הממשלה רשאית, באישור הכנסת, לשנות את אופן חלוקת התפקידים בין השרים, למעט תפקיד ראש הממשלה; להעביר סמכות הנתונה על פי חוק לשר אחד, או חובה המוטלת עליו על פי חוק, כולה או מקצתה, לשר אחר; לאחד משרדים, לחלקם, לבטלם ולהקים משרדים חדשים. כמו כן הממשלה רשאית להעביר שטחי פעולה ממשרד למשרד. למבנה הארגוני המיטבי של הממשלה, ובכלל זה לחלוקת הסמכויות ותחומי הפעולה בין משרדי הממשלה, יש השפעה רבה על יכולתה של הרשות המבצעת לפעול באופן מקצועי, יעיל ואפקטיבי.
הביקורת העלתה שלושה מאפיינים של הממשל הישראלי: האחד, תכיפות רבה של כינון ממשלות - כחלק מהמארג הדמוקרטי של מדינת ישראל (שאינו מבוקר בדוח זה); השני, ריבוי משרדי ממשלה, לרבות משרדי ממשלה ייחודיים לישראל יחסית למדינות אחרות; והשלישי, שהוא תוצאה של המאפיינים הקודמים - פיצול שטחי פעולה בין משרדים שונים. מאפיינים אלו גובים "מחיר תפקודי" של פגיעה באפקטיביות של פעילות הממשלה ובשירות שהיא מעניקה לציבור, וכן מחיר כלכלי, המגיע לכדי מאות מיליוני ש"ח בשנה, לכל הפחות.
כפועל יוצא מריבוי משרדי ממשלה, ועל רקע תכיפות רבה מהמתוכנן של כינון ממשלות, בתקופות הכהונה של הממשלות ה-37-35, במשך ארבע שנים וחצי - מאמצע שנת 2020 ועד סוף שנת 2024, התקבלו החלטות ממשלה בדבר העברות רבות ותכופות של שטחי פעולה בין משרדי הממשלה: התקבלו החלטות ממשלה בדבר 76 שינויים במבנה הממשלה. מדובר בתופעה רחבה וחריגה של העברת שטחי פעולה בין משרדים על ידי הממשלות. כמעט שליש מהשינויים (22 שינויים, כ-29%) התקבלו בשנת כהונתה של הממשלה ה-35 בראשות בנימין נתניהו; כחמישית (18 שינויים, 24%) התקבלו בשנה וחצי של כהונת הממשלה ה-36 בראשות נפתלי בנט ויאיר לפיד; וכמעט מחצית השינויים (36 שינויים, כ-47%) התקבלו במהלך השנתיים הראשונות לכהונת הממשלה ה-37 בראשות בנימין נתניהו. בתקופה הזו התקבלו החלטות ממשלה בדבר העברת 50 שטחי פעולה בין משרדי ממשלה: 30 שטחי פעולה (60%) הועברו פעם אחת; 16 שטחי פעולה (32%) הועברו פעמיים; 2 שטחי פעולה (4%) הועברו 3 פעמים; ו-2 שטחי פעולה (4%) הועברו 4 פעמים. משך ביצוע המעבר, בממוצע, הוא כ-31% ממשך הכהונה הממוצע של ממשלה בישראל (7.5 חודשים וכשנתיים, בהתאמה). כלומר, ממשלה נבחרת עוסקת כמעט בשליש מתקופת כהונתה, בממוצע, בהשלמת העברת שטחי פעולה שהחליטה להעבירם כבר בתחילת הכהונה.
