למשרד הביטחון תפקיד מרכזי במימוש יעדי הביטחון הלאומי של מדינת ישראל, ולצורך ביצוע משימותיו הוא משתמש במאגרי מידע רחבי היקף, ובהם מאגרי עובדים, ספקים, לקוחות, נכי צה"ל, משפחות שכולות, חללים, פדויי שבי ויועצים. מאגרים אלה כוללים מידע אישי, כגון נתונים על אישיותו של אדם, מעמדו האישי, מצבו הבריאותי, מצבו הכלכלי והכשרתו המקצועית. חשיפת המידע שבמאגרים עלולה לפגוע בזכות לפרטיות של האנשים שמידע רגיש לגביהם שמור בהם, שהיא אחת מזכויות האדם החשובות בישראל. כמו כן, עלולות להיות לכך השלכות על תפקודו של משרד הביטחון ועל ביטחון המדינה, כמתואר להלן:
התרשים בקובץ המצורף
הסיכונים להגנת הפרטיות ולאבטחת המידע שבמאגרי המידע גברו במהלך מלחמת חרבות ברזל נוכח התעצמות מתקפות הסייבר, שהן חלק בלתי נפרד מהמלחמה המודרנית, ובהן מתקפות על מאגרי מידע של גופים ציבוריים והתגברות ניסיונות הודעות הדיוג (פישיניג) המכוונים לגורמים בישראל, ובכלל זה לאנשי מערכת הביטחון לשעבר - ניסיונות שהפכו מתוחכמים יותר וממוקדים יותר ביעד התקיפה באמצעות איסוף מידע מקדים בנוגע לתחומי העיסוק ולתחומי העניין של היעד. בשנת 2024 חלה עלייה של 24% במספר אירועי הסייבר שאימת מערך הסייבר הלאומי בהשוואה לשנת 2023 (17,078 אירועי סייבר בשנת 2024 לעומת 13,040 בשנת 2023). המתקפות הנפוצות ביותר היו אירועי דיוג (פישינג) - בשנת 2024 אומתו 10,084 אירועים לעומת 3,301 בשנת 2023; 44% מאירועי הדיוג בשנת 2023 (1,449) אירעו משבעה באוקטובר ועד סוף שנת 2023. כמו כן, אומתו בשנת 2024 1,771 אירועי חדירה למערכות מחשוב לעומת 1,714 בשנת 2023, מחצית מאירועים אלה בשנת 2023 (873) אירעו משבעה באוקטובר ועד סוף שנת 2023.
התממשות הסיכונים למאגרי המידע של משרד הביטחון עלולה לגרום למשל לחשיפה של מידע אישי על חיילים שנפצעו במלחמה (מאגר נכי צה"ל) או על חטופים מטבח שבעה באוקטובר ששוחררו מעזה (מאגר פדויי שבי) והפכו, בעל כורחם, לעניין ציבורי. נוסף על כך, חשיפת מידע או שיבוש מידע ממאגרים בעלי ערך ביטחוני, דוגמת מאגר עובדי משרד הביטחון ומאגר ספקי המשרד, שנדרש לשמור על חסיונם, עלולים לפגוע ברציפות התפקודית של משרד הביטחון וביכולתו לספק את האמצעים הנדרשים לצה"ל, לגרום לו נזק תדמיתי, לפגוע ביחסיו עם ספקים ולקוחות ולחשוף אותו לקנסות. יתרה מכך, לעניין זה השפעה תודעתית - הדבר עלול אף לזרוע בהלה ותחושת חוסר ביטחון בציבור ולפגוע בקשרי החוץ של המדינה בהקשרים ביטחוניים-מדיניים.
ואכן, במהלך מלחמת חרבות ברזל התממש הסיכון לדלף מידע ממשרד הביטחון: באפריל 2024 פורסם בכלי התקשורת כי באתר אינטרנט שהקימו פצחנים (האקרים) בין-לאומיים פורסם מידע שהודלף בידי גורמים עוינים מתוך פורטלים מינהליים של משרד הביטחון, ונכלל בהם מידע מזהה של עובדי המשרד, מידע על מכרזים ביטחוניים ועל מערכות טכנולוגיות של צה"ל, כגון פרטים על כלי רכב משוריינים, תשריטים הנדסיים ומידע טכני על מערכות צילום לווייניות.