בביקורת הקודמת עלה כי זה שנים רבות קיימים ליקויים ניכרים בפעילותם של משהב"ט, צה"ל, רח"ל והמל"ל - כל אחד בתחומו - בנושא ההגנה על מתקנים חיוניים. ביקורת המעקב מצאה כי על אף התגברות משמעותית של האיומים האוויריים ממועד פרסום הדוח הקודם, עד למלחמת חרבות ברזל לא תוקן שום ליקוי מחמשת הליקויים שנבדקו במסגרת ביקורת המעקב, ובמהלך המלחמה 40% מהליקויים האמורים תוקנו במידה מועטה והיתר לא תוקנו כלל.
עם פרוץ מלחמת חרבות ברזל עלה הסיכון של פגיעה במתקנים החיוניים בגופים מסוימים. עם זאת, שר הביטחון ומנכ"ל משהב"ט לא פעלו עד למועד השלמת הביקורת (ינואר 2025) לקידום נושא מיגון המתקנים החיוניים, למעט פעולות נקודתיות ולמעט הנחיה של מנכ"ל משהב"ט על הקמת צוות שיעסוק בנושא (בדצמבר 2024, יותר משנה מפרוץ המלחמה ועם סיום ביקורת המעקב). גם המל"ל לא השיג את השלמתה של בחינה מקיפה של הצורך במיגון המתקנים החיוניים בגופים מסוימים, ולא הציע לראש הממשלה להעלות לפני הקבינט המדיני-ביטחוני את הסוגיה.
מבקר המדינה מעיר למשהב"ט, לצה"ל ולמל"ל על אי-תיקון הליקויים שעלו בביקורת הקודמת ושנבדקו במסגרת ביקורת זו; למל"ל, למשהב"ט, ולמשרד האוצר על שטרם הגיעו לסיכום בדבר המקורות התקציביים למיגון המתקנים החיוניים בגופים מסוימים.
נוכח התמשכות הליקויים בכל הנוגע למיגון המתקנים החיוניים בגופים מסוימים - על שר הביטחון וראש המל"ל לפעול במשותף לגיבוש מדיניות כוללת בנושא מיגון המתקנים החיוניים בגופים אלה. על שר הביטחון להנחות את מנכ"ל משהב"ט ואת הרמטכ"ל לפעול לקידום מיפוי המתקנים החיוניים האמורים ולגבש המלצה בשיתוף של גורמים רלוונטיים לתוכנית עבודה רב-שנתית למיגון המתקנים שנדרש למגנם. זאת בהתחשב במכלול השיקולים ובהם מגוון האמצעים האפשריים להגנה על מתקנים אלה ושיקולי עלות מול תועלת. כמו כן, על שר הביטחון להגדיר את חלוקת הסמכות והאחריות בין גורמי מעהב"ט, ובכללם רח"ל וצה"ל, בנושא המיגון הפיזי מפני איומים אוויריים במתקנים חיוניים בגופים מסוימים.
כמו כן, נוכח המרכזיות והמורכבות של סוגיית המימון וחשיבותה לקידום נושא המיגון של המתקנים החיוניים בגופים מסוימים, על המל"ל להוביל בהקדם, בשיתוף משהב"ט, שהחל לעסוק בנושא, ובשיתוף משרד האוצר וגורמים רלוונטיים נוספים, עבודת מטה לבחינת המודל המימוני המיטבי למיגון המתקנים האמורים ולהביא לפני הקבינט המדיני-ביטחוני את המלצתו בנושא.
מומלץ כי ראש הממשלה ושר הביטחון יעקבו אחר נושא מיגון המתקנים החיוניים בגוף מסוים ויבחנו את הנושא ביתר הגופים הרלוונטיים.