החלטות הממשלה התדירות בדבר העברת שטחי פעולה בין משרדים הן תופעה שהולכת ומתרחבת, עד לכדי פגיעה מתמשכת וממשית בעבודתן. על הנזקים הנגרמים עקב העברת שטחי פעולה בין משרדי ממשלה וניהולם באופן לקוי אפשר ללמוד מכמה מקרי בוחן שניתח משרד מבקר המדינה, ובהם: פגיעה של ממש בפעילות הרשות לתכנון החקלאות, ועקב כך פגיעה בשירות לציבור הזקוק להקצאת קרקע חקלאית ליישובים חקלאיים ולגורמים המעוניינים לעסוק בחקלאות; פגיעה של ממש בתחום ההכשרה המקצועית למבוגרים, שהתבטאה בירידה במספר המשתתפים בפעולות להכשרה מקצועית, אשר ככלל מספקות מסגרת הכשרה והסמכה עבור כרבע מהשנתון; מעברים תכופים של הרשות לפיתוח והתיישבות הבדואים בנגב - בכל שנה ורבע בממוצע בשנים האחרונות - פגעו הלכה למעשה בניהול מערכות המידע הממוחשבות של הרשות ובטיפול הנדרש בהן. עוד עלה נזק הנובע מהיעדר קו ממשלתי יציב בהובלת שטחי פעולה מרכזיים הנוגעים לפיתוח ולשיקום של אזורים, יישובים ואוכלוסייה שנפגעו קשות ואף עלולים להיפגע אנושות בעקבות מלחמה או אסונות כגון רעידות אדמה, והעברת שטחי הפעולה בין משרדים, עומד במרכז כישלון הממשלה במתן מענה לחזרת תושבי הצפון ליישוביהם, מבעוד מועד, ולשיקום הצפון, נכון ליוני 2025, כפי שעלה בדוח קודם של מבקר המדינה.
תמונת המצב העולה אפוא מדוח זה ומהדוגמאות שנותחו בו משקפת תופעה ששורשיה בתהליכים פוליטיים לגיטימיים, ואולם היקפה ותדירותה בישראל, בעיקר בשנים האחרונות, פוגעים משמעותית ביכולת של הממשל לפעול בתחומים רבים באופן יעיל ותכליתי ולהשיג מטרות ויעדים לאורך זמן. תופעה זו מובילה לעיתים לפגיעה בשירות לציבור, לנסיגה בהיבט המקצועי של הפעילות הממשלתית, לאובדן הידע הנחוץ לפעילות יחידות הממשלה ואף לבזבוז משאבי הציבור. תחום פעולה או משרד המועברים כמה פעמים בתוך שנים אחדות בין זרועות הממשל ובין משרדים שונים - כאשר זמן ניכר מוקדש לתהליך המעבר עצמו, ולעיתים משאביהם מדוללים בסופו של דבר - מתקשים לפעול בעקביות ובתכליתיות להשגת יעדים משמעותיים לאורך זמן. נזק הנגרם בשגרה לפעילות הממשלתית עקב העברה תדירה של שטחי פעולה בין משרדי ממשלה עלול להתעצם בשעת חירום.
ממצאי הביקורת מעלים גם כי החלטות הממשלה בדבר שינויים במבנה זרועות הממשלה, ובכלל זה בדבר פתיחה וסגירה של משרדים והעברת שטחי פעולה ביניהם, מתקבלות בלי להסתמך על תשתית מידע מקצועית ועל לקחים ממעברים קודמים: למזכירות הממשלה, לנש"ם, לאגפי החשכ"ל והתקציבים במשרד האוצר ולמשרד רה"ם אין תמונת מצב רוחבית על שינויים שנעשו בעבר במבנה הממשלה, ואף לא נתונים סטטיסטיים על היקף המעברים, וכן לא הופקו לקחים מתהליכי מעבר שבוצעו בעבר. כמו כן, נמצאו ליקויים גם במעקב שעושה משרד רה"ם, ומזכירות הממשלה שבו, אחר ביצוע החלטות הממשלה על העברת שטחי פעולה בין משרדים.
