בביקורת עלה כי לא הוסדרו הוראות חוק קבועות המפרטות את תנאי הזכאות לפיצויים בגין נזקים עקיפים ואת אופן חישובם, וזאת אף שמדינת ישראל התמודדה ב-20 השנים האחרונות עם מלחמות ומבצעים צבאיים, שבמהלכם הוטלו על האוכלוסייה והמשק הישראליים מגבלות שונות, ונגרמו נזקים ישירים לרכוש ונזקים עקיפים לעסקים. היעדר הסדרה בחקיקה בעלת תוקף קבוע, והזמן שחלף עד לקביעת הוראות השעה בעניין מסלולי הפיצויים העקיפים הגבירו את אי-הוודאות למי שנפגע במהלך המלחמה, האריכו את פרקי הזמן בין המועדים שבהם נגרמו הנזקים לעסקים לבין מועדי קבלת הפיצויים בגינם והקשו על יכולתם של עסקים להתאושש מהפגיעה בפעילותם.
עוד עלה כי קרן הפיצויים שילמה לעסקים במלחמת חרבות ברזל, בסבבי הלחימה בשנים הקודמות ובתקופת מגפת הקורונה תשלומים עודפים בגין נזקים עקיפים בהיקף של יותר מ-3 מיליארד ש"ח, בלי שמגישי התביעות היו זכאים להם על פי דין. כ-1.5 מיליארד ש"ח מתוכם שולמו בעקבות מלחמת חרבות ברזל. נכון למועד סיום הביקורת בדצמבר 2024, 1.9 מיליארד ש"ח מתוכם טרם הושבו לקרן. נוסף על כך, נמצאו ליקויים גם בהתמשכות הטיפול בערעורים על החלטות הקרן המוגשים לוועדת הערר של מס רכוש ובפיצול הטיפול בערעורים בין ועדת ערר של משרד המשפטים לוועדת ערר של מס רכוש, בבקרות על טיפול בתביעות ותשלומי פיצויים, בהיערכות הקרן לטיפול בנזקים ישירים כבדים, בהתמקצעות עובדי הקרן בתחום השמאות, בפיתוח מערכות השליטה והבקרה על צוותי השטח ובהגברת מודעות הציבור לזכאותו לרכוש ביטוח חפצים אישיים.
עוד עלה כי משרד האוצר ניהל את הקרן כקרן רישומית בלבד וללא נכסים מזוהים, ואף השתמש בכספי הקרן באופן שוטף, זאת ללא עמדה משפטית תומכת וללא בדיקה כלכלית מקיפה בנושא. כספי הקרן נושאים ריבית נמוכה, אשר אין בה כדי לכסות את השחיקה האינפלציונית, ואינם עולים בקנה אחד עם סביבת הריבית המשתנה. עוד נמצא כי ערב מלחמת חרבות ברזל יתרת קרן הפיצויים (17.7 מיליארד ש"ח) הייתה נמוכה מההוצאות בתקופת מלחמת חרבות ברזל לפיצוי ישיר ועקיף, מאוקטובר 2023 ועד תום 2024 (18.8 מיליארד ש"ח), ואף מהערכת הנזק הישיר בלבד (36.2 מיליארד ש"ח), ומשרד האוצר לא קבע ולא הציג לוועדת הכספים של הכנסת, במהלך השנים, לאיזה תרחיש הקרן נדרשת להיערך, מה היתרה הנדרשת בקרן ומהו מבנה ההון האופטימלי אל מול החשיפה של הקרן, ובכך לא נעשתה היערכות מספקת לתרחיש מלחמה.
מומלץ כי רשות המיסים ומשרד האוצר ייזמו הצעת חקיקה בעלת תוקף קבוע בעניין מסלולי פיצויים בגין נזק עקיף, במטרה לקצר את פרק הזמן שחולף מהמועד בו נגרם נזק ועד המועד בו מתאפשרת הגשת תביעה וקבלת פיצויים בגינו ויעניקו לעסקים ודאות בשעת חירום. נוסף על כך, על רשות המיסים לנקוט בהליכי גבייה כלפי כלל התשלומים העודפים שנוצרו בגין תשלומי קרן הפיצויים, לבחון כיצד לעשות שימוש מיטבי בכוח האדם ובכלים הטכנולוגיים שברשותה לצורך כך, ולפעול לפיתוחן ולהטמעתן של בקרות ממוחשבות במערכות קרן הפיצויים כדי לצמצם את הפגיעה בקופת המדינה בשל תשלומי פיצויים למי שאינו זכאי לכך. עוד מומלץ לרשות המיסים ולמשרד המשפטים לפעול בהקדם לייזום תיקון חקיקה שיסמיך את ועדות הערר במשרד המשפטים לדון בכל העררים המוגשים על החלטות קרן הפיצויים בתביעות לתשלום פיצויים על פי חוק קרן הפיצויים והתקנות מכוחו. זאת כדי לפתור את ניגוד העניינים המובנה במצב החוקי הנוכחי ולהביא לטיפול יעיל בעררים על תביעות בגין נזקים ישירים ועקיפים, בפרקי זמן קצרים ובאופן בלתי תלוי. עוד מומלץ כי עד להסדרה כאמור, ועדות הערר יפעלו לקיצור לוחות הזמנים ומתן מענים בלוחות זמנים סבירים.
על משרד האוצר לבחון משפטית האם ניהול הקרן כקרן רישומית, אשר הכספים הנצברים בה אינם מושקעים בנכסים מזוהים, והאם השימוש שנעשה בכספים אלו עולה בקנה אחד עם הוראות סעיף 2א לחוק מס רכוש וכל סעיפי המשנה שלו. כמו כן, עליו לבצע עבודת מטה מקיפה בדבר כדאיות השימוש בכספי קרן הפיצויים למימון הוצאות הממשלה. כן, על משרד האוצר לגבש עבודת מטה ולקבוע יעדים ומקורות מימון תוך בחינה עיתית ועמידה בהערכות המתעדכנות, ולהציג לכנסת, במסגרת מסמכי התקציב, גם את הגרעון אשר יתכן ויידרש לממנו בעת מצבי חירום, ובכלל זה ההתחייבויות לקרן הפיצויים, ואת עלויות המימון הכרוכות בגיוס החוב בעת מלחמה. הצגת נתונים אלו תאפשר למקבלי ההחלטות לשקלל גם תרחישים למלחמות עתידיות ותרחישי קטסטרופה אחרים, בבואם לאשר את תקציב המדינה.