בכל תיק בית משפט שבו נעשה שימוש בהאזנות סתר ובנתוני תקשורת ונדרש לחסות את שיטת האזנה ותוצריה או את שיטת קבלת הנתונים מוצאות תעודות חיסיון. תעודת חיסיון היא תעודה הנוגעת לחומר חקירה אשר יש לנאשם זכות לעיון בו אך חומר חקירה זה הוכר כחסוי. חומר חקירה זה שנדרש לחסותו יכול להיות גם מידע הנוגע לשימוש שעושה המשטרה בכלים טכנולוגיים להאזנת סתר ולהפקת נתוני תקשורת והתוצרים שהתקבלו מהם. על התעודה חותם השר לביטחון לאומי או הממונה על החסיונות אשר השר אצל לו את סמכותו לעניין זה, והוא חווה בה את דעתו אם גילוי או מסירה של המידע המתואר בתעודה עלולים לגרום לפגיעה בעניין ציבורי חשוב. הקריטריונים לעניין ציבורי חשוב הם בין היתר פגיעה בחיי אדם; פגיעה בשיתוף הפעולה שבין הציבור למשטרה; חשיפת שיטות פעולה ואמצעים של המשטרה; סיכול פעולות חקירה עתידיות; ופגיעה בשיתוף הפעולה שבין המשטרה ובין גופים ציבוריים בארץ ובחו"ל. הוצאת התעודה מותנית בכך שהמידע שבה אינו כולל ראיה חיונית להגנת הנאשם. מבדיקה מדגמית שערך משרד מבקר המדינה עולה שבכ-39% מכתבי האישום שמגישה הפרקליטות מוצאות תעודות חיסיון; בכ-47% מהתעודות המידע החסוי נוגע לנתוני תקשורת ובכ-12% מהתעודות נחסה מידע על האזנות סתר.
זכותו של נאשם בפשע או בעוון לעיין בחומרי החקירה ולקבלם לידיו מעוגנת בסעיף 74 לחוק סדר הדין הפלילי [נוסח משולב], התשמ"ב-1982. זכות זו מתבססת, בין היתר, על זכותו של נאשם לחירות ולהליך פלילי הוגן, והיא אף הוכרה כזכות יסוד בעקבות חקיקת חוק יסוד: כבוד האדם וחירותו. בית המשפט אינו דן ואינו פוסק על סמך חומר חסוי שאינו בידיעתו של הנאשם, ולכן כאשר מוצאת תעודת חיסיון, התביעה אינה רשאית להשתמש בחומר החסוי, ובית המשפט אינו נחשף אליו, ואף אם הוא נחשף לראיה החסויה, הוא אינו רשאי להסתמך עליה.
ככלל, ועוד לפני הגשת כתב אישום, מתקיימת ישיבת חסיונות בראשות פרקליט המחוז או גורם בכיר אחר בתביעה שהוסמך לכך, ובה מוצגת עמדת הפרקליטות בנוגע לסיווג החומרים ולהוצאת התעודה. עמדה זו היא המסכמת את עמדת הפרקליטות בעניין זה, ועל פיה ינהג התובע בתיק.