היערכות הולמת של משרד החקלאות למלחמה והפעילות המיטבית במהלכה נדרשות לנוכח תפקידיו וסמכויותיו של המשרד. זאת הן לשם השמירה על החקלאות, לשם פיתוחה ולשם הבטחת הרציפות התפקודית של ענף החקלאות, והן לשם הבטחת הביטחון התזונתי ואספקה סדירה של מזון טרי לציבור בעיתות חירום ולאחריהן. מאחר שרבים מהמשקים בישראל שוכנים בגבולה הצפוני של המדינה ובחבל תקומה, הרי שענף החקלאות היה מהראשונים להיפגע במהלך מלחמת חרבות ברזל.
משרד מבקר המדינה מציין לטובה את פעילות חמ"ל משרד החקלאות שנועדה לסייע בהתמודדות עם האתגרים שעלו במהלך המלחמה, לרבות את מאמציו לחלוקת מיגוניות במהלך המלחמה כדי לסייע לרציפות התפקודית של הענף.
לצד זאת, דוח זה מעלה ליקויים ניכרים בהיערכות המשרד למלחמה, ובכללם היעדרם של תרחיש ייחוס עדכני לעת חירום ותוכנית מענה עדכנית לעת חירום במשרד; אי שימוש במערכת לשליטה ובקרה (שו"ב) בעיתות שגרה וחירום; ואי היערכות מספקת של משרד החקלאות ורשות האוכלוסין למחסור חריג בכוח אדם בענף. ליקויים אלו השפיעו בהכרח גם על אופן תפקודו במהלך המלחמה ועל יכולתו לספק את המענה הנרחב למאות משקים בשני חבלי ארץ - בדרום ובצפון.
על משרד החקלאות להשלים את הכנתם של תרחיש ייחוס ותוכנית מענה למצבי חירום מעודכנים בהתאם לאיומים הקיימים ולהתפתחויות שחלו בענף החקלאות ולוודא את הטמעתם בפעילות המשרד, לבחון באופן עיתי את הרכב שוק התעסוקה בענף החקלאות וליישם פתרונות הולמים ויעילים למילוי המחסור בכוח האדם בענף בעת חירום.
על רח"ל לוודא כי בכל עת שהיא מעדכנת את תרחיש הייחוס המצרפי, גם המשרד מעדכן בהתאם לכך את תרחיש הייחוס המשרדי; לעקוב אחר הטיפול בממצאי הליקויים שהועלו בבדיקותיה, ולוודא כי הליקויים שנמצאו מתוקנים בהתאם ללוחות זמנים שתגדיר. יתר על כן, מומלץ כי רח"ל תקיים עבודת מטה בנוגע לגיוס מתנדבים בתחומים שונים בעת חירום, ובכלל זה תמליץ על הגוף שיהיה אחראי על תכלול המתנדבים בחירום.
על משרד החוץ ומינהל עובדים זרים, בשיתוף פעולה עם משרד החקלאות, מועצות הייצור ונציגי החקלאים לפעול ליישום ההסכמים הבילטרליים הקיימים לגיוס עובדים זרים בענף החקלאות. על ועדת המנכ"לים במשרד ראש הממשלה להמשיך לפעול לשם הסרת חסמי ביצוע מול הגופים השונים תוך ביצוע בקרה הדוקה על קידום הנושא, באופן שיתאפשר מתן מענה הולם ומיידי על המחסור בעובדים בענף, לרבות העסקת עובדים זרים חלף עובדים פלסטינים.
על משרד החקלאות לבחון את עליית מחירי הפירות והירקות בתקופה שלאחר פרוץ מלחמה ולהגדיר עקרונות וקווים מנחים שיבטיחו באופן המיטבי את אספקת ההיצע הנדרש בהתחשב בחסמים והכשלים הנובעים ממצב החירום, וזאת כדי למזער את עליית המחיר לצרכן.
המשך תפקודו של ענף החקלאות גם בעיתות חירום הוא נדבך חיוני להבטחת אספקה סדירה של צורכי הציבור הבסיסיים - חלב, בשר, ביצים, פירות וירקות - ועל כן יש לפעול במרץ לתיקון הליקויים שהועלו בדוח זה.