לצד סמכות הממשלה להקים ולסגור משרדי ממשלה וכן להעביר שטחי פעולה ביניהם, וכן לנוכח תכיפות הקמת ממשלות בישראל (תקופת הכהונה הממוצעת של ממשלה בישראל, מקום המדינה, היא כשנתיים), ריבוי משרדי ממשלה יחסית למדינות אחרות ותכיפות השינויים במבנה הממשלה, נדרש לבסס דרכי פעולה שיבטיחו ככל הניתן פעילות ממשלתית רצופה ותקינה על אף אותם שינויים. בעניין זה מוצע לבחון החלטות בנוגע להצעות שעלו בעבר בנוגע להגבלת מספר משרדי הממשלה, שאימוצן עשוי להשיג צמצום היקף השינויים במבנה הממשלה, ובכך להגביר את היציבות של הפעילות הממשלתית. גם במסגרת יישום החלטת הממשלה מאוקטובר 2024, אשר קבעה כי ייבחנו התאמות בביצוע העברת יחידות סמך לטובת יתרונות לגודל, ניתן לקדם מהלכי התייעלות ברוח ההצעות שהועלו בעבר על ידי צוותים מקצועיים.
בד בבד, מוטל על כל יחידות הממשלה הרלוונטיות לביצוע החלטות הממשלה בדבר שינויים במבנה הממשלה לקיים עבודת מטה שוטפת, מעמיקה ותכליתית, להסיק מסקנות בהתבסס על תוצרי פעילותה וליזום את הצגתן לפני כל גורם רלוונטי להקמת ממשלה חדשה ולביצוע שינויים במבנה הממשלה במהלך כהונתה: מומלץ שמזכירות הממשלה, נש"ם, אגף החשכ"ל ואג"ת יפעלו באמצעות הכלים שברשותם כדי שיוקמו צוותי ניהול מעברים והם יפעלו ביעילות לצורך ביצוע המעברים; על יחידות אלה ועל משרד רה"ם לפעול למעקב סדיר ושוטף אחר ביצוע החלטות הממשלה בדבר העברת שטחי פעולה.
על סמך מכלול עבודות המטה כאמור, מוצע שמשרד ראש הממשלה, שבמסגרתו פועלים מזכירות הממשלה ואגף ממשל וחברה שבתחום אחריות מנכ"ל המשרד, יגבש לקחים במכלול ההיבטים של יישום כלל השינויים במבנה הממשלה לאורך שנות כהונתן של הממשלות האחרונות, ולכל הפחות הממשלות ה-35 וה-37 (החל בשנת 2020); ייזום גיבוש הנחיות של הממשלה בנוגע לשינויים במבנה הממשלה; וכן ייזום את הצגת הלקחים וההנחיות לכל הנוגעים בדבר בעת הקמת ממשלה חדשה ובעת שהממשלה שוקלת שינויים במבנה הממשלה במהלך כהונתה. על נציב שירות המדינה, החשב הכללי והממונה על התקציבים להפיק לקחים, כל אחד בתחום אחריותו, לצורך שיפור היישום של החלטות ממשלה בדבר העברת שטחי פעולה.
מומלץ שראש הממשלה בנימין נתניהו, המוסמך למנות חברי ממשלה ולהעלות לסדר יום הממשלה הצעות לשינויים במבנה הממשלה, יפעל כדי להבטיח פעילות ממשלתית רצופה ותקינה, תוך שימת לב לצורך להבטיח שירות מיטבי לציבור ופעילות ממשלתית יעילה, גם בשעה שנפתחים ונסגרים משרדי ממשלה, ומועברים שטחי פעולה ביניהם. בכלל זאת, מומלץ שראש הממשלה יפעל להשלמת בחינת הצעות שעלו בעבר בנוגע להגבלת מספר משרדי הממשלה וקבלת החלטה בעניינן. במסגרת זו יש לבחון אימוץ של ההצעות המתאימות, לרבות יישום החלטת הממשלה מאוקטובר 2024 בדבר בחינת התאמות בביצוע העברת יחידות סמך לטובת יתרונות לגודל; התניית החלטות בדבר הקמת משרדים או העברת שטחי פעולה ביניהם, בעבודת מטה מקדימה ומלאה אשר תשקף במדויק את המשאבים המועברים; הסקת מסקנות מתהליכי הקמה וסגירה של משרדים וכן מעבר של שטחי פעולה ביניהם, כדי להציגן לפני כל גורם רלוונטי להקמת ממשלה חדשה ולביצוע שינויים במבנה הממשלה במהלך כהונתה; ומעקב אחר ביצוע החלטות הממשלה בדבר העברת שטחי פעולה.