטיח מענה חינוכי הולם ומותאם לצורכי התלמידים.
על הרשויות המפונות - אלו בצפון ואלו בדרום שחלק מתלמידיהן שבו לביתם רק בשנת הלימודים התשפ"ו - לפעול כדי להבטיח את שילובם של כל התלמידים במסגרת חינוך מתאימה, למפות את הפערים שנוצרו בשנות הלימודים התשפ"ד והתשפ"ה, ולפעול למתן מענה חינוכי מלא ככל האפשר.
על משרד החינוך למפות את נוכחותם והשתתפותם של התלמידים שפונו מבתיהם במסגרות החינוך, ולנתח את הטעמים לנשירת התלמידים. עוד עליו לבחון כיצד להתאים את המענים בשעת חירום לצורכיהם של התלמידים המפונים, ולמצוא דרכים להגדיל את נוכחותם של תלמידי חטיבת הביניים והתיכון המפונים עם חזרתם לבתיהם, להגביר את המעקב אחר נוכחותם, ולטפל בילדים שאינם פוקדים את מסגרות הלימוד ולתת להם מענה, כך שלנוכחותם במסגרות יהיה ערך של ממש עבור שיקומם וחוסנם. על המשרד לסייע לרשויות המפונות לאייש את תקני הקב"סים ברשות המקומית.