מלחמת חרבות ברזל שפרצה בעקבות מתקפת שבעה באוקטובר התאפיינה בלחימה ממושכת לעומת מלחמות ישראל האחרונות, ובמספר רב של חללים ופצועים, הן מקרב כוחות הביטחון והן אזרחים. לפי נתוני משרד הביטחון, נכון לספטמבר 2025 נפצעו כ-20,000 חיילים ואנשי כוחות הביטחון במהלך המלחמה. נכון לאפריל 2025 נפצעו כ-1,600 אזרחים. נכון ליולי 2025 כ-1,660 מכלל הפצועים אושפזו במחלקות שיקום בבתי החולים.
ערב שבעה באוקטובר היה מחסור של אלפי עובדים במקצועות פיזיותרפיה, קלינאות תקשורת וריפוי בעיסוק בשירות הציבורי, תקני בתי החולים לא סיפקו את צורכי האוכלוסייה אף בעת שגרה, ובכל הנוגע לאיוש התקנים, בחלק ממחלקות השיקום העובדים במקצועות במחסור התחלפו לעיתים תכופות, ייתכן שעד כדי פגיעה באיכות השירות בהן.
עם פרוץ המלחמה נרתמה מערכת הבריאות לשיקום פצועי המלחמה, ובמהלכה נוספו למערך השיקום כ-320 מיטות. במחלקות השיקום טיפלו בפצועים במסירות רבה, והעניקו לפצועים טיפולים במקצועות הבריאות, כגון פיזיותרפיה, ריפוי בעיסוק וקלינאות תקשורת.
במהלך המלחמה פצועים בחרו את מחלקות השיקום שבהן הם מעוניינים לעבור את תהליך השיקום, וכמעט מחצית מהמאושפזים בשיקום היו בשיבא. בגלל תוספת הפצועים הגדולה בשיבא בתחילת המלחמה ירד מספר הטיפולים היומיים הממוצע לפצוע, ובהמשך, כאשר מספר הפצועים ירד, גדל מספר הטיפולים הממוצע לפצוע. עלה שלבתי החולים, לצה"ל ולמשרד הביטחון אין הוראות המסדירות את פעולותיהם למסירת מידע לפצועים על כל אפשרויות השיקום העומדות בפניהם, לרבות מידע בנוגע למחלקות שיקום הקרובות למקום מגוריהם. בקבוצות מיקוד שקיים משרד מבקר המדינה עלה שיש אפשרות שנציגי בתי החולים, צה"ל ומשרד הביטחון לא מסרו לפצועים את מלוא המידע על אפשרויות השיקום באשפוז ובמסגרות שיקום היום. שיבא סגר מחלקות פנימיות-גריאטריות כדי לאפשר את פתיחת מיטות השיקום הנוספות לצורך מתן מענה שיקומי לפצועים, ובכך נפגע השירות הרפואי לקשישים.
לנוכח האמור לעיל, ובפרט לנוכח המחסור הניכר במשאבים, אפשר היה לצפות שהמאסדר של מערכת הבריאות, משרד הבריאות, ינהל את משאבי השיקום של מדינת ישראל באופן יעיל ככל האפשר, כך שכלל הנזקקים לשירותי שיקום מהמערכת הציבורית יקבלו את השירות המיטבי גם בעת מלחמה. בפועל למשרד הבריאות אין תפיסת הפעלה כתובה ואין לו תוכנית אופרטיבית לניהול מערך השיקום הלאומי בעת חירום עם נפגעים רבים. נוסף על כך, לאגף שיקום במשרד הבריאות אין מידע על זמני ההמתנה למחלקות השיקום ומסגרות שיקום היום, והמידע שאסף במלחמת חרבות ברזל לא יכול היה לשקף את התמונה המלאה על הנעשה במחלקות השיקום; ולא היה בו כדי לבחון את ההשפעה של עומס המטופלים על מספר הטיפולים ועל איכות הטיפול. כל אלו מנעו ניהול מיטבי של המערכת והקשו את הניצול המיטבי של מערך השיקום הרפואי.
בעקבות המספר הגדול של הפצועים עדכן אגף השיקום במשרד הביטחון, כבר בחודשי המלחמה הראשונים, את מתווה העבודה באגף וקבע מדיניות של "שיקום תחילה", דהיינו דחייה של הוועדות הרפואיות לקביעת דרגת נכות, בד בבד עם מתן טיפול רפואי ונפשי לכלל הפצועים שהגישו בקשה להכרה כנכי צה"ל, תשלום מקדמות על חשבון תגמולים עתידיים ומתן הטבות. נוסף על כך פעל אגף השיקום במשרד הביטחון לשפר את השירות לפצועי מלחמת חרבות ברזל באמצעות הקמת חטיבת קשרי לקוחות שמספקת לפצועים ערוץ פנייה ישיר ואישי.
לצד ההיבטים החיוביים של ההתאמות שעשה אגף השיקום במשרד הביטחון בפעילותו כאמור עלו בביקורת גם השלכות שליליות של פעילות זו על נכי צה"ל, כגון עיכוב בקבלת הטבות מסוימות עד קבלת החלטה בוועדה רפואית ומצב ממושך של חוסר ודאות בקרב הפצועים לגבי זכויותיהם ולגבי תשלומים שהם יהיו עלולים להידרש להחזיר מתוך המקדמות שקיבלו על חשבון תגמולים. למרות הקמת חטיבת קשרי לקוחות ופעילותם של גורמים רבים מטעם אגף השיקום להנגשת הזכויות לנכים, התגלו ליקויים הנוגעים למיצוי זכויותיהם של הפצועים, והתחושה של רבים מהם היא שהם אינם מכירים את זכויותיהם באופן מלא, והם נאלצים להיעזר במידע המועבר מפה לאוזן. כמו כן, נכון למאי 2025 מתוך כ-7,000 בקשות להכרה כנכה צה"ל שטרם נקבע סטטוס ההכרה שלהן, כ-2,200 מהן נמצאות בטיפול יחידת ההכרה יותר משנה (כ-8% מכלל הבקשות). נוסף על כך, מועד השלמתו של פרויקט המחשוב "שער הכניסה" - פרויקט של אוטומציה ודיגיטציה של תהליכי עבודה מרכזיים באגף השיקום - נדחה כמה פעמים, ובסך הכול עוכב סיום הפרויקט יותר משנה, וטרם הסתיים נכון לאוקטובר 2025.
לנוכח הליקויים העולים מדוח זה מומלץ כי משרד הבריאות, בתי החולים, צה"ל ומשרד הביטחון יקבעו הוראות להסדרת פעולותיהם למסירת מידע לפצועים על אפשרויות השיקום העומדות בפניהם, לרבות מידע בנוגע למחלקות השיקום הקרובות למקום מגוריהם. עוד מומלץ שמשרד הבריאות יגבש תוכנית אופרטיבית לניהול מערך השיקום הלאומי בעת חירום עם נפגעים רבים, שתכלול עקרונות, כללים ותהליכים, נוסף על השלמת הקמתה של מערכת ממוחשבת שמקושרת למערכות המינהליות של בתי החולים (BI), שתתמוך בקבלת החלטות בנוגע לניהול מערך השיקום הרפואי הלאומי. כך יהיו למשרד הבריאות הכלים לוודא את איכות הטיפול הניתן לפצועים ולנצל באופן מיטבי את משאבי השיקום הלאומיים בעת חירום עם נפגעים רבים.
עוד מומלץ כי אגף השיקום במשרד הביטחון יתחיל בהקדם האפשרי לזמן את כלל פצועי מלחמת חרבות ברזל לוועדות רפואיות; יקבע יעדים כמותיים ואיכותיים מדידים לבחינת האפקטיביות של חטיבת קשרי לקוחות כדי לוודא שיפור בשירות הניתן לפצועים; יבחן מדוע נכי צה"ל רבים חשים שאין להם מידע מלא על זכויותיהם; יפעל באופן אקטיבי כדי לוודא שהנכים ממצים את הזכויות המגיעות להם, לרבות הכנת תוכנית אופרטיבית להגדלת שיעור המיצוי של הזכויות; ויבנה תוכנית עבודה למענה לבקשות להכרה בנכות שמגישיהן עדיין ממתינים להחלטה בעניינם. כמו כן, מומלץ שמנכ"ל משרד הביטחון בשיתוף אגף השיקום, אגף דיגיטל ואגף התכנון במשרד הביטחון, יקבע מתווה עבודה למתן מענה על צורכי המחשוב של אגף השיקום בלוחות זמנים מיטביים. כל זאת, כדי להביא לשיפור של ממש בכל הקשור לטיפול ולשירות הניתנים לנכי צה"ל ולהקל את מימוש זכויותיהם.